Sirius

Pour faire des diagrammes de séquences, tu peux utiliser Sirius.
C'est un projet Open Source sous licence EPL.
Voici le type de résultat que tu pourrais obtenir : seq

Les fonctionnalités de diag de séquences te permettent de faire à peu près tout ce qu'on trouve classiquement dans ce type de diagramme, cf la doc : http://www.eclipse.org/sirius/doc/specifier/sequences/Sequence%20Diagrams.html

Mais il y a un avantage particulier : tu peux complètement choisir le format que tu souhaites utiliser pour stocker tes données, et tu peux personnaliser complètement le rendu graphique.
Si tu veux t'y essayer, mieux vaut commencer par un diagramme classique en suivant le tuto : http://www.eclipse.org/sirius/getstarted.html

Je connais deux outils basés sur Sirius qui sont eux mêmes Open Source et qui fournissent des diagrammes de séquences :
- UML Designer (ça m'a d'ailleurs étonné que ne cite pas ce projet Open Source dans la liste des projets libres qui font de la modélisation UML : http://www.umldesigner.org/ ). Le diag de seq : http://www.umldesigner.org/ref-doc/implement-the-application.html#Sequence_Diagram
- Capella, pour modéliser des architectures http://polarsys.org/capella/ et qui lui exploite toutes les capacités du moteur Sirius de diagramme de séquences : http://polarsys.org/capella/images/start/diagrams/[ES]_SAR.png