Plusieurs problèmes

Il y a trois problèmes et je ne sait pas lequel te bloque

1°) Lancer ta commande à distance avec ssh

#ssh machinecible -l utilisateurbidule "sh ~/monscript.sh"

pour mettre le script sur la cible exécuter avant:

#scp monscript.sh utilisateurbidule@machinecible:~/

pour ne pas avoir à entrer de password: http://www.debian.org/devel/passwordlessssh(...)

2°) configuration du sudo
Bon là c'est aussi discutable sur un plan de la sécurité mais pour avoir un sudo sans password:
ajouter dans /etc/sudoers de la machine cible "utilisateurbidule ALL=NOPASSWD: ALL"

3°) exécuter un process natif depuis java:

String cmdline= "sh ~/monscript.sh"
// démarre le process
Process p = Runtime.getRuntime().exec(cmdline);
// note: il existe une méthode Process exec(String command, String envp[], File dir)
// mais si tu l'utilises tu devra récupérer manuellement tout le contexte d'exécution (variables PATH/JAVA_HOME...)

// Initie et lance deux threads lisant sortie erreur et standard du process
// Tu peux mettre des FileOutputStream ou System.out/System.err à la place de "null" pour voir ce qui se passe dans le script
Thread stdTh = new InputStreamConsumerThread("STDStream", p.getInputStream(), null);
Thread errTh = new InputStreamConsumerThread("ErrorStream", p.getErrorStream(), null);
errTh.start();
stdTh.start();

// Attends la fin du process
p.waitFor();

Le code de la classe InputStreamConsumerThread:

import java.io.OutputStream;
import java.io.InputStream;
import java.io.IOException;

public class InputStreamConsumerThread
extends Thread
{

private InputStream _in;
private OutputStream _out;

public InputStreamConsumerThread(ThreadGroup group, String name, InputStream in, OutputStream out)
{
super(group, name);
setDaemon(true);
if ( in == null )
{
throw new IllegalArgumentException("InputStream argument cannot be null");
}
_in = in;
_out = out;
}

public InputStreamConsumerThread(String name, InputStream in, OutputStream out)
{
this(null, name, in, out);
}

public void run()
{
byte[] buf = new byte[512];
int count = 0;
try
{
while ( (count = _in.read(buf)) != -1 )
{
if ( _out != null )
{
_out.write(buf, 0, count);
}
}
}
catch (IOException e)
{
e.printStackTrace();
}
}
}