Tu ne le précises pas mais ton problème n'apparait qu'avec Internet Explorer. C'est un bug (ou une nouvelle fonctionalité!!) connu.
Un moyen de contourner ce problème est de cacher la balise input lorsque le div doit être au dessus. Pour cela il suffit de passer la propriété visibility de la balise input à hidden et de la remettre à normal ensuite.
# Que sous I.E
Posté par Nicolas (site web personnel) . En réponse au message Problème de Z-index avec un input. Évalué à 2.
Un moyen de contourner ce problème est de cacher la balise input lorsque le div doit être au dessus. Pour cela il suffit de passer la propriété visibility de la balise input à hidden et de la remettre à normal ensuite.