psacct

Tout d'abord, si tes utilisateurs utilisent bash, à la racine de leur compte se trouve le fichier ".bash_history" qui retrace toutes les commandes faites par un utilisateur (enfin y'a certainement tout de même une limite en nombre, mais qui doit être assez haute), l'inconvénient c'est que rien n'empèche l'utilisateur de vider ce fichier.
sinon tu peux regarder du côté des outils psacct, dont voici une petite doc rapide que je viens de trouver (en anglais) :
http://www.cyberciti.biz/tips/howto-log-user-activity-using-(...)