少々読みにくいと感じました。
識別子のと数字の多い記事は読みやすさに配慮したほうがいいです。今回は多い記事だと思うので、それぞれをこのように変えるのを提案します(もちろんそうしなくても構いません)。
SCP-1137-JP-a
これのみならず、各オブジェクトの識別子を大文字にすると実験記録が見やすくなると思います。
D-189566-JP, D-131824-JP
番号が多くてイマイチ文に集中できません。例えば数字3〜4桁にするかJPを無くす、あるいは"D-1137-JP-1"のように表記するのもありでしょう(私はこの表記を適用したことがあります)。
Dクラス
雑な呼び方なので、丁寧に「Dクラス職員」と表記しましょう。
以降対象者をSCP-1137-JP-1と表記
特別収容プロトコルに書かれているわけでもないので、これはそのまま「対象者」表記にした方が説明セクションは読みやすいでしょう。もしこうする場合、実験記録での表記を「対象」ではなく「対象者」に変えるべきです。
りょーかい
あーとかうーんとかは良いんですが、これは「了解」と表記したほうがいい気がします。書き起こしとはいえこれはフランクすぎる印象です。
Aクラス記憶処理
これは好みだと思いますが「クラスA記憶処理」の方がよくある気がしますし、そうしてもいいかもしれません。
ちなみにこの記事とこの記事はクラスX表記になっています。公式の表記ではないのでそうしなくても問題ありません。
オチ
映像の解析でわかることなのか(少なくとも「判明した」レベルでわかるのだろうか)と疑問に思いました。少々ありきたりなオチなので、しっかり人間の皮でできてるんだと示すのではなく、実験記録を改稿してもっと人の皮できてることを示唆する程度に書いておくのはどうでしょうか (現状のビビる程度もありとは思いますが、Dクラスにもうちょこっと喋らせてもいいような気がします) 。そうするなら、最後にDクラス職員3名のを素材にした〜と書くのではなく、表情が酷似する人形が〜などとあくまでも示唆レベルに抑える方がいいかと。
あと、しおり人形たちがちゃんとおめかししてればDクラスもすぐに気付けないと思うので、そうすることで実験記録を膨らませるのもできそうです。