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本研究所は1941年11月26日,東洋文化の総合的研究を目的として,東京(帝国)大学に設置創設されました。哲学・文学・史学部門,法律・政治部門,経済・商業部門という部門体制で,附属図書館内に研究室,書庫,事務室を置いて発足しました。1949年,新たに3部門が増設されたのを機会に研究組織を細分化し,哲学・宗教部門,文学・言語部門,歴史部門,美術史・考古学部門,法律・政治部門,経済・商業部門の6部門に再編成しました。同時に,本拠を文京区大塚町,外務省所管の旧東方文化学院の一部に移し,これまでの附属図書館内研究室を分室として,研究の充実・発展をはかりました。
ついで1951年,人文地理学部門と文化人類学部門が加えられました。これを契機として,従来の専門体系のみによる部門構成を,汎アジア経済部門,汎アジア人文地理学部門,汎アジア文化人類学部門,東アジア政治・法律部門,東アジア歴史部門,東アジア美術史・考古学部門,東アジア哲学・宗教部門,東アジア文学部門という地域区分を加えた8部門に再編成しました。地域部門の充実をはかる将来計画にもとづいて,1960年には南アジア政治・経済部門,1964年には東北アジア部門,1968年には西アジア歴史・文化部門,1973年には東南アジア経済・社会部門,1978年には西アジア政治・経済部門が増設されて,13部門を擁するにいたりました。
その後,アジア地域全体が世界のなかでしめる重要性が大きくなったことを受けて,本研究所がわが国のアジア研究の中枢的,指導的役割を果すために,研究内容の充実,規模の拡大を含む組織上の再編成を行うことが必要となりました。そこで,1981年に新しい構想にもとづく大部門制を採用し,それまでの13部門を,汎アジア部門,東アジア部門,南アジア部門,西アジア部門の4部門に統合して再出発しました。さらに,2011年にはアジア研究における新たな研究対象,研究方法,研究分野を切り拓き,アジア研究の新たなビジョンを社会に向けて提示することを目的に,新たに新世代アジア部門が設置されました。
1999年度に,東洋学文献センターを廃止して,比較文献資料学と造形資料学という2つの分野からなる東洋学研究情報センターが新設されました。1966年の設立以来東洋学文献センターが実施してきた文献資料に関するドキュメンテーション業務は,アジア全域の文献を対象とする比較文献資料学分野に引き継がれています。また,センターの新設に伴い,絵画・考古資料を対象とする造形資料学分野が設けられ,さらに2009年度からアジアの社会調査資料を対象とするアジア社会・情報分野が増設されました。2009年6月には,本センターが文部科学大臣によって共同利用・共同研究拠点に認定され,2010年度からは全国の関連研究者コミュニティーに対してより開かれたセンターとしての活動を開始しています。
創立以来23年にわたって,本研究所は附属図書館内研究室や外務省所管の建物に仮住いの状態のままでしたが,1967年に,本郷構内に総合研究資料館(現総合研究博物館)との合同庁舎が完成し,5階以上を本研究所が使用することになりました。
しかしその後,研究組織の拡充,研究活動の多様化,図書・資料の増加などにともない,狭隘な施設の改善,とくに書庫の緊急な増設等の強い要望があり,1983年にいたって総合研究資料館(現総合研究博物館)との交換分合により,本研究所が合同庁舎を全館使用することになりました。これにともなって全面的に改修工事を行い,1984年3月に工事が完成しました。本研究所の建物は総面積6,577平方メートル,地下1階より地上8階までの9層からなります
2006年2月に研究所建物の耐震補強工事が必要であることが判明し,同年7月以降,研究室・事務室・図書・研究資料の仮移転を実施,2007年8月から耐震補強・改修工事を開始し,2008年3月に工事は完了しました。