En fait, il faudrait une interaction texte/graphique : une molecule de DNA est representee par une chaine de 4 caracteres (ATCG), parfois plus quand on a du degenere. Chaque caractere est numerote (position).
En gros, on doit pouvoir trouver des sous-chaines de 4,5, 6, et plus de sous chaines (correspondant a des sites de coupure appeles "sites de restriction") qui doivent etre ensuite positionnes sur une carte graphique (une ligne ou un rond). Ce qui serait bien, ce serait l'interaction entre les deux (DNA strider ne sait d'ailleurs pas le faire) : une modification de la chaine de caractere modifierait "en direct" le graphe. De plus, on devrait pouvoir marquer a la main des regions du DNA dans le texte, qui se traduiraient par des rectangles qu'on peut annoter, par ex correspondant a des genes. C'est difficile a expliquer sans schema, mais j'ai une idee assez precise de ce qui serait pratique. De plus, les formats de sequences qui sont deposes dans le domaine public sont aussi standardises, avec des tags, correspondant a des commentaires, des noms de genes, des references de publi, etc... et disponibles sur internet. Ce serait bien d'avoir la possibilite de recuperer ces donnees par reseau et de reconnaitre les tags automatiquement.
Ajoute a tout ca, des methodes d'alignements entre sequences, des methodes de prediction de structure, etc... peuvent etre facilement integres car les algorithmes sont deja publies et libres. Je peux fournir la doc et bien sur je peux participer a la mise au point et meme a la programmation si ce n'est pas trop dur.
En fait, c'est tres simple (aucune connaissance de biologie n'est necessaire). Si ca tente toute personne, n'hesitez pas a utiliser mon adresse email.
Je ne sais pas si ce serait bien de lancer le projet sur Sourceforge ou equivalent ??
[^] # Re: idee de LL
Posté par zeb . En réponse à la dépêche 1ère Edition du Concours Européen du Logiciel Libre. Évalué à 2.
En gros, on doit pouvoir trouver des sous-chaines de 4,5, 6, et plus de sous chaines (correspondant a des sites de coupure appeles "sites de restriction") qui doivent etre ensuite positionnes sur une carte graphique (une ligne ou un rond). Ce qui serait bien, ce serait l'interaction entre les deux (DNA strider ne sait d'ailleurs pas le faire) : une modification de la chaine de caractere modifierait "en direct" le graphe. De plus, on devrait pouvoir marquer a la main des regions du DNA dans le texte, qui se traduiraient par des rectangles qu'on peut annoter, par ex correspondant a des genes. C'est difficile a expliquer sans schema, mais j'ai une idee assez precise de ce qui serait pratique. De plus, les formats de sequences qui sont deposes dans le domaine public sont aussi standardises, avec des tags, correspondant a des commentaires, des noms de genes, des references de publi, etc... et disponibles sur internet. Ce serait bien d'avoir la possibilite de recuperer ces donnees par reseau et de reconnaitre les tags automatiquement.
Ajoute a tout ca, des methodes d'alignements entre sequences, des methodes de prediction de structure, etc... peuvent etre facilement integres car les algorithmes sont deja publies et libres. Je peux fournir la doc et bien sur je peux participer a la mise au point et meme a la programmation si ce n'est pas trop dur.
En fait, c'est tres simple (aucune connaissance de biologie n'est necessaire). Si ca tente toute personne, n'hesitez pas a utiliser mon adresse email.
Je ne sais pas si ce serait bien de lancer le projet sur Sourceforge ou equivalent ??