En fait en lisant wikipedia, Linpack fait un pivot de Gauss et non une extraction de valeur propre comme je le pensais. Dans la version pas intelligente, ça ferait très très peu de communication : on attribuerait des lignes à des processeurs, et à chaque étape on leur fournit le coefficient multiplicateur, et la ligne à retirer. Mais en faisant ça on aurait rapidement des processus qui n'aurait plus de travail (ceux dont les lignes ont atteintes la forme triangulaire souhaitée). Je n'ai pas trouvé l'algo de Linpack, mais il doit y avoir probablement quelques subtilités supplémentaires qui répartissent la charge, et provoquent plus de communications.
Pour folding@home, il s'agit d'intégrer les équations de la dynamiques sur des atomes (parfois sur des molécules ou des bases). Donc essentiellement l'usage mémoire c'est 6 flottants par atome (plus selon les descriptions quelques informations comme la charge, l'état d'hybridation des orbitales...) ; s'y ajoutent des données globales sur le système (forme, environnement) et les méthodes d'intégration (à température constante, à énergie constante...) — qui comptent pour presque rien. Les systèmes sont tout petit au regard des capacités des ordinateurs actuels (quelques dizaines de milliers d'atomes/molécules/bases) dans les pires des cas. Et ensuite, l'intégration se fait à l'échelle de temps des mouvements atomique. Dans le pire des cas la femtoseconde. Et comme le dépliement/rempliement d'une protéine, peut facilement prendre un temps de l'ordre de la seconde ou même de de la semaine, il faut surtout faire beaucoup, beaucoup, beaucoup de pas de temps.
[^] # Re: Oui mais non
Posté par ǝpɐןƃu∀ nǝıɥʇʇɐW-ǝɹɹǝıԀ (site web personnel) . En réponse au lien Le plus puissant supercalculateur du monde.. Évalué à 3.
En fait en lisant wikipedia, Linpack fait un pivot de Gauss et non une extraction de valeur propre comme je le pensais. Dans la version pas intelligente, ça ferait très très peu de communication : on attribuerait des lignes à des processeurs, et à chaque étape on leur fournit le coefficient multiplicateur, et la ligne à retirer. Mais en faisant ça on aurait rapidement des processus qui n'aurait plus de travail (ceux dont les lignes ont atteintes la forme triangulaire souhaitée). Je n'ai pas trouvé l'algo de Linpack, mais il doit y avoir probablement quelques subtilités supplémentaires qui répartissent la charge, et provoquent plus de communications.
Pour folding@home, il s'agit d'intégrer les équations de la dynamiques sur des atomes (parfois sur des molécules ou des bases). Donc essentiellement l'usage mémoire c'est 6 flottants par atome (plus selon les descriptions quelques informations comme la charge, l'état d'hybridation des orbitales...) ; s'y ajoutent des données globales sur le système (forme, environnement) et les méthodes d'intégration (à température constante, à énergie constante...) — qui comptent pour presque rien. Les systèmes sont tout petit au regard des capacités des ordinateurs actuels (quelques dizaines de milliers d'atomes/molécules/bases) dans les pires des cas. Et ensuite, l'intégration se fait à l'échelle de temps des mouvements atomique. Dans le pire des cas la femtoseconde. Et comme le dépliement/rempliement d'une protéine, peut facilement prendre un temps de l'ordre de la seconde ou même de de la semaine, il faut surtout faire beaucoup, beaucoup, beaucoup de pas de temps.
« IRAFURORBREVISESTANIMUMREGEQUINISIPARETIMPERAT » — Odes — Horace