Le fait que le format PDB n'incorpore pas la connectivité de la molécule par défaut (mais en option) est un problème classique. Le format pdb classique est approprié pour représenter la configureation dune molécule dont on connait déjà la topologie.
En pratique les logiciels utilisant ce format détectent automatiquement les liaisons chimiques en connectant les atomes qui se trouvent assez près les uns des autres. Pour te donner une idée du critère à appliquer pour connecter deux atomes ou non tu peux regarder dans une base de donnée reprenant les longueurs des liaisons atomiques.
A vue de nez, je dirais qu'il faut connecter des atomes situés à moins de 0.3 nanomètres. (Attention je crois que les les coordonnées sont données en Angströms dans les fichiers pdb.)
# La solution est ailleurs
Posté par Adrien Leygue . En réponse au message fichier PDB. Évalué à 1.
En pratique les logiciels utilisant ce format détectent automatiquement les liaisons chimiques en connectant les atomes qui se trouvent assez près les uns des autres. Pour te donner une idée du critère à appliquer pour connecter deux atomes ou non tu peux regarder dans une base de donnée reprenant les longueurs des liaisons atomiques.
A vue de nez, je dirais qu'il faut connecter des atomes situés à moins de 0.3 nanomètres. (Attention je crois que les les coordonnées sont données en Angströms dans les fichiers pdb.)
Adrien.