Cscene

Sur ce site il y a un article sympa qui explique comment séparer un programme C en plusieurs fichiers et comment utiliser make pour le compiler :
http://www.gmonline.demon.co.uk/cscene/CS2/CS2-10.html

Sinon, passer à autoconf/automake après me semble effectivement être une bonne idée. Quelques liens pêle-mêle qui traînent dans mes bookmarks :
Autoconf Tutorial : http://www.galassi.org/mark//mydocs/autoconf_tutorial_toc.ht(...)
GNU Autotools bootstrapper : http://bootstrapper.sourceforge.net/index.php?name=tutorial
Autconf / automake (français) :
http://www.infres.enst.fr/~dax/polys/configure/
Autoconf, Automake, and Libtool (livre en ligne) : http://sources.redhat.com/autobook/autobook/autobook_toc.htm(...)

Bon courage...