quelques remarques ..

cat $FICHIERTEMP | tr ',' '\r' > $FICHIERLIST

1./ UUOC.
2. il me semble qu'un retour chariot sous Unix ne soit pas \r mais \n
3. Si tu fais ça pour compter le nombre de lignes, sache que wc peut compter également le nombre de mots (wc -w il me semble).
4/ La commande for s'utilise sur une liste : for i in $FICHIERLIST t'initialisera la variable i avec le nom du fichier a chaque itération:

$ var="a b c"
$ for i in $var
> do
> echo "$i"
> done
a
b
c

Cerise sur le gateau, tu peux spécifier le séparateur de champ, donc pas besoin de tambouille pour transformer la virgule en saut de ligne:

$ OLDIFS=$IFS
$ IFS=','
$ var2="a,b,c" 
$ for i in $var2 
> do
> echo "$i"
> done
a
b
c
$ OLDIFS=$IFS
``̀
Voilà, j'espère que ça t'aidera.