En effet, j'avais oublié ces projets lors de la rédaction de la dépêche. Toutes mes excuses aux personnes que j'aurais froissé.
Cependant, de ce que je me rappelles, ces deux projets sont liés intimement à VTK, une biliothèque de visualisation très puissante.
Dans mon cas, tout ce que je voulais étais un truc très simple qui me retourne une matrice avec les valeurs d'intensité des pixels pour pouvoir ensuite les analyser. J'ai essayé BioImageXD, mais il était lié à une version de VTK en dévoloppement (en tout cas quand j'ai essayé). J'ai essayé aussi de lire leurs code pour extraire ce qui m'intéressait au niveau de la lecture des fichiers LSM, mais c'était un peu compliqué pour moi en mélangeant du code python avec du C (faudra que je m'y mette au C...). De ce que j'avais compris à l'époque, c'est que la lecture de fichiers LSM était liée à cette version de VTK, une dépendance que je ne souhaitait pas par soucis de simplicité (pourquoi inclure un module de visualisation juste pour lire ces fichiers ?). Voilà donc pourquoi j'ai oublié de mentionner ces deux projets.
L'avantage de ce module, c'est qu'il ne dépends que de numpy et scipy. Il ne renvoie qu'une matrice 2D correspondant au canal et tranche désirée. J'ai voulu faire simple et léger.
[^] # Re: ITK / BioImageXD
Posté par roduit (site web personnel) . En réponse à la dépêche pyLSM, un module python pour microscope LSM 510. Évalué à 3.
Cependant, de ce que je me rappelles, ces deux projets sont liés intimement à VTK, une biliothèque de visualisation très puissante.
Dans mon cas, tout ce que je voulais étais un truc très simple qui me retourne une matrice avec les valeurs d'intensité des pixels pour pouvoir ensuite les analyser. J'ai essayé BioImageXD, mais il était lié à une version de VTK en dévoloppement (en tout cas quand j'ai essayé). J'ai essayé aussi de lire leurs code pour extraire ce qui m'intéressait au niveau de la lecture des fichiers LSM, mais c'était un peu compliqué pour moi en mélangeant du code python avec du C (faudra que je m'y mette au C...). De ce que j'avais compris à l'époque, c'est que la lecture de fichiers LSM était liée à cette version de VTK, une dépendance que je ne souhaitait pas par soucis de simplicité (pourquoi inclure un module de visualisation juste pour lire ces fichiers ?). Voilà donc pourquoi j'ai oublié de mentionner ces deux projets.
L'avantage de ce module, c'est qu'il ne dépends que de numpy et scipy. Il ne renvoie qu'une matrice 2D correspondant au canal et tranche désirée. J'ai voulu faire simple et léger.