小林 裕樹

基本情報

所属

東京農業大学 総合研究所 研究員

研究者番号

60634714

ORCID iD

https://orcid.org/0000-0003-1061-3639

J-GLOBAL ID

202101008350082217

researchmap会員ID

R000031401

研究キーワード

• 菌学
• 菌根
• 植物微生物共生
• 酵母
• ゲノム科学

研究分野

• ライフサイエンス / ゲノム生物学 /
• ライフサイエンス / 進化生物学 /
• ライフサイエンス / 遺伝学 /
• ライフサイエンス / 多様性生物学、分類学 /

経歴

• 2026年4月 - 現在

  基礎生物学研究所, 共生システム研究部門, 特任研究員
• 2022年8月 - 2026年3月

  東京農業大学, 総合研究所, 博士研究員
• 2020年1月 - 2022年7月

  基礎生物学研究所, 進化ゲノミクス研究室, 特任研究員
• 2012年10月 - 2019年12月

  基礎生物学研究所, 共生システム研究部門, 特任研究員
• 2012年4月 - 2012年9月

  理化学研究所, イノベーション推進センター, 博士研究員

受賞

• 2022年1月

  2021年度NIBB若手研究者賞, 基礎生物学研究所

論文

• Magnesium enhances the expression of arthroconidia-related genes in Trichosporon asahii

  Aoki K, Matsutani M, Ohkuma M, Sugita T, Kobayashi Y, Tanaka N, Takashima M

  Microbiology spectrum 2026年6月15日 査読有り
• Non‐Canonical, Somatic‐Dependent Vertical Transmission of Wolbachia in an Aphid

  Tomonari Nozaki, Yuuki Kobayashi, Shuji Shigenobu

  Environmental Microbiology Reports 2026年4月 査読有り
• Phylogenomic insights into Taphrinomycotina and genomic features of Saitoella coloradoensis based on whole-genome sequencing at the chromosome level, with a proposal of the new class Saitoellomycetes

  Yuuki Kobayashi, Junta Sugiyama, Rahul Sk, Yuh Shiwa, Keita Aoki, Naoto Tanaka, Masako Takashima

  Mycologia 118(2) 284-301 2026年3月4日 査読有り筆頭著者責任著者
• Symbiont replacement and subsequent genome erosion reshape a dual obligate aphid symbiosis

  Tomonari Nozaki, Yuuki Kobayashi, Mika Ikeda, Shuji Shigenobu

  Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences 293(2065) 20252484 2026年2月18日 査読有り
• Chromosome-resolved genome assemblies of Rhodotorula toruloides reveal abnormal chromosomal evolution under artificial culture conditions.

  Yuuki Kobayashi, Moriya Ohkuma, Keita Aoki, Naoto Tanaka, Masako Takashima

  Scientific reports 16(1) 1732 2025年12月11日 査読有り筆頭著者責任著者
• Nuclear division phenotypes in Sporidiobolales and Trichosporonales

  Keita Aoki, Moriya Ohkuma, Takashi Sugita, Yuuki Kobayashi, Naoto Tanaka, Masako Takashima

  Microbiology Spectrum 13 e01327-25 2025年11月4日 査読有り
• Draft genome sequences of Buchnera aphidicola from three aphid species (Hemiptera: Aphididae: Eriosomatinae) associated with gall formation on elm trees.

  Xin Tong, Yuuki Kobayashi, Mika Ikeda, Hsin-I Wen, Shin-Ichi Akimoto, Shuji Shigenobu

  Microbiology resource announcements 14(7) e0033625 2025年7月10日 査読有り
• Whole-genome based phylogeny and comparative genomics of Sporidiobolales and related taxa of Basidiomycetes

  Yuuki Kobayashi, Naoto Tanaka, Minenosuke Matsutani, Yuuna Kurokawa, Keita Aoki, Moriya Ohkuma, Ri-ichiroh Manabe, Masako Takashima

  IMA Fungus 16 e141626 2025年5月13日 査読有り筆頭著者責任著者
• Analyses of hyphal diversity in Trichosporonales yeasts based on fluorescent microscopic observations.

  Keita Aoki, Moriya Ohkuma, Takashi Sugita, Yuuki Kobayashi, Naoto Tanaka, Masako Takashima

  Microbiology spectrum 13(4) e03210-24 2025年2月25日 査読有り
• Chromosome-level genome assemblies of Cutaneotrichosporon spp. (Trichosporonales, Basidiomycota) reveal imbalanced evolution between nucleotide sequences and chromosome synteny.

  Yuuki Kobayashi, Ayane Kayamori, Keita Aoki, Yuh Shiwa, Minenosuke Matsutani, Nobuyuki Fujita, Takashi Sugita, Wataru Iwasaki, Naoto Tanaka, Masako Takashima

  BMC genomics 24(1) 609 2023年10月11日 査読有り筆頭著者責任著者
• The draft genome sequence of the Japanese rhinoceros beetle Trypoxylus dichotomus septentrionalis towards an understanding of horn formation.

  Morita S, Shibata TF, Nishiyama T, Kobayashi Y, Yamaguchi K, Toga K, Ohde T, Gotoh H, Kojima T, Weber JN …

  Scientific reports 13 8735 2023年5月30日 査読有り
• The genome of Lyophyllum shimeji provides insight into the initial evolution of ectomycorrhizal fungal genomes

  Yuuki Kobayashi, Tomoko F Shibata, Hideki Hirakawa, Tomoaki Nishiyama, Akiyoshi Yamada, Mitsuyasu Hasebe, Shuji Shigenobu, Masayoshi Kawaguchi

  DNA Research 30(1) 2023年1月5日 査読有り筆頭著者責任著者
• Hygrocybe griseonigricans(ハラタケ目ヌメリガサ科)の日本新産報告

  小林裕樹, 重信秀治

  日本菌学会会報 63(1) 17-21 2022年5月1日 査読有り筆頭著者責任著者
• First record of the cedar bark aphid, Cinara cedri cedri Mimeur, 1936 (Hemiptera: Aphidoidea) in Japan, and identification of infecting Wolbachia strains

  Tomonari Nozaki, Yuuki Kobayashi, Shuji Shigenobu

  BioInvasions Records 11(4) 900-911 2022年 査読有り
• Asymbiotic mass production of the arbuscular mycorrhizal fungus Rhizophagus clarus

  Sachiko Tanaka, Kayo Hashimoto, Yuuki Kobayashi, Koji Yano, Taro Maeda, Hiromu Kameoka, Tatsuhiro Ezawa, Katsuharu Saito, Kohki Akiyama, Masayoshi Kawaguchi

  Communications Biology 5(1) 2022年1月 査読有り
• Taxonomic revision of Termitomyces species found in Ryukyu Archipelago, Japan, based on phylogenetic analyses with three loci

  Yuuki Kobayashi, Miyuki Katsuren, Masaru Hojo, Shohei Wada, Yoshie Terashima, Masayoshi Kawaguchi, Gaku Tokuda, Kazuhiko Kinjo, Shuji Shigenobu

  Mycoscience 63(1) 33-38 2021年12月17日 査読有り筆頭著者責任著者
• Conservation and host-specific expression of non-tandemly repeated heterogenous ribosome RNA gene in arbuscular mycorrhizal fungi

  Taro Maeda, Yuuki Kobayashi, Tomomi Nakagawa, Tatsuhiro Ezawa, Katsushi Yamaguchi, Takahiro Bino, Yuki Nishimoto, Shuji Shigenobu, Masayoshi Kawaguchi

  2020年5月15日
• Evidence of non-tandemly repeated rDNAs and their intragenomic heterogeneity in Rhizophagus irregularis

  Taro Maeda, Yuuki Kobayashi, Hiromu Kameoka, Nao Okuma, Naoya Takeda, Katsushi Yamaguchi, Takahiro Bino, Shuji Shigenobu, Masayoshi Kawaguchi

  Communications Biology 1(1) 2018年7月10日 査読有り
• The genome of Rhizophagus clarus HR1 reveals a common genetic basis for auxotrophy among arbuscular mycorrhizal fungi

  Yuuki Kobayashi, Taro Maeda, Katsushi Yamaguchi, Hiromu Kameoka, Sachiko Tanaka, Tatsuhiro Ezawa, Shuji Shigenobu, Masayoshi Kawaguchi

  BMC Genomics 19(1) 2018年6月 査読有り筆頭著者
• Expression and Genome-Wide Analysis of the Xylogen-Type Gene Family

  Y. Kobayashi, H. Motose, K. Iwamoto, H. Fukuda

  Plant and Cell Physiology 52(6) 1095-1106 2011年5月10日 査読有り筆頭著者

書籍等出版物

• 生物の科学 遺伝 Vol.80 No.5 (2026年9月発行号) 特集:地球の緑を支える菌根共生

  小林裕樹 (担当:分担執筆, 範囲:特集-1 "ゲノムから見えてくる菌根菌の生きざま" (pp.380-386))

  株式会社エヌ・ティー・エス 2026年9月 (ISBN: 9784864691017)
• グリーン・エージ No.598 2025年5月号

  小林 裕樹 (担当:分担執筆, 範囲:598: 24-27 [テーマ2:キノコの巧みな生態を探る―植物や昆虫と共生して生きるキノコの適応戦略])

  一般財団法人 日本緑化センター 2025年5月
• 微生物資源の整備と利活用の戦略 (大熊 盛也, 石田 達也, 乙黒 美彩, 飯田 敏也 編著)

  ⻘木敬太, 小林裕樹, 高島 昌子 (担当:分担執筆, 範囲:第4章第2節 真菌の命名と系統分類に関する課題)

  エヌ・ティー・エス 2023年9月 (ISBN: 9784860438586)
• 生物の科学 遺伝 2013年7月号 特集:共生ゲノム学―生物共進化のプリンシプルに迫る

  小林 裕樹, 川口 正代司 (担当:分担執筆, 範囲:67(4):472-477 (Part 3: ゲノム科学で理解する共生システムの多様性―ゲノムから見えてくる外生菌根菌の進化))

  エヌ・ティー・エス 2013年7月 (ISBN: 9784864690522)

MISC

• 全ゲノム情報を用いたSaitoella・Savitreella属菌類(子嚢菌タフリナ亜門)の系統解析

  小林裕樹, 杉山純多, 青木敬太, 志波優, Sk Rahul, 田中尚人, 高島昌子

  生物資源ゲノム解析拠点ニュースレター 12 64 2025年3月
• 国際菌学会(IMC12)および国際酵母学会(ICY16)で開催されたThe Yeasts, A Taxonomic Studyの更新版発行に関するミーティング

  青木敬太, 小林裕樹, 高島昌子

  日本微生物資源学会誌 40(2) 1-4 2024年
• 全ゲノムデータに基づくスポリディオボラス目酵母の系統解析

  小林裕樹, 田中尚人, 松谷峰之介, 黒川祐菜, 青木敬太, 大熊盛也, 高島昌子

  日本菌学会大会講演要旨集 68th 2024年
• Analysis of xylem formation inducing factor xylogen in Arabidopsis

  Y Kobayashi, K Iwamoto, H Motose, S Sawa, H Fukuda

  PLANT AND CELL PHYSIOLOGY 47 S151-S151 2006年

所属学協会

• 2025年 - 現在

  日本微生物資源学会
• 2023年 - 現在

  日本ゲノム微生物学会
• 2023年 - 現在

  日本分子生物学会
• 2010年 - 現在

  日本菌学会
• 2008年 - 現在

  日本植物生理学会
• 2006年 - 現在

  日本植物学会

共同研究・競争的資金等の研究課題

• アーバスキュラー菌根共生系から根粒共生系への進化基盤の解明

  日本学術振興会 科学研究費助成事業 新学術領域研究(研究領域提案型) 2010年4月 - 2015年3月

  川口 正代司, 齋藤 勝晴, 武田 直也, 壽崎 拓哉, 藤田 浩徳, 半田 佳宏, 小林 裕樹, 佐々木 武馬, 養老 瑛美子, 高原 正裕, 吉田 千枝, 岡本 暁, 宮澤 日子太, 篠原 秀文, 松林 嘉克, 征矢野 敬, 榊原 均, 林 誠, 菅沼 教生, 山田 明義, 江沢 辰広
• NIBB若手研究者賞研究助成金

  自然科学研究機構基礎生物学研究所