根本 航

基本情報

所属

東京電機大学 理工学部理工学科 生命科学系 教授

学位

博士(理学)(2005年9月 奈良先端科学技術大学院大学)

研究者番号

10455438

J-GLOBAL ID

201201023776690752

researchmap会員ID

7000000909

外部リンク

http://www.b.dendai.ac.jp/~rb/index.html

研究キーワード

• 画像解析
• 大規模データ
• 創薬
• トランスクリプトーム解析
• ゲノム解析
• 立体構造
• ヘテロダイマー
• GPCR
• 膜タンパク質
• タンパク質
• バイオインフォマティクス
• Drug design
• Membrane proteins
• Structure
• Protein
• ゲノム解析
• 膜タンパク質
• バイオインフォマティクス

研究分野

• ライフサイエンス / 多様性生物学、分類学 / 生物多様性
• ライフサイエンス / システムゲノム科学 / システムゲノム科学
• ライフサイエンス / 生物物理学 / 生物物理学
• 情報通信 / 生命、健康、医療情報学 / 生体生命情報学
• 情報通信 / エンタテインメント、ゲーム情報学 /

経歴

• 2021年9月 - 現在

  東京電機大学, 理工学部 理工学科 生命科学系, 教授
• 2015年4月 - 2021年9月

  東京電機大学 理工学部 理工学科 生命理工学系 准教授
• 2012年4月 - 2015年3月

  東京電機大学 理工学部 理工学科 生命理工学系 助教(A)
• 2012年4月 - 2015年3月

  東京電機大学, 理工学部 理工学科 生命理工学系, 助教 (助教(A))
• 2008年4月 - 2012年3月

  産業技術総合研究所, 生命情報工学研究センター, 大学等非常勤研究員 (JST社会人再教育バイオインフォマティクスコース講師)
• 2007年4月 - 2012年3月

  産業技術総合研究所, 生命情報工学研究センター, 研究員・ポスドク (産総研特別研究員)
• 2009年4月 - 2011年3月

  立教大学, 理学部, 大学等非常勤研究員 (非常勤講師)
• 2006年2月 - 2007年3月

  The University of Cambridge, Biochemistry Department, 日本学術振興会特別研究員 (日本学術振興会特別研究員 (PD))
• 2005年10月 - 2007年3月

  奈良先端科学技術大学院大学, 情報科学研究科 情報生命科学専攻, 日本学術振興会特別研究員 (日本学術振興会特別研究員 (PD))
• 2005年4月 - 2005年9月

  奈良先端科学技術大学院大学, 情報科学研究科 情報生命科学専攻, 日本学術振興会特別研究員 (日本学術振興会特別研究員 (DC2))

学歴

• 2003年4月 - 2005年9月

  奈良先端科学技術大学院大学, 情報科学研究科, 情報生命科学専攻
• 2001年4月 - 2003年3月

  立命館大学大学院, 理工学部, 環境社会工学専攻

委員歴

• 2026年9月 - 2027年3月

  第13回生命医薬情報学連合大会, 監事
• 2021年4月 - 2023年3月

  日本バイオインフォマティクス学会, 監事

受賞

• 2013年9月

  Poster award (2nd prize) of the 2nd IITM – Tokyo Tech Joint Symposium on "Techniques and Applications of Bioinformatics", FREPS: Functional Region Prediction of a protein by using Spatial statistics, Indian Institute of Technology Madaras (IITM)

  Wataru Nemoto, Hiroyuki Toh
• 2005年9月

  POSTER AWARD of chanels and receptors: 15th IUPAB (International Union for Pure and Applied Biophysics Congress) & 5th EBSA (European Biophysics Societies’ Association) Internation
• 2005年3月

  POSTER AWARD of the year: 14th ScreenTech & TargetTalk 2005

論文

• Improved Method for Predicting GPCR-GPCR Interaction Pairs

  2026年4月 査読有り最終著者責任著者
• 玉川学内農場における救荒植物VR空間の構築

  高橋昂大 武信 柚木 菅野 翔 上原 歩 根本 航

  玉川大学農学部研究教育紀要第9号 2024年12月 査読有り最終著者責任著者
• Computational structural analysis of OPRD1-ORPM1 hetero-dimer ligands and their binding pocket

  2024年11月 査読有り最終著者責任著者
• A Web Server for GPCR-GPCR Interaction Pair Prediction.

  Wataru Nemoto, Yoshihiro Yamanishi, Vachiranee Limviphuvadh, Shunsuke Fujishiro, Sakie Shimamura, Aoi Fukushima, Hiroyuki Toh

  Frontiers in endocrinology 13 825195-825195 2022年
• A web server for GPCR-GPCR interaction pair prediction

  Wataru Nemoto, Yoshihiro Yamanishi, Vachiranee Limviphuvadh, Shunsuke Fujishiro, Sakie Shimamura, Aoi Fukushima, Hiroyuki Toh

  13 944910-944910 2022年 査読有り筆頭著者責任著者
• Interface prediction for GPCR oligomerization between transmembrane helices

  2021年7月 査読有り
• Update of the GRIP web service.

  Akira Saito, Daiki Tsuchiya, Seiji Sato, Atsushi Okamoto, Yoichi Murakami, Kenji Mizuguchi, Hiroyuki Toh, Wataru Nemoto

  Journal of receptor and signal transduction research 40(4) 348-356 2020年8月 査読有り
• Collaborative environmental DNA sampling from petal surfaces of flowering cherry Cerasus ×ばつ yedoensis ‘Somei-yoshino’ across the Japanese archipelago

  Tazro Ohta, Takeshi Kawashima, Natsuko O. Shinozaki, Akito Dobashi, Satoshi Hiraoka, Tatsuhiko Hoshino, Keiichi Kanno, Takafumi Kataoka, Shuichi Kawashima, Motomu Matsui …

  Journal of Plant Research 131(4) 709-717 2018年7月 査読有り
• GGIP: structure and sequence-based GPCR-GPCR interaction pair predictor

  Wataru Nemoto Yoshihiro Yamanishi Vachiranee Limviphuvadh Akira Saito Hiroyuki Toh

  2016年5月 査読有り
• 2P270 GGIP : GPCR-GPCR Interaction Pair Predictor(22A. Bioinformatics:Structural genomics,Poster)

  Nemoto Wataru, Yamanishi Yoshihiro, Vachiranee Limviphuvadh, Toh Hiroyuki

  生物物理 54(1) S239 2014年
• DOR - A database of olfactory receptors - Integrated repository for sequence and secondary structural information of olfactory receptors in selected eukaryotic genomes

  Balasubramanian Nagarathnam, Snehal D. Karpe, Krishnan Harini, Kannan Sankar, Mohammed Iftekhar, Durairaj Rajesh, Sadasivam Giji, Govidaraju Archunan, Veluchamy Balakrishnan, M. Michael Gromiha …

  Bioinformatics and Biology Insights 8 147-158 2014年 査読有り
• Recent advances in functional region prediction by using structural and evolutionary information - Remaining problems and future extensions

  Wataru Nemoto, Akira Saito, Hayato Oikawa

  Computational and Structural Biotechnology Journal 8(11) e201308007 2013年 査読有り
• Residue conservation and dimer-interface analysis of olfactory receptor molecular models :100 OR models for the molecular biochemists

  Journal of Molecular Biochemistry 1 161-70 2012年7月 査読有り
• Functional region prediction with a set of appropriate homologous sequences-an index for sequence selection by integrating structure and sequence information with spatial statistics

  Wataru Nemoto, Hiroyuki Toh

  BMC STRUCTURAL BIOLOGY 12(11) 2012年5月 査読有り
• バイオインフォマティクスによる創薬標的GPCRどうしの相互作用ペア予測

  根本 航, 山西 芳裕, 藤 博幸

  日本プロテオーム学会大会要旨集 2012 86-86 2012年
• Evolutionary analysis of functional divergence among chemokine receptors, decoy receptors, and viral receptors

  Hiromi Daiyasu, Wataru Nemoto, Hiroyuki Toh

  FRONTIERS IN MICROBIOLOGY 3(264) 2012年 査読有り
• GRIPDB - G protein coupled Receptor Interaction Partners DataBase

  Wataru Nemoto, Kazuhiko Fukui, Hiroyuki Toh

  JOURNAL OF RECEPTORS AND SIGNAL TRANSDUCTION 31(3) 199-205 2011年6月 査読有り
• 1E1612 空間統計学による立体構造情報をを利用した機能部位予測のための相同配列選択手法(ゲノム生物学、生命情報科学,第49回日本生物物理学会年会)

  Nemoto Wataru, Toh Hiroyuki

  生物物理 51 S41 2011年
• Web services to promote GPCRs peptide mimetics

  Wataru Nemoto, Kazuhiko Fukui, Hiroyuki Toh

  ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY 238 100-1 2009年8月
• GRIP: A server for predicting interfaces for GPCR oligomerization

  Wataru Nemoto, Kazuhiko Fukui, Hiroyuki Toh

  JOURNAL OF RECEPTORS AND SIGNAL TRANSDUCTION 29(6) 312-317 2009年 査読有り

MISC

• GPCRの相互作用ネットワーク解析

  檜垣優介, 根本航, 山西芳裕, 藤博幸

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 44th 2021年
• 導入教育におけるキャリアプランニング -俯瞰によるカリキュラムデザイン-

  長原 礼宗, 根本 航, 村松 和明

  工学教育 68(4) 2020年8月 査読有り
• GPCR間相互作用ペアの予測手法の改良

  島村幸稀英, LIMVIPHUVADH Vachiranee, 山西芳裕, 藤博幸, 根本航

  日本細胞生物学会大会(Web) 71st 2019年
• GPCR間相互作用ペアの予測手法

  島村幸稀英, LIMVIPHUVADH Vachiranee, 山西芳裕, 藤博幸, 根本航

  GPCR研究会プログラム・抄録集 15th 2019年
• 生命科学分野での就業意識形成に資するための初年次PBL教育の導入

  長原礼宗, 根本航, 村松和明, 松永直樹, 安部智子, 上原歩

  工学教育 66(4) 76-81 2018年7月 査読有り招待有り
• Re-Docking by Analyzing the Profile of Protein-Protein Interaction

  Yosuke Amano, Wataru Nemoto, Nobuyuki Uchikoga

  BIOPHYSICAL JOURNAL 112(3) 451A-451A 2017年2月 査読有り
• Prediction of Cancer-Associated Hotspot Mutations that Affect GPCR Oligomerization

  Wataru Nemoto, Vachiranee Limviphuvadh, Sebastian Maurer-Stroh, Shunsuke Fujishiro, Yoshihiro Yamanishi, Yuichi Amemiya, Hiroyuki Toh

  BIOPHYSICAL JOURNAL 112(3) 292A-292A 2017年2月 査読有り
• GGIP:GPCR間相互作用ペア予測手法

  根本航, 山西芳裕, LIMVIPHUVADH Vachiranee, 藤博幸

  日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 16th 29 2016年5月19日
• GPCR間相互作用状態を変化させることで疾患を引き起こす変異の予測

  藤代俊輔, VACHIRANEE Limviphuvadh, SEBASTIAN Maurer‐Stroh, 山西芳裕, 藤博幸, 根本航

  日本生化学会大会(Web) 89th ROMBUNNO.2T11‐05(2P‐126) (WEB ONLY)-126)] 2016年
• 膜タンパク質間相互作用ネットワーク制御の試み

  根本 航

  バイオミディア 93(2) 97 2015年2月 招待有り
• GPCRオリゴマーの機能解析とオリゴマー化の制御 〜バイオインフォマティクスを用いたアプローチ〜

  根本 航, 齊藤 哲

  ファルマシア 50(9) 896-898 2014年9月 招待有り
• GGIP: GPCR間相互作用ペア予測手法

  根本航, 山西芳裕, VACHIRANEE Limviphuvadh, 藤博幸

  日本生化学会大会(Web) 87th 2T09P-06(2P-272) (WEB ONLY)-06] 2014年
• 越境するのか? されるのか? 4次元ポケットを介した創造

  根本航, 内古閑伸之

  生物物理 52(2) 110-111 2012年4月
• GPCRヘテロダイマー形成ペアの組織レベルでの優先的な共発現

  根本航, 山西芳裕, 藤博幸

  日本生化学会大会(Web) 85th 2T09-06 (WEB ONLY)-06 2012年
• Gタンパク質共役型受容体オリゴマー相互作用ペア予測

  根本航, 山西芳裕, 藤博幸

  生化学 84回 ROMBUNNO.2P-0389-0389 2011年
• 多彩なGPCRオリゴマー機能へのバイオインフォマティクスによるアプローチ

  生物物理 49 308-9 2009年
• シリーズ ポストゲノムシークエンス時代の薬理学3 バイオインフォマティクス

  根本航, 藤博幸

  日本薬理学会誌 125(3) 159-64-164 2005年
• Class A GPCR複合体のインターフェイス予測", 蛋白質・核酸・酵素 増刊号 生命秩序を担う生体超分子

  根本航, 藤博幸

  蛋白質核酸酵素 50(10) 1382年7月13日87,1134 2005年

書籍等出版物

• バイオインフォマティクス入門 第2版 初版

  (担当:共著, 範囲:立体構造・機能解析)

  慶應義塾大学出版会 日本バイオインフォマティクス学会 編 2021年12月25日 (ISBN: 9784766427912)
• バイオインフォマティクス入門初版第3刷

  (担当:共著, 範囲:第4章 構造解析)

  日本バイオインフォマティクス学会 2019年2月

講演・口頭発表等

• 観察者の誘導機能を有する情報収集アプリケーションの開発

  Yuzuki Takenobu, Ryu Nemoto, Ayumu Uehara, Wataru Nemoto

  2026年度日本生態学会 2026年3月14日
• RAGを用いた生物種同定手法開発

  Ryu Nemoto, Ayumu Uehara, Wataru Nemoto

  2026年度日本生態学会 2026年3月14日
• 酵素熱安定性予測モデルの構築

  Shuichi Wada, Wataru Nemoto

  2025年度分子生物学会年会 2025年12月5日
• GPCRヘテロダイマーに結合するリガンドと その結合残基の解析

  2025年度分子生物学会年会 2025年12月5日
• Shapley値を用いたOPRD1-OPRM1ヘテロダイマーに結合するリガンドの特徴解析

  日本生物物理学会関東支部会 2025年3月4日 日本生物物理学会関東支部
• Computational structural analysis of OPRD1-ORPM1 hetero-dimer ligands and their binding pocket

  Ryota Takishima Wataru Nemoto

  ICCBB2024 2024年11月29日
• Computational analysis of OPRD1-OPRM1 heterodimer ligands and their binding residues

  Ryota Takishima Wataru Nemoto

  Open Eye JCUP XII 2024年9月13日
• Wild Edible Plants Study with VR Tour

  高橋 昂大, 三浦 響希, 上原 歩, 根本 航

  第71回日本生態学会 2024年3月19日 一般社団法人日本生態学会
• OPRD1-OPRM1ヘテロダイマー結合リガンドの特徴解析

  瀧島 僚太, 福島碧唯, 根本航

  第13回日本生物物理学会関東支部会 2024年3月6日 日本生物物理学会 関東支部会
• GPCR間相互作用ペア予測器の精度改善

  福島 碧唯, 齋藤 豪太, 照瀬 裕章, 藤 博幸, 根本 航

  第13回日本生物物理学会関東支部会 2024年3月6日 日本生物物理学会 関東支部会
• GPCR間相互作用とその制御に向けた取り組み

  福島 碧唯

  関西学院大学生命環境学部大学院セミナー 2024年1月17日 関西学院大学生命環境学部 招待有り
• 創薬標的タンパク質の相互作用制御に向けた取り組み

  "バイオものづくり" WetとDryの融合 CRCフォーラム 2024年1月16日 CRC
• OPRD1-OPRM1ヘテロダイマー結合リガンドの特徴解析

  瀧島 僚太, 岡本樹希, 津田くるみ, 根本航

  第97回日本薬理学会年会 2023年12月16日 公益社団法人日本薬理学会
• Development of a method to predict interacting membrane proteins

  Takuma Gunji, Gouta Saito, Aoi Fukushima, Wataru Nemoto

  第61回日本生物物理学会年会 2023年11月16日 一般社団法人日本生物物理学会
• Computational analysis of ligands to GPCR hetero-dimer

  Ryota Takishima, Tatsuki Okamoto, Kurumi Tsuda, Wataru Nemoto

  第61回日本生物物理学会年会 2023年11月16日
• Development and Application of GPCR-GPCR interaction pairs predictor

  Aoi Fukushima, Gouta Saito, Hiroaki Teruse, Sakie Shimamura, Hiroyuki Toh, Wataru Nemoto

  第61回日本生物物理学会年会 2023年11月14日 一般社団法人日本生物物理学会
• GPCRヘテロダイマー結合リガンドの特徴解析

  瀧島 僚太 岡本 樹希 津田 くるみ 根本 航

  第23回日本蛋白質科学会年会 2023年7月7日
• GPCR間相互作用ペア予測器の改善

  福島 碧唯 齋藤 豪太 照瀬 裕章 島村 幸稀英 藤 博幸 根本 航

  第23回日本蛋白質科学会年会 2023年7月5日
• 水溶性タンパク質間相互作用ペア予測手法を用いたGPCR間相互作用ペアの予測

  齋藤 豪太, 福島 碧唯, 根本 航

  第12回日本生物物理学会関東支部会 2023年3月6日
• ヒトδ-μオピオイド受容体ヘテロダイマー結合リガンドの特徴解析

  瀧島僚太, 岡本樹希, 津田くるみ, 根本航

  第12回日本生物物理学会関東支部会 2023年3月6日

所属学協会

• 2015年 - 現在

  Biophysical Society
• 日本細菌学会
• 日本生態学会
• 日本蛋白質科学会
• 日本生物物理学会
• 日本生化学会
• 情報計算化学生物学会
• 日本バイオインフォマティクス学会
• International Society for Computational Biology

共同研究・競争的資金等の研究課題

• 膜タンパク質間相互作用に関する研究

  非公開 2012年9月 - 現在
• 嗅覚受容体の構造活性相関

  National Centre for Biological Sciences, Bangalore, India 2012年4月 - 現在
• Investigation of GPCR oligomerization in disease related tissues

  Bioinformatics Institute, A-Star, Singapore 2012年1月 - 現在
• 荒川流域における救荒植物分布調査

  2021年度足立区環境基金ファーストステップ助成 2021年9月 - 2023年3月
• GPCR間相互作用変化で説明可能な疾患関連変異の予測

  日本学術振興会 科学研究費補助金基盤(C) 基盤研究(C) 2018年4月 - 2021年3月

  根本 航, 藤 博幸
• エピトープデータベース化による抗体リソースの実証研究

  日本学術振興会 科学研究費助成事業 挑戦的萌芽研究 2015年4月 - 2017年3月

  田中 眞人, 根本 航, 川島 洋明
• NGSデータを用いた物質高生産関与遺伝子の探索

  非公開 2016年4月 - 2017年3月
• 次世代シーケンサーを利用したタンパク質高生産株のゲノム解析

  非公開 2013年10月 - 2016年3月
• 膜タンパク質間相互作用ペアの網羅的予測に関する研究

  日本学術振興会 若手研究(B) 2013年4月 - 2015年3月
• 膜タンパク質間相互作用制御のための網羅的膜タンパク質間相互作用ペア予測手法開発

  東京電機大学総合研究所 2013年4月 - 2014年3月
• 微生物DNAに特化したデータ整理法に関する研究

  非公開 2010年9月 - 2012年3月
• GPCRオリゴマー化相互作用ペア予測

  非公開 2011年1月 - 2012年1月
• GPCRオリゴマー化を標的とした創薬に関する研究

  非公開 2011年 - 2012年
• Japan-India Strategic International Cooperative Program

  Japan Science and Technology Agency (JST) 2007年10月 - 2010年9月
• Japan-India Strategic International Cooperative Program

  Japan Science and Technology Agency (JST) 2007年10月 - 2010年9月
• 空間統計学を用いた生体情報システムを解析する手法の開発

  日本学術振興会 若手研究(B) 若手研究(B) 2008年4月 - 2010年3月

  根本 航
• タンパク質間相互作用のためのインタフェースを予測する手法の開発

  日本学術振興会 科学研究費補助金特別研究員奨励費 特別研究員奨励費 2005年4月 - 2007年3月

  根本 航

社会貢献活動

• 多摩科学技術高校出張講義

  講師, 助言・指導, 情報提供

  2024年11月27日
• 順天GlobalWeek

  講師, 助言・指導, 情報提供

  順天高校 2024年11月12日
• コンピュータで創薬に貢献する方法 〜生命科学分野に革命を起こす深層学習技術AlphaFoldを支える共進化情報〜

  講師

  生命科学系 2022年5月21日 - 2022年5月21日
• バイオインフォマティクス学会技術者認定試験問題作成協力者

  運営参加・支援, 調査担当, 報告書執筆

  2020年4月 - 2022年3月
• 日本生物物理学会第58回年会実行委員

  企画, 運営参加・支援

  日本生物物理学会 2020年1月 - 2020年10月
• バイオインフォマティクス学会技術者認定試験問題作成協力者

  情報提供, 運営参加・支援, 調査担当, 報告書執筆

  2015年4月 - 2016年3月