Apparemment, tu t'y connais en bio-info, donc je peux être un peu plus précis :
J'ai des données de séquençage NGS issues de séquençage MinION (connu pour faire beaucoup d'erreur) et je dois retirer les adaptateurs et démultiplexer mon fichier. Pour ça, j'ai essayé des logiciels dédiés (Cutadapt, Trimmomatic, Sabre, Barcode splitter...), mais j'ai du mal a retrouver mes barcodes (la fameuse séquences de 10 nucléotides), et ça marche carrément mieux avec un simple grep, mais sans pouvoir introduire de tolérance dans les mismatches.
[^] # Re: pas de shell...
Posté par groub . En réponse au message grep et recherche approximative. Évalué à 1.
Apparemment, tu t'y connais en bio-info, donc je peux être un peu plus précis :
J'ai des données de séquençage NGS issues de séquençage MinION (connu pour faire beaucoup d'erreur) et je dois retirer les adaptateurs et démultiplexer mon fichier. Pour ça, j'ai essayé des logiciels dédiés (Cutadapt, Trimmomatic, Sabre, Barcode splitter...), mais j'ai du mal a retrouver mes barcodes (la fameuse séquences de 10 nucléotides), et ça marche carrément mieux avec un simple grep, mais sans pouvoir introduire de tolérance dans les mismatches.