TRAN DUY PHUOC

基本情報

所属

東京科学大学 生命理工学院 テニュアトラック助教

名古屋大学 未来社会創造機構 量子化学イノベーション研究所 特任助教

ORCID iD

https://orcid.org/0000-0001-8212-3706

J-GLOBAL ID

201901003262972415

researchmap会員ID

B000355203

研究キーワード

• 生体材料の設計
• タンパク質機能設計
• 計算生物物理学

研究分野

• 情報通信 / 計算科学 /
• ナノテク・材料 / 生物分子化学 /
• ライフサイエンス / 生体材料学 /
• ライフサイエンス / 生体医工学 /
• 自然科学一般 / 生物物理、化学物理、ソフトマターの物理 /

経歴

• 2026年7月 - 現在

  名古屋大学, 特任助教
• 2024年10月 - 現在

  東京科学大学, 生命理工学院, テニュアトラック助教
• 2019年4月 - 2024年9月

  東京工業大学, 生命理工学院, 助教
• 2018年10月 - 2019年3月

  東京大学大学院, 新領域創成科学研究科, 特任研究員
• 2017年10月 - 2018年9月

  東京工業大学, 生命理工学院, 研究員
• 2011年6月 - 2014年9月

  ホーチミン市工科大学, 応用科学学部, 研究員 (講師)

学歴

• 2014年10月 - 2017年9月

  東京大学大学院, 新領域創成科学研究科, メディカル情報生命専攻
• 2012年9月 - 2013年10月

  ホーチミン市工科大学, 応用科学学院, 医用生体工学
• 2006年9月 - 2011年3月

  ホーチミン市工科大学, 応用科学学部, 医用生体工学

受賞

• 2023年10月

  HPCI利用研究課題優秀成果賞, How viral protein interfere the interactions of p53 protein with DNA, 一般財団法人高度情報科学技術研究機構
• 2020年5月

  TSUBAME 若手・女性利用者支援制度, 八文字DNAを新し機能性生体材料の分子力学シミュレション研究, 学際大規模情報基盤共同利用・共同研究拠点(JHPCN)
• 2019年

  歴代若手招待講演賞受賞者, 日本生物物理学会

  TRAN PHUOC・DUY
• 2016年

  日本生物物理学会学生発表賞, 日本生物物理学会

  TRAN PHUOC・DUY
• 2014年

  日立奨学金, 公益財団法人 日立財団

  TRAN PHUOC・DUY
• 2013年

  Praise of the Research Achievement in Academic Year 2011-2012, Vietnam National University Hochiminh

  TRAN PHUOC・DUY
• 2013年

  Vallet Scholarship, Rencontres du Vietnam

  TRAN PHUOC・DUY

論文

• ADP-Bound States of Cytoplasmic Dynein: Cryo-electron Microscopy Reveals a Two-Step Post-Power-Stroke Transition and Roles of Regulatory ATPase Sites

  Hiroshi Imai, Riko Kanazawa, Toshihisa Maeshima, Duy Phuoc Tran, Rieko Shimo-Kon, Hisaya Tokita, Tomoko Miyata, Fumiaki Makino, Junso Fujita, Takayuki Kato …

  Journal of Molecular Biology 169977-169977 2026年8月 査読有り
• Mechanistic insight into signal bias by the agonist-dependent conformational dynamics of GPR84

  Shota Suzuki, Duy Phuoc Tran, Kouki Nishikawa, Akio Kitao, Yoshinori Fujiyoshi

  Nature Communications 2026年7月16日 査読有り
• DRD1-driven infantile dystonia: towards a mechanism-informed framework for GPCR receptoropathies

  Gülsüm Kayhan, Ryosuke Tany, Reza Maroofian, Esra Serdaroğlu, Eon Kurumiya, Duy Phuoc Tran, Hideko Wakasugi-Masuho, Mirja Thomsen, Kamran Salayev, Rauan Kaiyrzhanov …

  Brain 2026年4月9日 査読有り
• In Vitro Evolution of the Adenosine A _2A Receptor Based on an Antagonist Binding Using a Ribosome Display

  Genki Fukasawa, Yuma Matsuoka, Duy Phuoc Tran, Haruka Nishigaki, Keisuke Fukunaga, Takayoshi Watanabe, Tomohiro Doura, Naohiro Terasaka, Ako Kagawa, Takeshi Murata …

  Journal of the American Chemical Society 148(10) 11415-11423 2026年3月6日 査読有り
• The role of the tryptophan-rich allosteric network and sodium egress in GPCR activation

  Zhenzhou Qi, Duy Phuoc Tran, Andrejs Tučs, Roopan Thiara, Louis-Philippe Picard, Koji Tsuda, Aditya Pandey, Adnan Sljoka, Akio Kitao, Robert Scott Prosser

  Proceedings of the National Academy of Sciences 123(10) 2026年3月3日 査読有り筆頭著者
• Revisiting Vacuum Simulations Using Modern Classical Protein Force Fields

  Vi Toan Lam, Duy Phuoc Tran

  ACS Omega 11(5) 7464-7474 2026年1月28日 査読有り最終著者責任著者
• Single layer graphene flake transformation from flat to convex

  Phuc Vu Le, Phi Minh Nguyen, Hoa Van Nguyen, Vi Toan Lam, Hanh Thi-Thu Tran, Duy Phuoc Tran

  Discover Materials 6 56 2025年12月26日 査読有り最終著者責任著者
• Tandem Allosteric Effects of Reactant and Product that Promote Deacetylation Cycles in Sir2

  Zhen Bai, Duy Phuoc Tran, Akio Kitao

  Journal of Chemical Information and Modeling 65(20) 11326-11341 2025年10月13日 査読有り
• Shear-induced fibronectin fibrillogenesis: Differential mechanisms under high and low shear stress conditions

  Quang Phuc Le, Hoang Huy Mai, Thao Nghi Nguyen Hoang, Hanh Thu Thi Tran, Duy Phuoc Tran, Khon Huynh

  Archives of Biochemistry and Biophysics 771 110518-110518 2025年9月 査読有り責任著者
• Correction to: Balancing G protein selectivity and efficacy in the adenosine A2A receptor (Nature Chemical Biology, (2025), 21, 1, (71-79), 10.1038/s41589-024-01682-6)

  Picard, L.-P., Orazietti, A., Tran, D.P., Tucs, A., Hagimoto, S., Qi, Z., Huang, S.K., Tsuda, K., Kitao, A., Sljoka, A. …

  Nature Chemical Biology 21(1) 155-155 2025年 査読有り
• Balancing G protein selectivity and efficacy in the adenosine A2A receptor.

  Louis-Philippe Picard, Alexander Orazietti, Duy Phuoc Tran, Andrejs Tucs, Sari Hagimoto, Zhenzhou Qi, Shuya Kate Huang, Koji Tsuda, Akio Kitao, Adnan Sljoka …

  Nature chemical biology 21(1) 81-79 2024年7月31日 査読有り
• PaCS-Toolkit: Optimized Software Utilities for Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics (PaCS-MD) Simulations and Subsequent Analyses

  Shinji Ikizawa, Tatsuki Hori, Tegar Nurwahyu Wijaya, Hiroshi Kono, Zhen Bai, Tatsuhiro Kimizono, Wenbo Lu, Duy Phuoc Tran, Akio Kitao

  Journal of Physical Chemistry B 128(15) 3631-3642 2024年4月18日 査読有り
• Engineering of an in-cell protein crystal for fastening a metastable conformation of a target miniprotein

  Mariko Kojima, Satoshi Abe, Tadaomi Furuta, Duy Phuoc Tran, Kunio Hirata, Keitaro Yamashita, Yuki Hishikawa, Akio Kitao, Takafumi Ueno

  Biomaterials Science 11(4) 1350-1357 2023年 査読有り
• Structure of MotA, a flagellar stator protein, from hyperthermophile

  Tatsuro Nishikino, Norihiro Takekawa, Duy Phuoc Tran, Jun-ichi Kishikawa, Mika Hirose, Sakura Onoe, Seiji Kojima, Michio Homma, Akio Kitao, Takayuki Kato …

  Biochemical and Biophysical Research Communications 631 78-85 2022年11月 査読有り筆頭著者
• Inhibition of the hexamerization of SARS-CoV-2 endoribonuclease and modeling of RNA structures bound to the hexamer

  Duy Phuoc Tran, Yuta Taira, Takumi Ogawa, Ryoga Misu, Yoshiki Miyazawa, Akio Kitao

  Scientific Reports 12(1) 3860-3860 2022年4月 査読有り筆頭著者責任著者
• 解離並列カスケード選択分子動力学とマルコフ状態モデルを用いて計算したタンパク質/リガンド複合体の結合自由エネルギー

  Hata Hiroaki, Phuoc Tran Duy, Marzouk Sobeh Mohamed, Marzouk Sobeh Mohamed, Kitao Akio

  Biophysics and Physicobiology (Web) 18 305-316 2021年12月 査読有り筆頭著者
• Using molecular dynamics simulations to prioritize and understand AI-generated cell penetrating peptides

  Duy Phuoc Tran, Seiichi Tada, Akiko Yumoto, Akio Kitao, Yoshihiro Ito, Takanori Uzawa, Koji Tsuda

  Scientific Reports 11(1) 10630-10630 2021年12月 査読有り筆頭著者
• Calculation of Binding Free Energy and Kinetic Rates with Flexible Protein Docking

  Duy Phuoc TRAN, Akio KITAO

  Seibutsu Butsuri 61(6) 398-399 2021年10月 査読有り招待有り筆頭著者
• Delineating the conformational landscape of the adenosine A2A receptor during G protein coupling

  Shuya Kate Huang, Aditya Pandey, Duy Phuoc Tran, Nicolas L. Villanueva, Akio Kitao, Roger K. Sunahara, Adnan Sljoka, R. Scott Prosser

  Cell 184(7) 1884-1894 2021年3月 査読有り
• Erratum: Edge expansion parallel cascade selection molecular dynamics simulation for investigating large-amplitude collective motions of proteins (Journal of Chemical Physics (2020) 152 (225101) DOI: 10.1063/5.0004654)

  Kenichiro Takaba, Duy Phuoc Tran, Akio Kitao

  Journal of Chemical Physics 153(17) 179902-179902 2020年11月7日 査読有り

MISC

• GPR84のバイアス作動の解明

  鈴木翔大, TRAN Phuoc Duy, 西川幸希, 北尾彰朗, 藤吉好則

  日本蛋白質科学会年会(Web) 25th 2025年
• アミロイドβ(1-40)ヘテロ二量化に関する分子動力学シミュレーション

  KIMIZONO Tatsuhiro, KITAO Akio, TRAN Phuoc Duy

  日本蛋白質科学会年会(Web) 24th 2024年
• 芳香族環相互作用に注目した変異型アデノシンA_2A受容体とリガンドの結合と解離の分子動力学計算

  堀立樹, DUY Tran Phuoc, 松岡佑真, 堂浦智裕, 荒谷剛史, 浅田秀基, 岩田想, 清中茂樹, 北尾彰朗

  分子シミュレーション討論会講演要旨集 38th 2024年
• アデノシンA2a受容体とGタンパク質との結合のダイナミクスの解明:分子動力学シミュレーション研究による

  TRAN PhuocDuy, HAGIMOTO Sari, KITAO Akio

  生物物理(Web) 63(Supplement 1-2) 2023年
• 細胞内結晶エンジニアリングによるミニタンパク質の動的構造解析

  KOJIMA Mariko, HISHIKAWA Yuki, ABE Satoshi, FURUTA Tadaomi, TRAN Duy Phuoc, KITAO Akio, UENO Takafumi

  日本化学会春季年会講演予稿集(Web) 102nd 2022年
• 並列カスケード選択分子動力学法を用いた生体分子の解離過程解析

  中矢光, TRAN Phuoc duy, 北尾彰朗

  分子科学討論会講演プログラム&要旨(Web) 16th 2022年
• 細菌鞭毛固定子におけるMotB周囲でのMotAの相対的運動

  TRAN Phuoc Duy, KITAO Akio

  生物物理(Web) 62(Supplement 1-2) 2022年
• 部分的アゴニストリガンドはアデノシンA_2a受容体の立体配座変化を誘導するか【JST・京大機械翻訳】

  TRAN Phuoc Duy, KITAO Akio

  分子シミュレーション討論会講演要旨集 36th 2022年
• いかにしてEGCGはMDM2とp53アミノ末端ドメインとの間の相互作用を摂動させるのか

  TRAN Duy Phuoc, KITAO Akio

  日本蛋白質科学会年会(Web) 22nd 2022年
• カスケード選択型分子動力学法/マルコフ状態モデルによる蛋白質-蛋白質複合体の結合親和性の評価

  MIYAZAWA Yoshiki, PHUOC Tran Duy, TAKEMURA Kazuhiro, KITAO Akio

  日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 21st 2021年
• PaCS-MD/MSMの自由エネルギー計算の評価

  TRAN Phuoc Duy, HATA Hiroaki, NAKAYA Hikaru, KITAO Akio

  日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 21st 2021年
• 細胞内タンパク質結晶化によるミニタンパク質のエネルギー解析

  KOJIMA Mariko, HISHIKAWA Yuki, ABE Satoshi, FURUTA Tadaomi, TRAN Duy Phuoc, KITAO Akio, UENO Takafumi

  日本化学会春季年会講演予稿集(Web) 101st 2021年
• 柔軟性蛋白質ドッキングを用いた結合自由エネルギーと運動速度の計算

  TRAN Duy Phuoc, KITAO Akio

  生物物理(Web) 61(6) 2021年
• 生体分子機能設計:最新研究への導入

  TRAN Duy Phuoc

  生物物理(Web) 60(Supplement 1-2) 2020年
• 並列カスケード選択分子動力学によりシミュレートした蛋白質-蛋白質複合体の解離

  MIYAZAWA Yoshiki, TRAN Duy Phuoc, TAKEMURA Kazuhiro, KITAO Akio

  日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 20th (Web) 2020年
• PaCS-MD/MSMを用いたタンパク質-タンパク質複合体の結合親和性評価

  宮澤佳希, DUY Tran Phuoc, 竹村和浩, 北尾彰朗

  分子シミュレーション討論会講演要旨集 34th (CD-ROM) 2020年
• PaCS-MDによるタンパク質-タンパク質複合体の解離シミュレーション

  MIYAZAWA Yoshiki, TRAN Duy Phuoc, TAKEMURA Kazuhiro, KITAO Akio

  生物物理(Web) 59(Supplement 1-2) 2019年
• PaCS-MDベースフレキシブルドッキング法の改良

  TRAN Phuoc Duy, KITAO Akio

  生物物理(Web) 57(Supplement 1-2) 2017年

講演・口頭発表等

• 細菌のべん毛モーターのステーターにおけるイオン透過の分子メカニズム

  2025年度べん毛研究交流会 2026年3月18日
• Insight of the signal transduction in Adenosine A2A receptor by MD simulations

  Duy Phuoc Tran, Akio Kitao

  IUPAP Conference on Computational Physics 2025 2025年11月4日
• Ion permeation and rotation mechanisms in bacterial flagellar motor stators

  Duy Phuoc Tran, Akio Kitao

  The 12th HPCI System Research Project Report Meeting, The 8th HPCI Consortium Symposium 2025年10月25日 招待有り
• In Silico Design of Inhibitors Targeting SARS-CoV-2 Non-Structural Proteins

  Duy Tran, Akio Kitao

  The 63rd Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan 2025年9月25日 招待有り
• In silico design of the activity-aware ligand coupled to the Adenosine A2A receptor

  Duy Phuoc Tran, Akio Kitao

  The 3rd Meeting of the Area "Protein Design" Symposium 2025年6月17日
• Understanding the G protein activation pathway through the Adenosine A2A receptor using PaCS-MD/MSM

  Duy Phuoc Tran, Akio Kitao

  The 11th Asia Pacific Association of Theoretical and Computational Chemistry 2025年4月21日
• SMD を用いた PomAB 複合体のナトリウムイオン透過経路の同定

  2025年3月7日
• Signal Transduction in Class A GPCRs

  Duy Phuoc Tran, Akio Kitao

  The 2nd Area "Generative Design to Unlock the Potential of Protein Function" Meeting 2024年12月16日
• Leveraging Biomolecular Simulations for Sustainable Development: from understanding to design

  Duy Phuoc Tran, Akio Kitao

  VANJ conference 2024 2024年12月8日
• Signal Transduction in G-protein Coupled Receptors Class A and Class C

  Duy Phuoc Tran, Akio Kitao

  THE 4TH KEYLAB INTERNATIONAL CONFERENCE EXPERIMENTAL AND COMPUTATIONAL APPROACHES IN MOLECULAR MEDICINE 2024年10月14日 招待有り
• Leveraging Biomolecular Simulations for Sustainable Development: from understanding to design

  Duy Phuoc Tran

  INTERNATIONAL CONFERENCE ON ENGINEERING AND TECHNOLOGIES FOR SUSTAINABLE DEVELOPMENT ICETSD 2024 2024年8月28日
• Decoupling processes of the Adenosine A2A receptor from G- proteins through the lens of dPaCS-MD simulations

  Duy Phuoc Tran, Akio Kitao

  IUPAB 2024 2024年6月26日
• Understanding the amino acid recognition by Medaka taste receptor T1R2a/T1R3

  Duy Phuoc Tran, Vi Toan Lam, Atsuko Yamashita, Akio Kitao

  KAKENHI Scientific Transformation (A) 'Material Symbiosis' area conference 2024年6月16日
• Ions Permeation through the Stators of Bacterial Flagellar Motors

  Duy Phuoc Tran, Akio Kitao

  NanoBioCoM2024 2024年3月26日
• べん毛モーター固定子MotA/Bタンパク質複合体のイオン透過シミュレーション

  2024年3月15日
• How the mGLU1 receptor dimer be activated: a molecular dynamics study

  Duy Phuoc Tran, Yuya Fujihara, Akio Kitao

  2023年12月1日
• Decoupling processes of the Adenosine A2A receptor from G- proteins through the lens of dPaCS-MD simulations

  Duy Tran, Louis-Philippe Picard, Alexander Orazietti, Sari Hagimoto, Adnan Sljoka, R. Scott Prosser, Akio Kitao

  Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan 2023 2023年11月16日
• がん抑制因子p53タンパク質複合体の機能における複合体形成/変形過程の研究

  2023年10月26日
• Sampling the conformational transition of the monomer of Nsp15 of the SARS-nCoV2 gives a hint to inhibit its hexamer

  Duy Phuoc Tran, Akio Kitao

  NanoBioCOM2023 2023年9月17日
• How partial agonist ligands induce the conformational changes of Adenosine A2a receptor

  学術麥革領域研究(A)「物質共生」 マテリアル・シンバイオシスのための生命物理化学 公開シンポジウム 2023年8月9日

担当経験のある科目(授業)

• 2024年10月 - 現在

  生命理工学特別講義1 (東京科学大学)
• 2024年10月 - 現在

  生命理工学基礎実験・演習第一 (東京科学大学)
• 2024年10月 - 現在

  工学物理情報学 (ホーチミン市工科大学)
• 2019年10月 - 現在

  基礎物理学1 (ホーチミン市工科大学)
• 2019年4月 - 2024年10月

  基盤データサイエンス演習 (東京工業大学)
• 2019年4月 - 2024年10月

  生命理工学基礎実験・演習第一 (東京工業大学)
• 2019年4月 - 2024年10月

  生命理工学特別講義1 (東京工業大学)
• 2011年6月 - 2014年10月

  統計物理学 (ホーチミン市工科大学)
• 2011年6月 - 2014年10月

  凝縮系物理学 (ホーチミン市工科大学)
• 2011年6月 - 2014年10月

  基礎物理学 (ホーチミン市工科大学)

所属学協会

• VIetnam Theoretical Physics Society
• Biophysical Society
• PROTEIN SCIENCE SOCIETY OF JAPAN
• 日本生物物理学会

共同研究・競争的資金等の研究課題

• 細胞膜透過性ペプチド設計のための AIフレームワーク —そのダイナミクス制御に向けて

  科学技術振興機構 国家戦略分野の若手研究者及び博士後期課程学生の育成事業(BOOST) 次世代AI人材育成プログラム(若手研究者支援) 2026年7月 - 2031年6月
• シミュレーション・AI融合による次世代スパコン医療・創薬HPC基盤の構築

  文部科学省 次世代計算科学グランドリーチプログラム 区分A(エコシステム創出区分) 2026年4月 - 2030年3月
• AI駆動型高分子設計によるA2A受容体標的化結合体の開発

  文部科学省 2026年度 学術変革領域研究(A) 公募研究 精密高分子の データ・進化工学による 次世代医薬創出 2026年4月 - 2028年3月
• 翻訳後修飾と天然変性領域が制御するp53の分子相互作用を先端シミュレーションで探る

  日本学術振興会 科学研究費助成事業 基盤研究(B) 2023年4月 - 2027年3月

  北尾 彰朗, TRAN PHUOC・DUY
• 天然生体材料に基づく次世代バイオ半導体の開発:日本・ASEAN計算科 学と組織工学の統合

  科学技術振興機構 日ASEAN 科学技術・イノベーション協働連携事業 若手人材交流プログラム 2025年度 2026年1月 - 2026年12月

  TRAN PHUOC・DUY, 北尾 彰朗
• Understanding the internalization process of the G Protein Coupled Receptors class A

  HPCI System Research Project Fugaku Junior Researchers: FY2025 (Period A) 2025年4月 - 2026年3月
• 「富岳」で目指すシミュレーション・AI駆動型次世代医療・創薬

  文部科学省 京都大学 2023年4月 - 2026年3月
• In silico searching for the malfunctioning states of the SARS-CoV-2 Non-structural proteins

  HPCI System Research Project Fugaku Junior Researchers: FY2024 (Period A) 2024年4月 - 2025年3月
• 細菌べん毛モーター固定子におけるイオン透過および回転機構

  日本学術振興会 科学研究費助成事業(科研費)若手研究 2023年4月 - 2025年3月
• Ion permeation and rotation mechanisms in bacterial flagellar motor stators

  HPCI System Research Project Fugaku Junior Researchers: FY2023 (Period A) 2023年4月 - 2024年3月
• How viral protein interfere the interactions of p53 protein with DNA

  HPCI 令和4年度HPCIシステム「富岳」一般利用枠・ 若手課題(A期) 2022年4月 - 2023年3月
• DNAスキャニング過程におけるp53タンパク質のオリゴマー化の原子レベル機構

  科学研究費助成事業(科研費) 研究活動スタート支援 2019年8月 - 2021年3月
• Association and dissociation simulations of bio-molecular complex using parallel cascade selection molecular dynamics

  Hitachi Global Foundation Hitachi Scholarship 2014年10月 - 2017年9月

  TRAN PHUOC・DUY
• Study of structural and phase transition in free surface and confined geometry system using computer simulation

  Vietnam National Foundation for Science and Technology Development (Nafosted) Natural Science Funding Program 2013年3月 - 2015年3月

  Vo Van Hoang, Tran Phuoc Duy
• Molecular basis of odorant ligands recognition: a computational study

  Vietnam National Foundation for Science and Technology Development (Nafosted) Initiation and Enhancement of Bilateral Cooperation 2012年3月 - 2013年3月

  Hoang Zung, Nguyen Ha Hung Chuong, Tran Phuoc Duy, Nguyen Van Khoe
• In silico study of structural and phase transition of the glassy nanoparticles

  Vietnam National University Hochiminh Foundation for Science and Technology 2009年9月 - 2011年9月

  Vo Van Hoang, TRAN PHUOC・DUY
• In silico study of phase transition mechanism of monatomic system

  Vietnam National University Hochiminh Foundation for Science and Technology

  Vo Van Hoang, Tran Phuoc Duy