comment ça marche chez moi :

Sur ma machine (powerbook, mais le clavier et la souris sont à peu de choses près les mêmes), les clics milieu et droit sont sur f11 et f12, et le clavier se configure en temps que macintosh fr dans l'applet gnome qui va bien.

Si tu n'utilises pas gnome, ou si les fichiers de configuration ne sont pas comme il faut, regarde-là si tu trouves ton bonheur http://www.linuxfr-france.org.invalid/macintosh/index.html#clavier