la bioinfo, ca regroupe des scientifiques dont le domaine de compétence est un gradient qui va du biologiste qui utilise une base de données avec une interface web pour comparer des séquences bio à l'informaticien théorique qui va développer de nouveaux outils de recherche des plus longs facteurs répétés sur des séquences qui font des millions de caractères (des génomes quoi) ... et la je ne parle pas des statisticiens qui jouent aussi un grand rôle, car vu la quantité de données est tellement imposante qu'il est souvent beaucoup trop compliqué de faire une étude exhaustive de chaque séquence (mais les stat ca fait toujours peur, je pense que c'est pour ca que ca n'apparait pas dans bioinfo ;-)
la principale contrainte en bio-info par rapport a l'info "classique", c'est la quantité de données à traiter : quand j'ai commencé sur mon sujet, il y avait 10 millions de séquences (celles qui intéressent mon labo) dans la banque, aujourd'hui, 4 ans après, il y en a le double; on a donc des problèmes d'organisation des données, et puis aussi des problèmes pour les traitements (c'est déjà long de parcourir 20 millions de séquences de longueur 500, si en plus il faut en extraire des infos ...)
Sinon pour un informaticien théorique, ca ne change pas grand chose, par exemple en algorithmique du texte, au lieu de prendre des exemples du type ababababbabb, on prend des exemples du type AGTGCTTA (avec les quatres lettres de l'ADN).
On peut très bien faire aussi du php/mysql (au lieu de faire une base "mes DVD perso", on fait une base "mes sequences").
Mais pour la plupart des problèmes, il faut quand même une double compétence, ne serait-ce que pour comprendre le problème bio à traiter.
bref, c'est un gradient, donc on peut dire que la bioinfo par rapport a l'info, ca change tout et rien :)
[^] # Re: Site bioinformatique Biolinux
Posté par Johann Pelfrene . En réponse à la dépêche Site bioinformatique Biolinux. Évalué à 4.
la principale contrainte en bio-info par rapport a l'info "classique", c'est la quantité de données à traiter : quand j'ai commencé sur mon sujet, il y avait 10 millions de séquences (celles qui intéressent mon labo) dans la banque, aujourd'hui, 4 ans après, il y en a le double; on a donc des problèmes d'organisation des données, et puis aussi des problèmes pour les traitements (c'est déjà long de parcourir 20 millions de séquences de longueur 500, si en plus il faut en extraire des infos ...)
Sinon pour un informaticien théorique, ca ne change pas grand chose, par exemple en algorithmique du texte, au lieu de prendre des exemples du type ababababbabb, on prend des exemples du type AGTGCTTA (avec les quatres lettres de l'ADN).
On peut très bien faire aussi du php/mysql (au lieu de faire une base "mes DVD perso", on fait une base "mes sequences").
Mais pour la plupart des problèmes, il faut quand même une double compétence, ne serait-ce que pour comprendre le problème bio à traiter.
bref, c'est un gradient, donc on peut dire que la bioinfo par rapport a l'info, ca change tout et rien :)