Je vais pas crier au scandale, c'est l'ordre de grandeur connu pour les long reads, mais bon, la finalité n'est pas la même en général et les erreurs dans la séquence utile sont normalement corrigeables par l'assemblage.
Donc les barcodes customs font galérer un peu.
Dans ce cas, quitte à bricoler, pourquoi ne pas générer pour chacun de tes barcodes customs une liste de séquences dégradées (ou regex un peu sioux si tu restes sur grep ou agrep comme déjà cité) - à toi de fixer d'erreurs max, de les assigner à l'échantillon et de refaire tourner démultiplexeur ou grep en mode strict. Tu devrais ainsi attraper des reads en plus à associer à tes échantillons.
En plus cela te permettra de contrôler que chacun des barcodes avec des erreurs restent bien des identifiants uniques de séquences.
A coté de ça, tu semble trouver que le taux d'erreurs dépasse largement les 10 % : ton séquençage est-il considéré comme de bonne qualité par le séquenceur/ logiciels de qc ?
Si ce n'est pas le cas, c'est peut être normal que tu ais des difficultés à retrouver toutes tes barcodes.
[^] # Re: pas de shell...
Posté par littlebreizhman . En réponse au message grep et recherche approximative. Évalué à 2.
Je vais pas crier au scandale, c'est l'ordre de grandeur connu pour les long reads, mais bon, la finalité n'est pas la même en général et les erreurs dans la séquence utile sont normalement corrigeables par l'assemblage.
Donc les barcodes customs font galérer un peu.
Dans ce cas, quitte à bricoler, pourquoi ne pas générer pour chacun de tes barcodes customs une liste de séquences dégradées (ou regex un peu sioux si tu restes sur grep ou agrep comme déjà cité) - à toi de fixer d'erreurs max, de les assigner à l'échantillon et de refaire tourner démultiplexeur ou grep en mode strict. Tu devrais ainsi attraper des reads en plus à associer à tes échantillons.
En plus cela te permettra de contrôler que chacun des barcodes avec des erreurs restent bien des identifiants uniques de séquences.
A coté de ça, tu semble trouver que le taux d'erreurs dépasse largement les 10 % : ton séquençage est-il considéré comme de bonne qualité par le séquenceur/ logiciels de qc ?
Si ce n'est pas le cas, c'est peut être normal que tu ais des difficultés à retrouver toutes tes barcodes.