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JAMSTECでは、海底資源への高いニーズに対応し集中的な研究開発を行うため、2011年4月1日より、リーディングプロジェクト「海底資源研究プロジェクト」を設置し、海底熱水鉱床、コバルトリッチ・鉄マンガンクラストの成因解明や探査技術の開発、クリーンなエネルギーとして期待される海底下のメタン生成システムの研究や環境影響評価のための研究を推進してきました。2014年4月1日からは、海底資源研究開発センターとして、基盤研究領域や開発部門のグループと連携し、海底資源に関する総合的な研究開発に取り組んでいます。