矢田 哲士

基本情報

所属

九州工業大学 大学院情報工学研究院 生命化学情報工学研究系 教授

学位

博士(理学)(東京大学)

J-GLOBAL ID

200901012601418939

researchmap会員ID

1000367812

研究キーワード

• ゲノム生物学
• バイオインフォマティクス
• genome biology
• bioinformatics

研究分野

• 情報通信 / 生命、健康、医療情報学 /

経歴

• 2017年 - 2018年

  九州工業大学大学院情報工学研究院 情報工学研究院生命情報工学研究系長
• 2017年 - 2018年

  九州工業大学大学院情報工学府 情報工学府情報工学専攻長
• 2017年 - 2018年

  九州工業大学大学院情報工学府 情報工学府学際情報工学専攻長・情報システム専攻長
• 2017年 - 2018年

  九州工業大学情報工学部 情報工学部生命情報工学科長
• 2007年 - 2013年

  京都大学大学院情報学研究科 准教授
• 2007年 - 2013年

  Associate Professor
• 2013年

  九州工業大学大学院情報工学研究院生命情報工学研究系 教授
• 2013年

  Professor,Department of Bioscience and Bioinformatics,Faculty of Computer Science and Systems Engineering,Kyushu Institute of Technology
• 2003年 - 2007年

  京都大学大学院情報学研究科 助教授
• 2003年 - 2007年

  Associate Professor
• 2001年 - 2003年

  東京大学医科学研究所 助教授
• 2001年 - 2003年

  Associate Professor
• 1999年 - 2001年

  理化学研究所ゲノム科学総合研究センター 研究員
• 1999年 - 2001年

  Researcher
• 1988年 - 1999年

  株式会社三菱総合研究所 研究員
• 1988年 - 1999年

  Researcher

学歴

• - 1988年

  九州大学, 理学部, 生物学科
• - 1988年

  九州大学

論文

• Dynamical Robustness and Its Structural Dependence in Biological Networks

  Natsuhiro Ichinose, Takeshi Kawashima, Tetsushi Yada, Hiroshi Wada

  Journal of Theoretical Biology 110808-110808 2021年6月 査読有り
• Asymmetry in indegree and outdegree distributions of gene regulatory networks arising from dynamical robustness

  Natsuhiro Ichinose, Tetsushi Yada, Hiroshi Wada

  Physical Review E 97(6) 2018年6月28日
• Micropeptides Encoded in Transcripts Previously Identified as Long Noncoding RNAs: A New Chapter in Transcriptomics and Proteomics.

  Yeasmin F, Yada T, Akimitsu N

  Frontiers in genetics 9 144-144 2018年 査読有り
• Identification of Minimal p53 Promoter Region Regulated by MALAT1 in Human Lung Adenocarcinoma Cells.

  Tano K, Onoguchi-Mizutani R, Yeasmin F, Uchiumi F, Suzuki Y, Yada T, Akimitsu N

  Frontiers in genetics 8 208 2017年 査読有り
• Analysis of RNA decay factor mediated RNA stability contributions on RNA abundance.

  Maekawa S, Imamachi N, Irie T, Tani H, Matsumoto K, Mizutani R, Imamura K, Kakeda M, Yada T, Sugano S …

  BMC genomics 16(1) 154-154 2015年3月 査読有り
• Long Noncoding RNA NEAT1-Dependent SFPQ Relocation from Promoter Region to Paraspeckle Mediates IL8 Expression upon Immune Stimuli.

  Katsutoshi I, Imamachi N, Akizuki G, Kumakura M, Kawaguchi A, Nagata K, Kato A, Kawaguchi Y, Sato H, Yoneda M …

  Molecular Cell 53(3) 393-406 2014年2月 査読有り
• Tetrahedral Gray Code for Visualization of Genome Information

  Natsuhiro Ichinose, Tetsushi Yada, Osamu Gotoh

  PLOS ONE 9(1) e86133 2014年1月 査読有り

MISC

• Oncofetal geneの体系的な探索

  原 惇史, 水谷 玲菜, 秋光 信佳, 矢田 哲士

  生命科学系学会合同年次大会 2017年度 [1P-0751] 2017年12月
• A new computational method to predict transcriptional activity of a DNA sequence from diverse datasets of massively parallel reporter assays

  Ying Liu, Takuma Irie, Tetsushi Yada, Yutaka Suzuki

  NUCLEIC ACIDS RESEARCH 45(13) 2017年7月
• Estimating optimal sparseness of developmental gene networks using a semi-quantitative model

  Natsuhiro Ichinose, Tetsushi Yada, Hiroshi Wada

  PLOS ONE 12(4) 2017年4月
• 次世代型シークエンサーを用いた変異プロモーターの網羅的解析

  入江拓磨, 劉瑩, 榊原雄太, 門城拓, 関真秀, 菅野純夫, 矢田哲士, 鈴木穣

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 39th ROMBUNNO.1P‐0875 (WEB ONLY) 2016年
• 変異導入プロモーターの転写活性データを用いて転写制御コードを解読する

  劉 瑩, 入江 拓磨, 門城 拓, 矢田 哲士, 鈴木 穣

  日本生化学会大会・日本分子生物学会年会合同大会講演要旨集 88回・38回 [4T14L-04(3P0704)] 2015年12月
• 次世代型シークエンサーを用いた変異プロモーターの網羅的解析

  入江拓磨, 劉瑩, 門城拓, 関真秀, 榊原雄太, 菅野純夫, 矢田哲士, 鈴木穣

  日本生化学会大会(Web) 88th 3P0842 (WEB ONLY) 2015年
• Long Noncoding RNA NEAT1-Dependent SFPQ Relocation from Promoter Region to Paraspeckle Mediates IL8 Expression upon Immune Stimuli (vol 53, pg 393, 2014)

  Katsutoshi Imamura, Naoto Imamachi, Gen Akizuki, Michiko Kumakura, Atsushi Kawaguchi, Kyosuke Nagata, Akihisa Kato, Yasushi Kawaguchi, Hiroki Sato, Misako Yoneda …

  MOLECULAR CELL 54(6) 1055-1055 2014年6月
• 次世代シークエンサーによる変異プロモーターの網羅的解析

  入江拓磨, 門城拓, 劉エイ, 関真秀, 菅野純夫, 矢田哲士, 鈴木穣

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 37th 2P-0985 (WEB ONLY) 2014年
• miRNA-target prediction based on transcriptional regulation

  Toyofumi Fujiwara, Tetsushi Yada

  BMC GENOMICS 14 2013年2月
• Identification of hundreds of novel UPF1 target transcripts by direct determination of whole transcriptome stability

  Hidenori Tani, Naoto Imamachi, Kazi Abdus Salam, Rena Mizutani, Kenichi Ijiri, Takuma Irie, Tetsushi Yada, Yutaka Suzuki, Nobuyoshi Akimitsu

  RNA BIOLOGY 9(11) 1370-1379 2012年11月
• 超並列シークエンサーを用いたヒト変異プロモーターのハイスループット解析

  入江拓磨, 関真秀, 菅野純夫, 矢田哲士

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 35th 3P-0753 (WEB ONLY) 2012年
• Large-scale motif discovery using DNA Gray code and equiprobable oligomers

  Natsuhiro Ichinose, Tetsushi Yada, Osamu Gotoh

  BIOINFORMATICS 28(1) 25-31 2012年1月
• Predicting promoter activities of primary human DNA sequences

  Takuma Irie, Sung-Joon Park, Riu Yamashita, Masahide Seki, Tetsushi Yada, Sumio Sugano, Kenta Nakai, Yutaka Suzuki

  NUCLEIC ACIDS RESEARCH 39(11) 2011年6月
• Linear regression models predicting strength of transcriptional activity of promoters.

  Yada T, Yoshida K, Morita M, Taniguchi T, Irie T, Suzuki Y

  Genome informatics. International Conference on Genome Informatics 25(1) 53-60 2011年
• Linear regression models predicting strength of transcriptional activity of promoters.

  25(1) 53-60 2011年

Works(作品等)

• 次世代シークエンサー解析と情報科学解析で迫る転写調節コードの普遍性と多様性

  2015年 - 2017年
• プロモーター配列の情報科学的解体と再構成による遺伝子回路の設計

  2014年 - 2016年
• 遺伝子のde novo誕生の機序に迫るバイオインフォマティクス研究

  2013年 - 2016年

共同研究・競争的資金等の研究課題

• 複雑ネットワークの視点からの新規細胞タイプの進化

  日本学術振興会 科学研究費助成事業 基盤研究(A) 2018年4月 - 2023年3月

  和田 洋, 矢田 哲士, 川島 武士, 市瀬 夏洋
• 生物のde novo遺伝子探索アルゴリズムの探究

  日本学術振興会 科学研究費助成事業 基盤研究(B) 2018年4月 - 2023年3月

  矢田 哲士
• ゲノムアノテーションで見過された短鎖ペプチドコードORFの発見と疾患マーカー開発

  日本学術振興会 科学研究費助成事業 挑戦的研究(萌芽) 2017年6月 - 2019年3月

  矢田 哲士, 秋光 信佳
• 転写制御ネットワークの頑健性と柔軟性、相転移の実験的検証

  日本学術振興会 科学研究費助成事業 基盤研究(B) 2015年7月 - 2019年3月

  和田 洋, 矢田 哲士, 市瀬 夏洋
• 次世代シークエンサー解析と情報科学解析で迫る転写調節コードの普遍性と多様性

  日本学術振興会 科学研究費助成事業 新学術領域研究(研究領域提案型) 2015年4月 - 2017年3月

  矢田 哲士
• プロモーター配列の情報科学的解体と再構成による遺伝子回路の設計

  日本学術振興会 科学研究費助成事業 新学術領域研究(研究領域提案型) 2014年4月 - 2016年3月

  矢田 哲士
• 遺伝子のde novo誕生の機序に迫るバイオインフォマティクス研究

  日本学術振興会 科学研究費助成事業 挑戦的萌芽研究 2013年4月 - 2016年3月

  矢田 哲士
• ゲノム科学の総合的推進に向けた大規模ゲノム情報生産・高度情報解析支援

  日本学術振興会 科学研究費助成事業 新学術領域研究(研究領域提案型) 2010年4月 - 2016年3月

  小原 雄治, 加藤 和人, 豊田 敦, 黒木 陽子, 菅野 純夫, 鈴木 穣, 林 哲也, 山本 健, 辻 省次, 井ノ上 逸朗, 黒川 顕, 森下 真一, 中村 保一, 田畑 哲之, 久原 哲, 岩崎 渉, 瀬々 潤, 高橋 弘喜, 浅井 潔, 笠原 雅弘, 榊原 康文, 矢田 哲士, 山縣 然太朗, 武藤 香織, 位田 隆一, 増井 徹, 栗山 真理子, 高木 利久, 藤山 秋佐夫, 服部 正平, 小椋 義俊, 徳永 勝士, 桑野 良三, 大橋 順, 伊藤 武彦, 平川 英樹, 野口 英樹, 松岡 聡, 小笠原 直毅, 中村 建介, 浜田 道昭, 金谷 重彦, 安西 祐一郎, 岡田 清孝, 榊 佳之, 高久 史麿, 豊島 久真男, 中村 桂子, 堀田 凱樹, 米澤 明憲, 吉川 寛, 吉田 光昭, 猪子 英俊, 戸田 達史, 稲澤 譲治, 五條掘 孝, 漆原 秀子, 武田 洋幸, 城石 俊彦, 伊藤 隆司, 佐藤 矩行, 松田 秀雄, 五斗 進, 津田 雅孝, 桑野 良三, 徳永 勝士, 小笠原 直毅
• プロモーター配列の設計

  日本学術振興会 科学研究費助成事業 基盤研究(A) 2010年 - 2012年

  矢田 哲士, 鈴木 穰
• 大規模ゲノム情報の比較技術と知識発見

  日本学術振興会 科学研究費助成事業 特定領域研究 2005年 - 2009年

  矢田 哲士, 野口 秀樹
• 比較ゲノム解析による進化・多様性のゲノム基盤の解明

  日本学術振興会 科学研究費助成事業 特定領域研究 2004年 - 2009年

  藤山 秋佐夫, 佐藤 矩行, 堀 寛, 田畑 哲之, 矢田 哲士, 小原 雄治
• ヒトゲノムにおける広義の遺伝子発見研究

  科学技術振興機構 知識インフラの構築/バイオインフォマティクス推進センター事業/創造的な生物・情報知識融合型の研究開発 2004年 - 2006年

  矢田 哲士
• 網羅的DNA-蛋白相互作用データに基づく染色体のモデル表現

  日本学術振興会 科学研究費助成事業 基盤研究(B) 2003年 - 2005年

  白髭 克彦, 坂東 優篤, 矢田 哲士, 市瀬 夏洋, 野口 英樹
• ヒト遺伝子の転写・発現の多様性解明を目指した基盤データベースの開発

  科学技術振興機構 知識インフラの構築/バイオインフォマティクス推進センター事業/創造的な生物・情報知識融合型の研究開発 2001年 - 2004年

  矢田 哲士
• 情報表現モデルによるゲノム配列情報のモデル化と予測

  日本学術振興会 科学研究費助成事業 特定領域研究 2000年 - 2004年

  矢田 哲士, 浅井 潔
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