酒井 俊輔

基本情報

所属

国立研究開発法人国立がん研究センター 先端医療開発センター トランスレーショナルインフォマティクス分野 特任研究員

国立研究開発法人産業技術総合研究所 セルフケア実装研究センター 生理機能・データ解析研究チーム 招聘研究員

学位

博士(生命科学)(2026年3月 東京大学)

通称等の別名

Shunsuke A Sakai

J-GLOBAL ID

202601012532224096

researchmap会員ID

R000101880

研究キーワード

• バイオインフォマティクス
• 空間トランスクリプトーム

研究分野

• ライフサイエンス / 腫瘍診断、治療学 /
• ライフサイエンス / 腫瘍生物学 /

経歴

• 2026年7月 - 現在

  国立研究開発法人産業技術総合研究所, 招聘研究員
• 2026年4月 - 現在

  国立研究開発法人国立がん研究センター, 先端医療開発センター トランスレーショナルインフォマティクス分野, 特任研究員
• 2024年4月 - 2026年3月

  独立行政法人日本学術振興会, 特別研究員 (DC2)
• 2023年4月 - 2026年3月

  国立研究開発法人国立がん研究センター東病院, 放射線治療科, 特任研究員

学歴

• 2023年4月 - 2026年3月

  東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 先端生命科学専攻
• 2021年4月 - 2023年3月

  東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 先端生命科学専攻
• 2017年4月 - 2021年3月

  東京理科大学, 基礎工学部, 生物工学科

受賞

• 2026年

  博士論文特別奨励賞, 東京大学大学院
• 2026年

  新領域創成科学研究科長賞, 東京大学大学院
• 2025年

  優秀ポスター発表賞, 日本バイオインフォマティクス学会
• 2024年

  MBSJ-EMBO Poster Award, 日本分子生物学会
• 2024年

  JCA若手研究者ポスター賞, 日本癌学会
• 2024年

  JMAI AWARD, 日本メディカルAI学会
• 2023年

  優秀口頭発表賞, 日本バイオインフォマティクス学会

論文

• Neutrophil-Macrophage Interactions Shape Inflammatory Macrophage Remodeling in Gastric Cancer During Chemo-Immunotherapy.

  Keita H Nagaoka, Hiroki Yamashita, Chiaki Mashima, Guoqiang Zhang, Hitoshi Saito, Tatsunori Minamide, Takuya Nakatsuru, Ryo Kamata, Shunsuke A Sakai, Gaku Yamamoto …

  Cancer science 2026年5月21日
• A cDC1-NK/T-Malignant Cell Circuit Drives Immunogenic Remodeling Under PD-1 Blockade in Gastric Cancer.

  Takuya Nakatsuru, Hiroki Yamashita, Chiaki Mashima, Guoqiang Zhang, Hitoshi Saito, Tatsunori Minamide, Keita H Nagaoka, Ryo Kamata, Shunsuke A Sakai, Gaku Yamamoto …

  Cancer science 2026年5月21日
• Tumor-Agnostic Circulating Tumor DNA Analysis as a Comprehensive Predictive Biomarker of Recurrence after Ablative Radiotherapy for Early-Stage Non-Small Cell Lung Cancer.

  Masaki Nakamura, Shun-Ichiro Kageyama, Hidenari Hirata, Masaki Ohira, Shunsuke A Sakai, Yumi Hakozaki, Hidehiro Hojo, Takeshi Fujisawa, Riu Yamashita, Hiroshi Haeno …

  Clinical lung cancer 26(8) 671-679 2025年12月
• Single-cell spatial analysis with Xenium reveals anti-tumour responses of CXCL13 + T and CXCL9+ cells after radiotherapy combined with anti-PD-L1 therapy.

  Shunsuke A Sakai, Hidekazu Oyoshi, Masaki Nakamura, Tetsuro Taki, Kotaro Nomura, Hidehiro Hojo, Hidenari Hirata, Atsushi Motegi, Yuka Nakamura, Junko Zenkoh …

  British journal of cancer 133(6) 795-808 2025年10月
• Gut microbiome associated with PARP inhibitor efficacy in patients with ovarian cancer.

  Mika Okazawa-Sakai, Shunsuke A Sakai, Ichinosuke Hyodo, Satoshi Horasawa, Kentaro Sawada, Takao Fujisawa, Yasuko Yamamoto, Shogen Boku, Yoh Hayasaki, Masanori Isobe …

  Journal of gynecologic oncology 36(3) e38 2025年5月
• Microbiome Landscape and Association with Response to Immune Checkpoint Inhibitors in Advanced Solid Tumors: A SCRUM-Japan MONSTAR-SCREEN Study.

  Kentaro Sawada, Riu Yamashita, Shunsuke A Sakai, Satoshi Horasawa, Ayumu Yoshikawa, Takao Fujisawa, Shigenori Kadowaki, Ken Kato, Makoto Ueno, Eiji Oki …

  Cancer research communications 5(5) 857-870 2025年5月1日
• Mathematical Modeling Predicts Optimal Immune Checkpoint Inhibitor and Radiotherapy Combinations and Timing of Administration.

  Shunsuke A Sakai, Koichi Saeki, SungGi Chi, Yamato Hamaya, Junyan Du, Masaki Nakamura, Hidehiro Hojo, Takashi Kojima, Yoshiaki Nakamura, Hideaki Bando …

  Cancer immunology research 13(3) 353-364 2025年3月4日
• SpatialKNifeY (SKNY): Extending from spatial domain to surrounding area to identify microenvironment features with single-cell spatial omics data.

  Shunsuke A Sakai, Ryosuke Nomura, Satoi Nagasawa, SungGi Chi, Ayako Suzuki, Yutaka Suzuki, Mitsuho Imai, Yoshiaki Nakamura, Takayuki Yoshino, Shumpei Ishikawa …

  PLoS computational biology 21(2) e1012854 2025年2月
• Comprehensive single-cell analysis demonstrates radiotherapy-induced infiltration of macrophages expressing immunosuppressive genes into tumor in esophageal squamous cell carcinoma.

  Hidekazu Oyoshi, Junyan Du, Shunsuke A Sakai, Riu Yamashita, Masayuki Okumura, Atsushi Motegi, Hidehiro Hojo, Masaki Nakamura, Hidenari Hirata, Hironori Sunakawa …

  Science advances 9(50) eadh9069 2023年12月15日
• Fecal microbiota in patients with a stoma decreases anaerobic bacteria and alters taxonomic and functional diversities.

  Shunsuke A Sakai, Masato Aoshima, Kentaro Sawada, Satoshi Horasawa, Ayumu Yoshikawa, Takao Fujisawa, Shigenori Kadowaki, Tadamichi Denda, Nobuhisa Matsuhashi, Hisateru Yasui …

  Frontiers in cellular and infection microbiology 12 925444-925444 2022年

MISC

• Unsupervised annotation of spatial transcriptomes based on vectorial information between transcripts

  Ryosuke Nomura, Shunsuke A. Sakai, Riu Yamashita, Shunichiro Kageyama, Katsuya Tsuchihara

  CANCER SCIENCE 117 712-712 2026年1月
• Single-Cell Spatial Analysis Reveals the Process of Sarcomatous change in Undifferentiated Pancreatic Cancer

  Hajime Kamiya, Shunsuke A. Sakai, Shunichiro Kageyama, Riu Yamashita, Hiroto Katoh, Motohiro Kojima, Yutaka Suzuki, Masashi Kudo, Motokazu Sugimoto, Shin Kobayashi …

  CANCER SCIENCE 117 286-286 2026年1月
• Application of SpatialKNifeY to Spatial Transcriptomics for Extracting Tissue Structure and Cataloging Microenvironment

  Shunsuke A. Sakai, Ryosuke Nomura, Motohiro Kojima, Ayako Suzuki, Yutaka Suzuki, Katsuya Tsuchihara, Shunichiro Kageyama, Riu Yamashita

  CANCER SCIENCE 117 1024-1024 2026年1月
• Development of a Catalog of Anticancer Drug Effects on the Human Gut Microbiome Across Cancer Types

  Kyoko Kurihara, Shunsuke A. Sakai, Naoko Iida, Kentaro Sawada, Satoshi Horasawa, Takao Fujisawa, Yoshiaki Nakamura, Shunichiro Kageyama, Katsuya Tsuchihara, Riu Yamashita

  CANCER SCIENCE 117 781-781 2026年1月
• Molecular analysis for the clarification of carcinogenesis

  Shunsuke A. Sakai, Ryosuke Nomura, Satoi Nagasawa, Sunggi Chi, Ayako Suzuki, Yutaka Suzuki, Kazuya Tsuchihara, Shunichiro Kageyama, Riu Yamashita

  CANCER SCIENCE 116 393-393 2025年1月
• Identification of Tumor Microenvironment Changes Post-Radiotherapy viaSingle-Cell and Spatial Transcriptome

  Shunichiro Kageyama, Shunsuke A. Sakai, Koichi Saeki, Hiroshi Haeno, Hidehiro Hojo, Masaki Nakamura, Tetsuo Akimoto, Ayako Suzuki, Yutaka Suzuki, Riu Yamashita …

  CANCER SCIENCE 116 176-176 2025年1月
• 大腸がん組織の空間トランスクリプトームを用いたがんと正常上皮との分類モデル構築

  酒井俊輔, 酒井俊輔, 野村亮輔, 野村亮輔, 大平正貴, 大平正貴, 栗原恭子, 栗原恭子, 池成基, 松原裕樹 …

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 48th 2025年
• ベクトル情報に基づく空間トランスクリプトームの教師なしアノテーション

  野村亮輔, 野村亮輔, 酒井俊輔, 酒井俊輔, 影山俊一郎, 山下理宇, 山下理宇

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 48th 2025年
• Temporal single-cell analysis reveals time-dependent immunological modulation by radiotherapy in esophageal cancer

  Hidekazu Oyoshi, Junyan Du, Shunsuke A. Sakai, Riu Yamashita, Masayuki Okumura, Masaki Nakamura, Hidenari Hirata, Hironori Sunakawa, Tomonori Yano, Takashi Kojima …

  CANCER SCIENCE 115 1972-1972 2024年3月
• SpatialKNifeY(SKNY)アルゴリズムによる乳がん空間トランスクリプトミクスからの腫瘍微小環境検出とがん進行軌跡の推定

  酒井俊輔, 酒井俊輔, 野村亮輔, 野村亮輔, 永澤慧, 池成基, 鈴木絢子, 鈴木絢子, 鈴木穣, 鈴木穣 …

  日本癌学会学術総会抄録集(Web) 83rd 2024年
• SKNY(SpatialKNifeY):がん細胞塊を基準とした「等距圏」に基づく微小環境解析アルゴリズム構築と乳がん単一細胞空間オミクスデータへの応用

  酒井俊輔, 酒井俊輔, 野村亮輔, 野村亮輔, 永澤慧, 池成基, 鈴木く子, 鈴木穣, 石川俊平, 土原一哉 …

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 47th 2024年
• がん細胞塊に着目した空間オミクス解析アルゴリズムSKNY(SpatialKNifeY)の開発と乳がんXeniumデータへの適応

  酒井俊輔, 酒井俊輔, 野村亮輔, 野村亮輔, 永澤慧, 永澤慧, 池成基, 鈴木く子, 鈴木く子, 鈴木穣 …

  日本メディカルAI学会学術集会プログラム・抄録集 6th 2024年
• Fecal microbiota in patients with a stoma decreases anaerobic microbes and alters various diversities

  Shunsuke A. Sakai, Yoshiaki Nakamura, Hideaki Bando, Shunichiro Kageyama, Takayuki Yoshino, Katsuya Tsuchihara, Riu Yamashita

  CANCER SCIENCE 114 330-330 2023年2月

講演・口頭発表等

• Unsupervised annotation of spatial transcriptomes based on vectorial information between transcripts

  Ryosuke Nomura, Shunsuke A. Sakai, Riu Yamashita, Shunichiro Kageyama, Katsuya Tsuchihara

  CANCER SCIENCE 2026年1月
• Single-Cell Spatial Analysis Reveals the Process of Sarcomatous change in Undifferentiated Pancreatic Cancer

  Hajime Kamiya, Shunsuke A. Sakai, Shunichiro Kageyama, Riu Yamashita, Hiroto Katoh, Motohiro Kojima, Yutaka Suzuki, Masashi Kudo, Motokazu Sugimoto, Shin Kobayashi, Naoto Gotohda

  CANCER SCIENCE 2026年1月
• Application of SpatialKNifeY to Spatial Transcriptomics for Extracting Tissue Structure and Cataloging Microenvironment

  Shunsuke A. Sakai, Ryosuke Nomura, Motohiro Kojima, Ayako Suzuki, Yutaka Suzuki, Katsuya Tsuchihara, Shunichiro Kageyama, Riu Yamashita

  CANCER SCIENCE 2026年1月
• Development of a Catalog of Anticancer Drug Effects on the Human Gut Microbiome Across Cancer Types

  Kyoko Kurihara, Shunsuke A. Sakai, Naoko Iida, Kentaro Sawada, Satoshi Horasawa, Takao Fujisawa, Yoshiaki Nakamura, Shunichiro Kageyama, Katsuya Tsuchihara, Riu Yamashita

  CANCER SCIENCE 2026年1月
• Molecular analysis for the clarification of carcinogenesis

  Shunsuke A. Sakai, Ryosuke Nomura, Satoi Nagasawa, Sunggi Chi, Ayako Suzuki, Yutaka Suzuki, Kazuya Tsuchihara, Shunichiro Kageyama, Riu Yamashita

  CANCER SCIENCE 2025年1月
• Identification of Tumor Microenvironment Changes Post-Radiotherapy viaSingle-Cell and Spatial Transcriptome

  Shunichiro Kageyama, Shunsuke A. Sakai, Koichi Saeki, Hiroshi Haeno, Hidehiro Hojo, Masaki Nakamura, Tetsuo Akimoto, Ayako Suzuki, Yutaka Suzuki, Riu Yamashita, Kazuya Tsuchihara

  CANCER SCIENCE 2025年1月
• Temporal single-cell analysis reveals time-dependent immunological modulation by radiotherapy in esophageal cancer

  Hidekazu Oyoshi, Junyan Du, Shunsuke A. Sakai, Riu Yamashita, Masayuki Okumura, Masaki Nakamura, Hidenari Hirata, Hironori Sunakawa, Tomonori Yano, Takashi Kojima, Motohiro Kojima, Katsuya Tsuchihara, Tetsuo Akimoto, Atsushi Shibata, Yutaka Suzuki, Shunichiro Kageyama

  CANCER SCIENCE 2024年3月
• Fecal microbiota in patients with a stoma decreases anaerobic microbes and alters various diversities

  Shunsuke A. Sakai, Yoshiaki Nakamura, Hideaki Bando, Shunichiro Kageyama, Takayuki Yoshino, Katsuya Tsuchihara, Riu Yamashita

  CANCER SCIENCE 2023年2月

共同研究・競争的資金等の研究課題

• 腸内微生物叢を利用した併用療法開発のためのがん治療予測AIモデル構築

  日本学術振興会 科学研究費助成事業 特別研究員奨励費 2024年4月 - 2026年3月

  酒井 俊輔
• がん患者腸内微生物叢データベースとAIによる治療最適化モデル構築

  東京大学 グリーントランスフォーメーション(GX)を先導する高度人材育成(SPRING GX) 2023年4月 - 2026年3月

  酒井 俊輔
• がん微小環境のカタログ化とそれを利用した最適化治療推定システムの基盤構築

  東京大学 挑戦的新領域博士研究助成制度(チャレンジファンド) 2024年6月 - 2025年3月

  酒井 俊輔