竹田 裕介

基本情報

所属

公益財団法人高輝度光科学研究センター 分光・イメージング推進室 テニュアトラック研究員

学位

博士(理学)(東京大学)

研究者番号

50838852

J-GLOBAL ID

201801019336396167

researchmap会員ID

B000321433

外部リンク

https://ytakeda-paleo.github.io/

主要な研究キーワード

• 進化生態学
• 生物形態
• イメージング
• トモグラフィ
• X線CT
• 可視化・ビジュアリゼーション
• コンピューターグラフィックス
• ビッグデータ
• バイオミネラリゼーション

主要な研究分野

• 自然科学一般 / 地球生命科学 /
• ライフサイエンス / 多様性生物学、分類学 /
• ライフサイエンス / 進化生物学 /
• ライフサイエンス / 形態、構造 /
• 人文・社会 / 博物館学 /
• 情報通信 / ソフトコンピューティング /

経歴

• 2025年4月 - 現在

  公益財団法人高輝度光科学研究センター, 分光・イメージング推進室, テニュアトラック研究員
• 2024年4月 - 2025年3月

  公益財団法人高輝度光科学研究センター, 散乱・イメージング推進室, テニュアトラック研究員
• 2021年4月 - 2024年3月

  北海道大学, 大学院理学研究院, 博士研究員
• 2018年4月 - 2021年3月

  北海道大学, 理学研究院, 日本学術振興会特別研究員(PD)
• 2017年4月 - 2018年3月

  東京大学, 総合研究博物館, 日本学術振興会特別研究員(PD)
• 2016年4月 - 2017年3月

  東京大学, 大学院理学系研究科, 日本学術振興会特別研究員(DC2)

学歴

• 2014年4月 - 2017年3月

  東京大学, 理学系研究科, 地球惑星科学専攻 博士課程
• 2012年4月 - 2014年3月

  東京大学, 理学系研究科, 地球惑星科学専攻 修士課程
• 2008年4月 - 2012年3月

  東京大学, 理学部, 地球惑星環境学科

受賞

• 2022年8月

  分島亮研究奨励金, 北海道大学大学院理学研究院

  竹田裕介
• 2015年12月

  Editors' Choice, Acta Palaeontologica Polonica

  竹田裕介
• 2014年1月

  優秀ポスター賞, 日本古生物学会

  竹田裕介
• 2012年8月

  Travel Grant Award, International Ichnologinal Association

  竹田裕介
• 2012年3月

  地球惑星環境学特別研究最優秀賞, 東京大学理学部地球惑星環境学科

  竹田裕介

主要な論文

• Earliest octopuses were giant top predators in Cretaceous oceans

  Shin Ikegami, Jörg Mutterlose, Kanta Sugiura, Yusuke Takeda, Mehmet Oguz Derin, Aya Kubota, Kazuki Tainaka, Takahiro Harada, Harufumi Nishida, Yasuhiro Iba

  Science 392(6796) 406-410 2026年4月23日 査読有り
• 47

  Automated curation and museum archiving of large-scale tomography data for scientific research

  Yusuke Takeda, Aya Kubota, Aya Togashi, Rinto Noguchi, Shintaro Sasaki, Shin Ikegami, Kanta Sugiura, Mehmet Oguz Derin, Kazuki Tainaka, Akiyoshi Kakita …

  Archives and Records 1-18 2026年4月20日 査読有り筆頭著者責任著者
• A practical pipeline for volume rendering of trillion-voxel tomographic data

  Yusuke Takeda, Daichi Obinata, Takahiro Harada, Mehmet Oguz Derin, Shin Ikegami, Aya Kubota, Shintaro Sasaki, Ryota Fukai, Tomohiro Usui, Kazuki Tainaka …

  bioRxiv 2026年4月14日 筆頭著者責任著者
• The oldest sepioid cephalopod from the Cretaceous discovered by Digital fossil-mining with zero-shot learning AI

  Kanta Sugiura, Shin Ikegami, Yusuke Takeda, Jörg Mutterlose, Mehmet Oguz Derin, Aya Kubota, Harufumi Nishida, Kazuki Tainaka, Takahiro Harada, Neil H. Landman …

  Communications Biology 2026年1月16日 査読有り
• The bright-field grinding tomography of coarse-grained calcium‐aluminum-rich inclusions in the Allende meteorite

  Ryota Fukai, Yusuke Takeda, Yuki Masuda, Daiki Yamamoto, Yasuhiro Iba, Shintaro Sasaki, Shin Ikegami, Aya Kubota, Reo Sato, Tomohiro Usui

  Icarus 439 116648-116648 2025年10月 査読有り
• Origin and radiation of squids revealed by digital fossil-mining

  Shin Ikegami, Yusuke Takeda, Jörg Mutterlose, Yasuhiro Iba

  Science 388(6754) 1406-1409 2025年6月26日 筆頭著者
• Amber in the Cretaceous deep sea deposits reveals large-scale tsunamis

  Aya Kubota, Yusuke Takeda, Keewook Yi, Shin-ichi Sano, Yasuhiro Iba

  Scientific Reports 15(1) 2025年5月15日 査読有り
• Nature visible only digitally

  Yasuhiro Iba, Aya Kubota, Yusuke Takeda, Mehmet Oguz Derin, Shin Ikegami, Jörg Mutterlose, Takahiro Harada, Tomonori Takeuchi, Kazuki Tainaka

  Patterns 6(4) 101210-101210 2025年4月 査読有り

MISC

• 科学の総合格闘技場と専門性

  竹田裕介

  理学部ニュース(東京大学理学部広報誌) 58(1) 15 2026年5月 招待有り筆頭著者最終著者責任著者
• SPring-8 で化石を調べる 〜アンモナイトの顎から太古の生態系の解明に迫る〜

  竹田裕介

  SPring-8 News (95) 2-4 2018年1月 招待有り
• 第9回国際頭足類シンポジウム(チューリッヒ)参加報告

  生野賢司, 相場大佑, 竹田裕介

  化石 (97) 57-59 2015年3月
• 小石川分館学生ヴォランティア勉強会

  竹田裕介, 坂井景, 阿部聡子, 上野恵理子, 鶴見英成

  東京大学総合研究博物館機関誌ウロボロス 18(3) 7-8 2013年12月 招待有り
• ICHNIA 2012(The 3rd International Congress on Ichnology)参加報告

  竹田裕介

  化石 93(93) 147-149 2013年3月

書籍等出版物

• 文化資源が秘めた歴史物語— 先端分析技術で鮮やかに読み解く

  竹田裕介 (担当:分担執筆, 範囲:放射光の特徴を活かした自然史・文化財研究 ―ユーザー・スタッフ両方の視点から)

  東北大学 金属材料研究所 新知創造学際領域形成推進室(学際ハブ推進室) 2025年9月

主要な講演・口頭発表等

• Remote GPU-Accelerated Synchrotron X-ray CT Data Processing Tool on the SPring-8 Data Center

  Yusuke Takeda, Yoshimasa Urushihara, Kota Ando, Kentaro Uesugi

  SCA/HPCAsia 2026 2026年1月27日
• 次世代トモグラフィ技術による形態情報の多次元デジタル化

  竹田裕介, 笹木慎太郎, 池上森, 久保田彩, 西田治文, 伊庭靖弘

  日本顕微鏡学会第63回シンポジウム 2020年11月 招待有り
• X線CTでアンモナイトの顎化石を解剖する:形態から化学組成まで

  竹田裕介

  社会・文化利用課題成果報告会/第40回SPring-8先端利用技術ワークショップ 2019年5月21日 公益財団法人高輝度光科学研究センター(JASRI) 招待有り
• 結晶学的性質からみた軟体動物頭足類の隔壁構造

  竹田裕介

  第13回バイオミネラリゼーションワークショップ 2018年11月 招待有り

担当経験のある科目(授業)

• 2026年2月

  SPring-8 X線マイクロCT実験研修会 講師 (SPring-8/高輝度光科学研究センター)
• 2025年9月

  SPring-8 秋の学校 ビームライン実習 講師 (SPring-8)
• 2025年7月

  SPring-8 夏の学校 ビームライン実習 講師 (SPring-8)
• 2012年 - 2015年

  生物多様性科学および実習 (東京大学理学部地球惑星環境学科)
• 2012年 - 2015年

  地球生命進化学実習 (東京大学理学部地球惑星環境学科)
• 2013年

  地球惑星環境学野外調査I (東京大学理学部地球惑星環境学科)
• 2013年

  地球生態学および実習 (東京大学理学部地球惑星環境学科)

所属学協会

• 2023年8月 - 現在

  日本放射光学会
• 2023年8月 - 現在

  日本進化学会
• 2021年12月 - 現在

  Association for Computing Machinery
• 2011年4月 - 現在

  日本地球惑星科学連合
• 2011年4月 - 現在

  日本古生物学会

主要なWorks(作品等)

• macmini cluster wiki

  Yusuke Takeda, Rinto Noguchi, Aya Togashi, Yasuhiro Iba

  2026年3月28日 - 現在 Web Service
• OAK: Automatic data curating software for high-resolution tomography

  Yusuke Takeda, Aya Togashi, Aya Kubota, Shintaro Sasaki, Shin Ikegami, Rinto Noguchi, Yasuhiro Iba

  2026年3月28日 コンピュータソフト

共同研究・競争的資金等の研究課題

• "デジタル化石鉱山"の構築:博物館を中核とした新たな自然史研究資源を開拓する

  日本学術振興会 科学研究費助成事業 挑戦的研究(開拓) 2023年6月 - 2026年3月

  竹田 裕介
• 高解像度3次元イメージングによるヒト脳全細胞病理解析プラットホーム

  日本学術振興会 科学研究費助成事業 基盤研究(B) 2022年4月 - 2025年3月

  田井中 一貴, 伊庭 靖弘, 竹田 裕介
• 高解像度3次元イメージングによるヒト脳全細胞病理解析プラットホーム

  日本学術振興会 科学研究費助成事業 基盤研究(B) 2022年4月 - 2025年3月

  田井中 一貴, 伊庭 靖弘, 竹田 裕介
• アンモナイト類(絶滅イカ・タコ類)に関する化石解剖学的研究

  北海道大学大学院理学研究院 分島亮研究奨励金 2022年8月
• シーボルト標本を用いた江戸の自然の科学的復元

  日本学術振興会 科学研究費助成事業 国際共同研究加速基金(国際共同研究強化(B)) 2020年10月 - 2022年3月

  佐々木 猛智, 三河内 岳, 秋山 忍, 矢後 勝也, 野下 浩司, 白勢 洋平, 竹田 裕介
• 次世代イメージング装置を用いた生命化石探査法の革新―偶然の発見を必然にする―

  日本学術振興会 科学研究費助成事業 基盤研究(B) 2019年4月 - 2021年3月

  伊庭 靖弘, 足立 奈津子, 江崎 洋一, 西田 治文, 竹田 裕介
• あらゆる内部構造をフルカラーで捉える3D イメージング装置の開発

  一般財団法人キヤノン財団 産業基盤の創生 2019年4月 - 2021年3月
• 軟体部の進化から,頭足類の繁栄と多様性をもたらした殻形成と遊泳機能に迫る

  日本学術振興会 科学研究費助成事業 特別研究員奨励費 2018年4月 - 2021年3月

  竹田 裕介
• 超高解像断層画像によるテラスケールフルカラー3D可視化パイプライン

  北海道大学情報基盤センター 次世代高性能計算機プログラム支援事業 2019年10月 - 2020年3月
• 紫外線蛍光イメージングで迫る化石頭足類軟体部の解剖組織学

  公益財団法人 藤原ナチュラルヒストリー振興財団 平成29年度(第26回)学術研究助成 2018年4月 - 2019年3月

  竹田裕介
• 有殻頭足類の形態進化における殻の強化戦略の解明

  日本学術振興会 科学研究費助成事業 特別研究員奨励費 2016年4月 - 2018年3月

  竹田 裕介
• 現生/化石有殻頭足類の殻の三次元微細構造の解析〜有殻頭足類の殻の形態形成とその進化の解明に向けて〜

  公益財団法人 高輝度光科学研究センター(JASRI) SPring-8 2016A期 大学院生提案型課題 2016年4月

  竹田裕介
• 対捕食者戦略からみた北米西部内陸海スカフィテス科アンモナイト類の殻の形態進化

  公益財団法人 深田地質研究所 平成27年度深田研究助成 2015年4月 - 2016年3月

  竹田裕介
• 絶滅頭足類アンモナイトと現生頭足類オウムガイの三次元貝殻微細構造の比較

  公益財団法人 高輝度光科学研究センター(JASRI) SPring-8 2015B期 大学院生提案型課題(社会・文化利用) 2015年12月

  竹田裕介
• 絶滅頭足綱アンモナイト類と現生頭足類の食餌器官(顎器と歯舌)の形態解析と食性復元

  公益財団法人 高輝度光科学研究センター(JASRI) SPring-8 2015A期 萌芽的研究支援課題 2015年4月

  竹田裕介
• International Ichnological Association travel grant for students to attend ICHNIA 2012

  International Ichnological Association Travel grant 2012年8月

  竹田裕介
• 中生代の捕食-被食関係を復元する:捕食活動による副産物からの情報抽出

  公益財団法人 高輝度光科学研究センター(JASRI) SPring-8 2018A期 成果非専有課題

学術貢献活動

• 日本古生物学会 第167回例会 夜間小集会「古生物学における X 線 CT スキャナーの活用 II 実践編」企画,世話人

  企画立案・運営等, パネル司会・セッションチェア等

  竹田裕介 2018年2月3日 - 2018年2月3日
• 日本古生物学会 2017 年年会 夜間小集会「古生物学におけるX線CTスキャナーの活用」企画,世話人

  企画立案・運営等, パネル司会・セッションチェア等

  佐々木猛智,竹田裕介 2017年6月10日
• Palaeogeography, Palaeoclimatology, Palaeoecology誌 査読

  査読

  2017年

社会貢献活動

• 茨城県自然博物館企画展「恐竜と共に生きた生物たち」

  情報提供

  2025年7月
• 兵庫県立人と自然の博物館 ミニ企画展 「ひとはく研究員展2025」

  情報提供

  2025年2月
• 大阪自然史博物館 特別展「貝に沼る」

  情報提供

  2024年2月22日 - 2024年5月6日
• 東京大学総合研究博物館小石川分館 特別展示 「貝の建築学」

  運営参加・支援

  2019年10月26日 - 2020年3月15日
• 東京大学総合研究博物館 常設展「UMUT オープンラボ 太陽系から人類へ」

  運営参加・支援

  東京大学総合研究博物館 2016年5月
• 東京大学総合研究博物館 特別展「東大古生物学 130年の軌跡」

  運営参加・支援

  東京大学総合研究博物館 2013年10月
• 東京大学総合研究博物館 マクロ先端研究発信グループ 共同活動「学術資料・標本をつくるハンズオン・ギャラリー」

  運営参加・支援

  東京大学総合研究博物館 2013年7月

メディア報道

• Hundreds of hidden fossils reveal squids’ evolutionary origins

  Science https://doi.org/10.1126/science.ztmc9l6 2025年6月 インターネットメディア
• アンモナイトは何を食べていた?:顎の化石を放射光で観察

  公益財団法人 姫路市文化交流財団 BanCulバンカル No.108(2018年夏号)p76-79 2018年6月 新聞・雑誌
• イカ類は1億年前に既に誕生し爆発的に多様化していた 〜古生物学を根本から変革するデジタル化石マイニング技術〜

  高輝度光科学研究センター プレスリリース インターネットメディア