菊池 誠

基本情報

所属

大阪大学 D3センター 招聘教授 (名誉教授)

学位

理学博士(1986年3月 東北大学)

連絡先

kikuchi.macoto.cmcosaka-u.ac.jp

研究者番号

50195210

ORCID iD

https://orcid.org/0000-0003-1582-8970

J-GLOBAL ID

201101009449803870

researchmap会員ID

B000002689

外部リンク

http://www.cp.cmc.osaka-u.ac.jp/~kikuchi

研究キーワード

• 進化
• 遺伝子制御ネットワーク
• レアイベントサンプリング
• 分子モーター
• 臨界現象
• タンパク質フォールディング
• 自由エネルギー景観
• 拡張アンサンブル
• 高分子
• 生物物理
• 自由エネルギー構造
• 計算物理
• 分子機械
• 交通流
• タンパク質
• 計算機シミュレーション

研究分野

• 自然科学一般 / 生物物理、化学物理、ソフトマターの物理 / タンパク質, 遺伝子制御ネットワーク
• 自然科学一般 / 数理物理、物性基礎 / 相転移, 臨界現象

経歴

• 2024年4月 - 現在

  大阪大学D3センター, 招聘教授
• 2000年4月 - 2024年3月

  大阪大学, サイバーメディアセンター, 教授
• 2000年1月 - 2000年3月

  大阪大学, 大学院理学研究科, 教授
• 1996年4月 - 1999年12月

  大阪大学, 大学院理学研究科, 助教授
• 1993年8月 - 1996年3月

  大阪大学 理学部, 助教授
• 1987年2月 - 1993年7月

  大阪大学, 理学部, 助手
• 1991年9月 - 1993年3月

  マックスプランク高分子研究所, マックスプランク研究員

受賞

• 2023年3月

  第10回星新一賞優秀賞, 日本経済新聞社

  菊池誠
• 2008年4月

  文部科学大臣表彰・科学技術賞(理解増進部門), 文部科学省

  渡辺治, 松田裕幸, 菊池誠

論文

• Phenotype selection due to mutational robustness

  Macoto Kikuchi

  PLOS ONE 19(11) e0311058-e0311058 2024年11月18日 査読有り筆頭著者最終著者責任著者
• 遺伝子制御ネットワークの変異に対する頑健性と 双安定性の進化の定量評価:レアイベントサンプリング の手法

  菊池誠

  生物物理 62(6) 360-364 2022年12月 査読有り招待有り筆頭著者最終著者責任著者
• Evolution enhances mutational robustness and suppresses the emergence of a new phenotype: A new computational approach for studying evolution

  Tadamune Kaneko, Macoto Kikuchi

  PLOS Computational Biology 18(1) e1009796-e1009796 2022年1月19日 査読有り最終著者責任著者
• Emergence of cooperative bistability and robustness of gene regulatory networks

  Shintaro Nagata, Macoto Kikuchi

  PLOS Computational Biology 16(6) e1007969-e1007969 2020年6月29日 査読有り最終著者責任著者
• Scaling from Circuit Experiment to Real Traffic Based on Optimal Velocity Model

  A.Nakayama, M.Kikuchi, A.Shibata, Y.Sugiyama, S.Tadaki, S.Yukawa

  Traffic and Granular Flow '15 523-530 2016年9月 査読有り
• Characterizing and distinguishing free and jammed traffic flows from the distribution and correlation of experimental speed data

  Shin-ichi Tadaki, Macoto Kikuchi, Akihiro Nakayama, Akihiro Shibata, Yuki Sugiyama, Satoshi Yukawa

  NEW JOURNAL OF PHYSICS 18 83022 2016年8月 査読有り
• Quantitative explanation of circuit experiments and real traffic using the optimal velocity model

  Akihiro Nakayama, Macoto Kikuchi, Akihiro Shibata, Yuki Sugiyama, Shin-Ichi Tadaki, Satoshi Yukawa

  New Journal of Physics 18(4) 43040 2016年4月1日 査読有り
• The interplay of intrinsic disorder and macromolecular crowding on α-synuclein fibril formation

  Nobu C. Shirai, Macoto Kikuchi

  The Journal of Chemical Physics 144(5) 055101-055101 2016年2月7日 査読有り
• The interplay of intrinsic disorder and macromolecular crowding on alpha-synuclein fibril formation

  Nobu C. Shirai, Macoto Kikuchi

  JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 144(5) 55101 2016年2月 査読有り最終著者
• Nucleotide-dependent structural fluctuations and regulation of microtubule-binding affinity of KIF1A

  Ryo Kanada, Fumiko Takagi, Macoto Kikuchi

  PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS 83(5) 809-819 2015年5月 査読有り最終著者
• Numerous but Rare: An Exploration of Magic Squares

  Akimasa Kitajima, Macoto Kikuchi

  PLOS ONE 10(5) e0125062 2015年5月 査読有り最終著者責任著者
• Critical density of experimental traffic jam

  Shin-Ichi Tadaki, Macoto Kikuchi, Minoru Fukui, Akihiro Nakayama, Katsuhiro Nishinari, Akihiro Shibata, Yuki Sugiyama, Taturu Yosida, Satoshi Yukawa

  Traffic and Granular Flow, 2013 505-511 2015年 査読有り
• Structural flexibility of intrinsically disordered proteins induces stepwise target recognition

  Nobu C. Shirai, Macoto Kikuchi

  JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 139(22) 225103 2013年12月 査読有り
• Phase transition in traffic jam experiment on a circuit

  Shin-ichi Tadaki, Macoto Kikuchi, Minoru Fukui, Akihiro Nakayama, Katsuhiro Nishinari, Akihiro Shibata, Yuki Sugiyama, Taturu Yosida, Satoshi Yukawa

  NEW JOURNAL OF PHYSICS 15 103034 2013年10月 査読有り
• Short Polypeptide with Metastable Structures (準安定状態を持つ短いポリペプチド)

  松下 勝義, 菊池誠

  Interdisciplinary Information Sciences 19(1) 29-34 2013年8月 査読有り
• Characterizing and distinguishing free and jammed traffic flows from the distribution and correlation of experimental speed data

  Shin-ichi Tadaki, Macoto Kikuchi, Akihiro Nakayama, Akihiro Shibata, Yuki Sugiyama, Satoshi Yukawa

  New Journal of Physics 18 083022 2013年7月 査読有り
• Robustness leads close to the edge of chaos in coupled map networks: toward the understanding of biological networks

  Nen Saito, Macoto Kikuchi

  NEW JOURNAL OF PHYSICS 15 53037 2013年5月 査読有り最終著者
• Frustration-induced protein intrinsic disorder (競合誘起のタンパク質天然変性)

  Katsuyoshi Matsushita, Macoto Kikuchi

  J. Chem. Phys. 138(10) 105101 2013年3月 査読有り最終著者
• Multicanonical simulation of coupled folding and binding of intrinsically disordered protein using an Ising-like protein model

  Katsuyoshi Matsushita, Macoto Kikuchi

  24TH IUPAP CONFERENCE ON COMPUTATIONAL PHYSICS (IUPAP-CCP 2012) 454 12034 2013年 査読有り
• Multicanonical simulation of the Domb-Joyce model and the Go model: new enumeration methods for self-avoiding walks

  Nobu C. Shirai, Macoto Kikuchi

  24TH IUPAP CONFERENCE ON COMPUTATIONAL PHYSICS (IUPAP-CCP 2012) 454 12039 2013年 査読有り

MISC

• スーパーコンピューティングコンテスト2021

  菊池誠

  数学セミナー 61(1) 43-47 2022年1月 招待有り筆頭著者
• Funnel GAS Model for Protein Many-Body Systems under the Crowded Environment

  Macoto Kikuchi, Yoshikatsu Tada, Nobu C. Shirai

  BIOPHYSICAL JOURNAL 114(3) 200A-200A 2018年2月
• The Interplay of Intrinsic Disorder and Macromolecular Crowding on alpha-Synuclein Fibril Formation

  Nobu C. Shirai, Macoto Kikuchi

  BIOPHYSICAL JOURNAL 110(3) 552A-552A 2016年2月
• Allosterically Regulated Structural Fluctuation and Microtubule-Binding Affinity of KiF1A-A Simulation Study of Coarse-Grained Model -

  Macoto Kikuchi, Ryo Kanada, Fumiko Takagi

  BIOPHYSICAL JOURNAL 110(3) 459A-459A 2016年2月
• 30aPS-107 結合と折りたたみの共起におけるエネルギー地形のファネル化の検証(30aPS 領域12ポスターセッション,領域12(ソフトマター物理・化学物理・生物物理))

  松下 勝義, 杉原 秀理, 菊池 誠, 能川 知昭, 佐々木 志剛

  日本物理学会講演概要集 69(1) 425-425 2014年3月5日
• 27aAB-6 α-シヌクレイン繊維形成に対する分子混雑の影響(27aAB 細胞質シンポ関連・溶液・液体等,領域12(ソフトマター物理・化学物理・生物物理))

  白井 伸宙, 菊池 誠

  日本物理学会講演概要集 69(1) 388-388 2014年3月5日
• 28aPS-103 Wang-Landau法によるタンパク質折り畳み経路のサンプリング(領域12ポスターセッション,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

  松下 勝義, 杉原 秀理, 菊池 誠, 能川 知昭, 佐々木 志剛

  日本物理学会講演概要集 68(2) 330-330 2013年8月26日
• 28aPS-108 天然変性タンパク質の構造ゆらぎを生かした密度変化誘起型シグナル伝達過程II(領域12ポスターセッション,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

  白井 伸宙, 菊池 誠

  日本物理学会講演概要集 68(2) 332-332 2013年8月26日
• 28aPS-59 Wang-Landau法による非平衡系の物理量の計算(領域11ポスターセッション,領域11(統計力学,物性基礎論,応用数学,力学,流体物理))

  杉原 秀理, 松下 勝義, 菊池 誠

  日本物理学会講演概要集 68(2) 285-285 2013年8月26日
• 26aXR-5 拡張アンサンブル法を用いたself-avoiding walkの数の推定(26aXR 確率過程・確率モデル1,領域11(統計力学,物性基礎論,応用数学,力学,流体物理))

  白井 伸宙, 菊池 誠

  日本物理学会講演概要集 68(1) 321-321 2013年3月26日
• 29aPS-42 競合が誘起する天然変性の連想記憶模型による表現(29aPS 領域12ポスターセッション,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

  松下 勝義, 菊池 誠

  日本物理学会講演概要集 68(1) 456-456 2013年3月26日
• 交通渋滞形成実験

  只木進一, 菊池誠, 福井稔, 中山章宏, 西成活裕, 柴田章博, 杉山雄規, 吉田立, 湯川諭

  交通流のシミュレーションシンポジウム論文集 19th 2013年
• Probability flow on the protein folding energy landscape

  Katsuyoshi Matsushita, Hidetoshi Sugihara, Macoto Kikuchi, Tomoaki Nogawa, Munetaka Sasaki

  第19回交通流のシミュレーションシンポジウム 論文集 19 61-64 2013年
• ニセ科学と科学者の社会への関わり方

  菊池 誠

  應用物理 81(10) 841-844 2012年10月10日
• 20pAB-7 天然変性タンパク質の構造ゆらぎを生かした密度変化誘起型シグナル伝達過程(20pAB 生物物理,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

  白井 伸宙, 菊池 誠

  日本物理学会講演概要集 67(2) 338-338 2012年8月24日
• タンパク質の天然変性を生み出す競合的相互作用のデザイン

  松下勝義, 松下勝義, 菊池誠, 菊池誠

  日本物理学会講演概要集 67(2) 349-349 2012年8月24日
• 27aPS-33 格子ガスモデルを用いたタンパク質結合プロセスの熱力学的解析II(27aPS 領域12ポスターセッション,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

  白井 伸宙, 菊池 誠

  日本物理学会講演概要集 67(1) 431-431 2012年3月5日
• 天然変性タンパク質結合によるターゲットタンパク質の構造安定化

  松下勝義, 松下勝義, 菊池誠, 菊池誠

  日本物理学会講演概要集 67(1) 431-431 2012年3月5日
• 24aPS-25 格子モデルを用いたIntrinsically Disordered Proteinの熱力学的解析II(24aPS 領域12ポスターセッション,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

  白井 伸宙, 菊池 誠

  日本物理学会講演概要集 66(2) 344-344 2011年8月24日
• 23aGN-9 タンパク質2量体形成シミュレーション : 単量体構造の安定性と2量体形成能(23aGN 生物物理,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

  高城 史子, 菊池 誠, 伊藤 伸泰

  日本物理学会講演概要集 66(2) 324-324 2011年8月24日

書籍等出版物

• 福島の甲状腺検査と過剰診断 : 子どもたちのために何ができるか

  高野, 徹, 緑川, 早苗, 大津留, 晶, 菊池, 誠, 児玉, 一八 (担当:共著, 範囲:第6章)

  あけび書房 2021年7月 (ISBN: 9784871541909)
• 子どもを守るために知っておきたいこと : 各分野の専門家が伝える

  宋, 美玄, 姜, 昌勲, NATROM, 森戸, やすみ, 堀, 成美, Dr.Koala, 猪熊, 弘子, 成田, 崇信, 松本, 俊彦, 内田, 良, 原田, 実, 菊池, 誠 (担当:共著)

  星海社,講談社 (発売) 2019年3月 (ISBN: 9784065151617)
• 信じちゃいけない身のまわりのカガク : あなたはそれで、本当に健康になれますか?

  渋谷研究所, 菊池, 誠 (担当:共著)

  立東舎,リットーミュージック (発売) 2017年2月 (ISBN: 9784845629978)
• いちから聞きたい放射線のほんとう : いま知っておきたい22の話

  菊池, 誠, 小峰, 公子, おかざき, 真里 (担当:共著)

  筑摩書房 2014年3月 (ISBN: 9784480860798)
• もうダマされないための「科学」講義

  菊池, 誠, 松永, 和紀, 伊勢田, 哲治, 平川, 秀幸, 飯田, 泰之, SYNODOS (担当:共著)

  光文社 2011年9月 (ISBN: 9784334036447)
• 科学と神秘のあいだ

  菊池, 誠

  筑摩書房 2010年3月 (ISBN: 9784480860729)
• おかしな科学 : みんながはまる、いい話コワい話

  渋谷研究所, 菊池, 誠 (担当:共著)

  楽工社 2009年7月 (ISBN: 9784903063331)
• 真空ダイヤグラム

  Baxter, Stephen (担当:共訳)

  早川書房 2003年1月 (ISBN: 4150114307)
• プランク・ゼロ

  Baxter, Stephen (担当:共訳)

  早川書房 2002年12月 (ISBN: 4150114277)
• ラッカー奇想博覧会

  (担当:共訳) (原著:Rudy Rucker)

  1995年7月
• メアリと巨人

  Dick, Philip K, 菊池, 誠, 細美, 遙子 (担当:共訳)

  筑摩書房 1992年12月 (ISBN: 4480831339)
• ニックとグリマング

  Dick, Philip K, 菊池, 誠 (担当:単訳)

  筑摩書房 1991年8月 (ISBN: 4480831177)

講演・口頭発表等

• Phenotype Selection due to Mutational Robustness in a Model of Gene Regulatory Networks

  菊池誠

  2023年8月18日
• Non-equilibrity of evolution revealed by multicanonical ensemble method: Phenotype selection due to mutational robustness in gene regulatory networks

  菊池誠

  2023年8月11日
• Genotypic entropy and bias in evolution of gene regulatory networks

  菊池誠

  2023年8月4日
• Phenotype Selection Due To Mutational Robustness: A Computational Study

  菊池誠

  2023年2月22日
• Use of Multicanonical Monte Carlo Method for Exploring Mutational Robustness of Gene Regulatory Network

  菊池誠

  2022年8月2日

担当経験のある科目(授業)

• 2025年4月 - 現在

  力学詳論1 (大阪大学理学部)
• 2019年4月 - 2023年3月

  統計力学1 (大阪大学理学研究科物理学専攻)

主要な所属学協会

• - 現在

  日本物理学会

共同研究・競争的資金等の研究課題

• マルチカノニカル法による生命進化の普遍法則の探究

  日本学術振興会 科学研究費助成事業 基盤研究(C) 2023年4月 - 2026年3月

  菊池 誠
• ファネル気体モデルによる細胞内混み合い環境下でのタンパク質複合体形成

  日本学術振興会 科学研究費助成事業 基盤研究(C) 2015年4月 - 2019年3月

  菊池 誠, 白井 伸宙, 多田 吉克
• 計算科学による核内タンパク質天然変性状態の構造多型解析

  日本学術振興会 科学研究費助成事業 新学術領域研究(研究領域提案型) 2009年7月 - 2014年3月

  肥後 順一, 高野 光則, 菊池 誠
• 交通流および自己駆動粒子系の流動機構の解明

  日本学術振興会 科学研究費助成事業 基盤研究(B) 2008年 - 2010年

  杉山 雄規, 只木 進一, 菊池 誠, 中山 章宏, 湯川 諭, 柴田 章博
• 進化的に獲得された相空間ランドスケープについての理論的研究

  日本学術振興会 科学研究費助成事業 基盤研究(C) 2005年 - 2006年

  菊池 誠, 時田 恵一郎, 茶碗谷 毅, 高城 史子
• 交通流の動的性質-実測データ解析とシミュレーション-

  日本学術振興会 科学研究費助成事業 基盤研究(C) 2003年 - 2005年

  只木 進一, 菊池 誠
• 生態系及び蛋白質モデルにおける進化的に獲得された相空間構造の特徴づけとその意味

  日本学術振興会 科学研究費助成事業 基盤研究(C) 2001年 - 2002年

  菊池 誠, 時田 恵一郎, 茶碗谷 毅
• 生態系および蛋白質モデルにおける進化の力学と論理

  日本学術振興会 科学研究費助成事業 基盤研究(C) 1999年 - 2000年

  菊池 誠, 茶碗谷 毅, 時田 恵一郎
• 量子ラチェットの基礎的研究

  日本学術振興会 科学研究費助成事業 萌芽的研究 1998年 - 1998年

  菊池 誠, 多々良 源, 松川 宏
• メタダイナミクスを取り入れた自律的発展系における創発的進化の研究

  日本学術振興会 科学研究費助成事業 重点領域研究 1996年 - 1996年

  時田 恵一郎, 菊池 誠
• 混合高分子溶融体系の秩序構造

  日本学術振興会 科学研究費助成事業 重点領域研究 1996年 - 1996年

  菊地 誠
• 非線形動力学の立場から見た交通流とカオス

  日本学術振興会 科学研究費助成事業 奨励研究(A) 1995年 - 1995年

  菊池 誠
• 混合高分子溶融体系の秩序構造

  日本学術振興会 科学研究費助成事業 重点領域研究 1995年 - 1995年

  菊池 誠
• 統計的依存時間の方法による臨界緩和スペクトラム

  日本学術振興会 科学研究費助成事業 奨励研究(A) 1994年 - 1994年

  菊地 誠
• 相転移のモンテカルロシミュレーションへのベイズ推定の応用

  日本学術振興会 科学研究費助成事業 奨励研究(A) 1993年 - 1993年

  菊池 誠
• 遷移元素ー非金属元素系の電子構造と多体効果

  日本学術振興会 科学研究費助成事業 一般研究(C) 1989年 - 1990年

  金森 順次郎, 赤井 久純, 菊池 誠, 五十嵐 潤一
• 遷移元素酸化物の電子状態と超伝導のモデル

  日本学術振興会 科学研究費助成事業 重点領域研究 1989年 - 1989年

  金森 順次郎, 赤井 久純, 菊池 誠, 五十嵐 潤一
• ランダム磁場中イジング模型のモンテカルロシミュレーション

  日本学術振興会 科学研究費助成事業 奨励研究(A) 1988年 - 1988年

  菊池 誠