石川 周

基本情報

所属

神戸大学 大学院科学技術イノベーション研究科 科学技術イノベーション専攻 准教授

(兼任)准教授

学位

修士(農学)(信州大学)

博士(学術)(信州大学)

J-GLOBAL ID

200901089164691518

researchmap会員ID

5000079760

外部リンク

https://www.research.kobe-u.ac.jp/ans-applmic/index.html

研究キーワード

• 微生物学
• 分子生物学
• タンパク質複合体
• リボゾーム
• 遺伝子発現制御
• 必須タンパク質
• 転写制御
• ゲノム
• テイコ酸
• GTP結合蛋白質
• 大腸菌
• ChIP-chip解析
• タイリングチップ
• 細胞骨格蛋白質
• 細胞システム
• システム生物学
• 細菌細胞
• 枯草菌
• 生体分子
• 細胞分裂
• 細菌
• 蛋白質

研究分野

• ライフサイエンス / ゲノム生物学 /
• ライフサイエンス / 分子生物学 /
• ライフサイエンス / 応用微生物学 /

経歴

• 2016年4月 - 現在

  神戸大学, 科学技術イノベーション研究科, 准教授
• 2001年11月 - 2016年3月

  奈良先端科学技術大学院大学 バイオサイエンス研究科, 助教
• 2001年4月 - 2001年10月

  日本学術振興会, 特別研究員

学歴

• 1996年4月 - 1999年3月

  信州大学, 繊維学部, 応用生物科学科

委員歴

• 2021年4月 - 2026年5月

  日本生物工学会, 英文誌編集委員
• 2015年 - 2017年

  日本ゲノム微生物学会, 評議員

論文

• L-γ-polyglutamate in Bacillus: stereocontrol by the PgsA epimerase and selective γ-PGA hydrolases.

  Onuma Chumsakul, Shu Ishikawa

  Bioscience, biotechnology, and biochemistry 90(3) 317-324 2026年2月23日
• Adaptive responses of genome-reduced Bacillus subtilis during enzyme secretion in a breathing vessel culture.

  Ayşegül Öktem, Kyosuke Yokoyama, Yuzheng Wu, Francesca Grilli, Sandra Maaß, Shu Ishikawa, Masato Yotsuya, Ryosuke Sato, Jan Maarten van Dijl, Ken-Ichi Yoshida

  Microbial cell factories 25(1) 2026年1月29日
• Bacillus velezensis S141 improves the root growth of soybean under drought conditions

  Takahiko Kondo, Surachat Sibponkrung, Panlada Tittabutr, Nantakorn Boonkerd, Shu Ishikawa, Neung Teaumroong, Ken-ichi Yoshida

  Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry 89(2) 304-312 2024年11月14日
• Bacillus subtilis grown in a "breathing" vessel without sparger aeration

  Ken-ichi Yoshida, Kyosuke Yokoyama, Ayşegül Öktem, Shu Ishikawa, Jan Maarten van Dijl, Masato Yotsuya, Ryosuke Sato

  Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry 88(11) 1389-1393 2024年9月2日
• Efficient pathway-driven scyllo -inositol production from myo -inositol using thermophilic cells and mesophilic inositol dehydrogenases: a novel strategy for pathway control

  Ryota Kurashiki, Masahiro Takahashi, Yuta Okumura, Tatsuya Ono, Hirofumi Endo, Kohei Makino, Kaho Fukui, Kyosuke Yokoyama, Shu Ishikawa, Ken-ichi Yoshida …

  Applied and Environmental Microbiology 90(7) e0028124 2024年7月24日 査読有り
• GeF-seq: A Simple Procedure for Base-Pair Resolution ChIP-seq

  Onuma Chumsakul, Kensuke Nakamura, Kazuki Fukamachi, Shu Ishikawa, Taku Oshima

  Methods in Molecular Biology 2819 39-53 2024年7月20日
• High-throughput evaluation of hemolytic activity through precise measurement of colony and hemolytic zone sizes of engineered Bacillus subtilis on blood agar

  Takahiro Bamba, Rina Aoki, Yoshimi Hori, Shu Ishikawa, Ken-ichi Yoshida, Naoaki Taoka, Shingo Kobayashi, Hisashi Yasueda, Akihiko Kondo, Tomohisa Hasunuma

  Biology Methods and Protocols 9(1) bpae044 2024年1月11日
• Screening to isolate <i>Bacillus subtilis</i> mutants with enhanced NADPH levels

  Yuzheng Wu, Shu Ishikawa, Ken-ichi Yoshida

  The Journal of General and Applied Microbiology 70(5) 2024年
• Genes encoding a novel thermostable bacteriocin in the thermophilic bacterium Aeribacillus pallidus PI8

  Kyosuke Kita, Sanako Yoshida, Shunsuke Masuo, Akira Nakamura, Shu Ishikawa, Ken-ichi Yoshida

  Journal of Applied Microbiology 134(12) 2023年12月1日
• A critical role of the periplasm in copper homeostasis in Gram-negative bacteria

  Jun-ichi Ishihara, Tomohiro Mekubo, Chikako Kusaka, Suguru Kondo, Ryotaro Oiko, Kensuke Igarashi, Hirofumi Aiba, Shu Ishikawa, Naotake Ogasawara, Taku Oshima …

  Biosystems 231 104980-104980 2023年9月
• Bacillus velezensis S141, a soybean growth-promoting bacterium, hydrolyzes isoflavone glycosides into aglycones.

  Takahiko Kondo, Surachat Sibponkrung, Ken-yu Hironao, Panlada Tittabutr, Nantakorn Boonkerd, Shu Ishikawa, Hitoshi Ashida, Neung Teaumroong, Ken-ichi Yoshida

  The Journal of General and Applied Microbiology 2023年
• Constitutive glucose dehydrogenase elevates intracellular NADPH levels and luciferase luminescence in Bacillus subtilis

  Yuzheng Wu, Honami Kawabata, Kyosuke Kita, Shu Ishikawa, Kan Tanaka, Ken-ichi Yoshida

  Microbial Cell Factories 21(1) 2022年12月20日
• A novel method for transforming Geobacillus kaustophilus with a chromosomal segment of Bacillus subtilis transferred via pLS20-dependent conjugation

  Kotaro Mori, Kaho Fukui, Ryotaro Amatsu, Shu Ishikawa, Valeria Verrone, Anil Wipat, Wilfried J. J. Meijer, Ken-ichi Yoshida

  Microbial Cell Factories 21(1) 2022年12月
• Constitutive expression of the global regulator AbrB restores the growth defect of a genome-reduced Bacillus subtilis strain and improves its metabolite production.

  Junya Yamamoto, Onuma Chumsakul, Yoshihiro Toya, Takuya Morimoto, Shenghao Liu, Kenta Masuda, Yasushi Kageyama, Takashi Hirasawa, Fumio Matsuda, Naotake Ogasawara …

  DNA research : an international journal for rapid publication of reports on genes and genomes 29(3) 2022年5月27日
• Functional analysis of a gene cluster for putative bacteriocin deduced from the genome sequence of <i>Aeribacillus pallidus</i> PI8

  Kyosuke Kita, Sanako Yoshida, Shu Ishikawa, Ken-ichi Yoshida

  The Journal of General and Applied Microbiology 68(2) 87-94 2022年
• A New Tool for the Flexible Genetic Manipulation of Geobacillus kaustophilus

  Ryotaro Amatsu, Kotaro Mori, Shu Ishikawa, Wilfried Meijer, Ken-ichi Yoshida

  BIO-PROTOCOL 12(17) 2022年
• Assessment of Bacillus subtilis Plasmid pLS20 Conjugation in the Absence of Quorum Sensing Repression.

  Kotaro Mori, Valeria Verrone, Ryotaro Amatsu, Kaho Fukui, Wilfried J J Meijer, Shu Ishikawa, Anil Wipat, Ken-Ichi Yoshida

  Microorganisms 9(9) 2021年9月10日
• Identification of genes encoding a novel ABC transporter in Lactobacillus delbrueckii for inulin polymers uptake.

  Yuji Tsujikawa, Shu Ishikawa, Iwao Sakane, Ken-Ichi Yoshida, Ro Osawa

  Scientific reports 11(1) 16007-16007 2021年8月6日
• Genome sequences of two strains of Lactococcus lactis subsp. cremoris with the same ancestry but a different capacity to produce exopolysaccharides.

  Yayoi Gotoh, Kyosuke Kita, Kosei Tanaka, Shu Ishikawa, Toshio Suzuki, Ken-Ichi Yoshida

  The Journal of general and applied microbiology 2021年7月30日
• Identification of a repressor for the two iol operons required for inositol catabolism in Geobacillus kaustophilus

  Ken-ichi Yoshida, Yusuke Shirae, Ryo Nishimura, Kaho Fukui, Shu Ishikawa

  Microbiology 167(1) 2021年1月1日

MISC

• H‐NSによる転写抑制を介した大腸菌ゲノムの多様性獲得機構

  東光一, 戸邉亨, 石川周, 鈴木穣, 小笠原直毅, 黒川顕, 黒川顕, 大島拓

  日本ゲノム微生物学会年会要旨集 10th 63 2016年
• 枯草菌ゲノム縮小株によるケミカル代替素材の生産

  増田健太, 森本拓也, 戸谷吉博, 平沢敬, 平沢敬, ONUMA Chumsakul, 石川周, 影山泰, 清水浩, 小笠原直毅 …

  日本農芸化学会大会講演要旨集(Web) 2014 2014年
• 枯草菌ゲノム縮小株を用いた組換えタンパク質生産における転写,代謝フラックス解析

  戸谷吉博, 河崎優樹, 平沢敬, 増田健太, 森本拓也, ONUMA Chumsakul, 石川周, 大島拓, 影山泰, 尾崎克也 …

  日本農芸化学会大会講演要旨集(Web) 2013 4B11A10 (WEB ONLY) 2013年3月5日
• 大腸菌Hha,YdgTタンパク質による外来性遺伝子の転写抑制

  上田剛士, 高橋弘喜, 石川周, 小笠原直毅, 大島拓

  日本ゲノム微生物学会年会要旨集 7th 80 2013年
• 2Ap03 Bacillus subtilis cell factory for production of scyllo-inositol promising for Alzheimer's disease (Bio-Based Production)

  YOSHIDA Ken-ichi, ONUMA Chumsakul, ISHIKAWA Shu, OGASAWARA Naotake

  日本生物工学会大会講演要旨集 64 39-39 2012年10月
• Bacillus subtilisにおいてバイオフィルム形成を刺激するVeg蛋白質の機能解析

  LEI Ying, ISHIKAWA Shu, OGASAWARA Naotake

  日本ゲノム微生物学会年会要旨集 6th 85 2012年
• 転写因子GreAはB.subtilis細胞におけるRNAポリメラーゼのプロモーター近医停止を解決する

  KUSUYA Yoko, OSHIMA Taku, ISHIKAWA Shu, KUROKAWA Ken, OGASAWARA Naotake

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 193(12) 3090-3099 2011年6月
• 枯草菌のdegU32(hy)はカタボライトレプレッションを積極的に解除する

  IWASAKI Kana, ISHIKAWA Shu, OGASAWARA Naotake, TAKENAKA Shinji, YOSHIDA Ken‐Ichi

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 34th 2P-0003 (WEB ONLY) 2011年
• 枯草菌における新規核様体蛋白質の同定

  LEI Ying, ISHIKAWA Shu, OGASAWARA Naotake

  日本分子生物学会年会講演要旨集 32nd(Vol.1) 126 2009年
• ChAP‐chip解析を用いたin vivoにおける枯草菌RNA polymerase α subunit(RpoA)と相互作用するゲノム部位の網羅解析

  MURAYAMA Satohiko, OSHIMA Taku, ISHIKAWA Shu, OGASAWARA Naotake

  日本分子生物学会年会講演要旨集 32nd(Vol.4) 92 2009年
• Bacillus subtilisにおける核様体蛋白質の探索:B.subtilisとE.coliとの間のChAP(ChIP)チップ解析を用いた比較解析

  CHUMSAKUL Onuma, UYAL Ebru, ISHIKAWA Shu, OSHIMA Taku, OGASAWARA Naotake

  日本分子生物学会年会講演要旨集 32nd(Vol.1) 27 2009年
• 大腸菌のタイリングアレイ解析により明らかになったゲノム進化

  大島 拓, 小笠原 直毅, 石川 周, 黒川 顕, 饗場 浩文

  日本細菌学雑誌 62(1) 46-46 2007年2月25日
• 1E12-1 中度好塩性細菌Halomonas elongate OUT30018株における金属応答遺伝子の発現解析(遺伝子工学・核酸工学,一般講演)

  古賀 愛弓, 鈴木 耕大, 大島 拓, 石川 周, 黒川 顕, 小笠原 直毅, 新名 惇彦, 吉田 和哉, 仲山 英樹

  日本生物工学会大会講演要旨集 19 116-116 2007年
• 枯草菌の胞子形成,胞子,発芽

  佐藤勉, 七宮英晃, 大橋由明, 河村富士夫, 高松宏治, 児玉武子, 渡部一仁, 石川周, 関口順一

  蛋白質核酸酵素 44(10) 14-20 1999年8月
• 枯草菌ゲノムの分子生物学 枯草菌の胞子形成,胞子,発芽

  佐藤勉, 七宮英晃, 大橋由明, 河村富士夫, 高松宏治, 児玉武子, 渡部一仁, 石川周, 関口順一

  蛋白質 核酸 酵素 44(10) 1460-1466 1999年8月 査読有り
• オートリシンの細胞壁結合ドメインを用いた枯草菌表層への蛋白の局在化

  土屋篤史, 石川周, 関口順一

  日本生物工学会大会講演要旨集 1998 11-11 1998年
• 枯草菌の胞子発芽に影響する遺伝子,cwlJに関する研究

  石川周, 山根国男, 関口順一

  日本生物工学会大会講演要旨集 1997 22-22 1997年
• B.subtilisの対数増殖期におけるオートリシン,CwlFの研究

  原佳子, 大西亮, 石川周, 関口順一

  日本生物工学会大会講演要旨集 1997 22-22 1997年
• Bacillus colistinusの自己溶解酵素遺伝子cw1Vに関する研究 : 微生物

  石川 周, 宇都宮 千恵, 関口 順一, 河原 伸二

  日本農藝化學會誌 69 228-228 1995年7月5日
• 311 Bacillus colistinusの自己溶解酵素遺伝子cwlUに関する研究

  石川 周, 河原 伸二, ラシッド M. H., 関口 順一

  日本生物工学会大会講演要旨集 7 82-82 1995年

書籍等出版物

• GeF-seq: A Simple Procedure for Base Pair Resolution ChIP-seq

  Onuma Chumsakul, Kensuke Nakamura, 石川 周, Taku Oshima (担当:共著)

  Humana Press, New York, NY 2018年
• 高精度で結合領域を決定するGeF-seq

  大島 拓, 石川 周, Chumsakul Onuma, 中村 建介 (担当:共著)

  羊土社 2014年9月
• 細菌の発現制御機構をゲノムワイドに解析する :次世代シーケンサーを用いた高精度な網羅的解析の可能性

  大島 拓, 石川 周

  日本農芸化学会 2013年10月
• 細菌の細胞分裂の分子メカニズム

  石川 周, 小笠原 直毅 (担当:共著)

  共立出版 2008年10月
• 枯草菌の胞子形成,胞子,発芽

  佐藤 勉, 七宮 英晃, 大橋 由明, 河村 富士夫, 高松 宏治, 児玉 武子, 渡部 一仁, 石川 周, 関口 順一 (担当:共著)

  共立出版 1999年8月

講演・口頭発表等

• クエン酸による細菌の増殖阻害メカニズムの解明

  石川周

  日本防菌防黴学会第48回年次大会 2021年9月9日 招待有り

担当経験のある科目(授業)

• 農業バイオ技術特論 (神戸大学)
• 卒業研究 (神戸大学)
• 先端研究開発プロジェクト研究 (神戸大学)
• 先端科学技術特定研究 (神戸大学)
• 生命機能科学各論 (神戸大学)
• 高度教養セミナー農学部応用生命化学入門 (神戸大学)
• 研究指導 (神戸大学)
• 科学技術イノベーション戦略プロジェクト研究 (神戸大学)
• 科学技術イノベーション研究2 (神戸大学)
• 科学技術イノベーション研究1 (神戸大学)
• 科学技術アントレプレナーシップ・プロジェクト研究 (神戸大学)
• 化学A (神戸大学)
• 応用生命化学実験III (神戸大学)
• 応用生命化学実験I (神戸大学)
• プレゼンテーション演習 (神戸大学)
• ゲノム解析学2 (神戸大学)
• ゲノム解析学1 (神戸大学)
• ゲノム解析学 (神戸大学)
• Seminar in Agrobioscience (Kobe University)
• Science,Technology and Innovation Strategy Project Research (Kobe University)

所属学協会

• 2021年4月 - 現在

  日本生物工学会
• 日本ゲノム微生物学会
• 日本乳酸菌学会
• グラム陽性菌ゲノム機能会議

共同研究・競争的資金等の研究課題

• L体およびD体のホモポリ-γ-L-グルタミン酸の合成とメカニズム解明

  科学研究費補助金/挑戦的研究(開拓) 2018年6月 - 2023年3月

  石川 周
• 新たなゲノム機能調節機構の解明につながる好熱バチルスの制御因子Crhの解析

  科学研究費補助金/基盤研究(B) 2018年4月 - 2022年3月

  吉田 健一
• 細菌の核様体構造を介した転写制御機構の解析

  日本学術振興会 科学研究費助成事業 基盤研究(C) 2014年4月 - 2017年3月

  大島 拓, 山本 兼由, 石川 周
• 枯草菌における細胞の繊維状化システムの解明

  文部科学省 科学研究費補助金(基盤研究(C)) 2015年 - 2017年

  石川 周
• 汎用的高効率バイオプロセス細胞の創製

  独立行政法人科学技術振興機構(JST) 先端的低炭素化技術開発(ALCA) 2010年 - 2016年

  小笠原 直毅
• 細菌の細胞分裂装置の制御メカニズムの解明

  文部科学省 科学研究費補助金(基盤研究(C)) 2012年 - 2014年

  石川 周
• 種間比較による細菌細胞機能のオーガナイザーとしての核様体の構築原理の解明

  文部科学省 科学研究費補助金(基盤研究(A)) 2011年 - 2013年

  小笠原 直毅
• 細菌細胞表層タンパク質のターゲティング機構の解明

  文部科学省 科学研究費補助金(基盤研究(C)) 基盤研究(C) 2011年 - 2013年

  山本 博規
• 細菌細胞壁のテイコ酸修飾における細胞骨格蛋白質の機能解明

  文部科学省 科学研究費補助金(基盤研究(C)) 基盤研究(C) 2007年 - 2009年

  山本 博規
• 細菌における細胞システムの構築原理の研究

  文部科学省 科学研究費補助金(若手研究(B)) 特定領域研究 2005年 - 2009年

  小笠原 直毅
• 細菌の細胞分裂初期の分子メカニズムの解明

  文部科学省 科学研究費補助金(特定領域研究) 若手研究(B) 2006年 - 2007年

  石川 周
• 枯草菌GTP結合蛋白質ファミリーの機能解明

  文部科学省 科学研究費補助金(基盤研究(A)) 基盤研究(A) 2005年 - 2007年

  小笠原 直毅
• 枯草菌における2成分シグナル伝達系ネットワークの解析

  日本学術振興会 科学研究費助成事業 特別研究員奨励費 2001年 - 2002年

  石川 周

産業財産権

• 特開2024-052354 超高分子ガンマ-ポリグルタミン酸、該ポリグルタミン酸を産生するバチルス属細菌変異株及び該バチルス属細菌変異株のスクリーニング方法

  石川 周, 山本 純也, チュムサクル オヌマ
• 特許第6791623号 組換え微生物及びその利用

  増田 健太, 劉 生浩, 森本 拓也, 小笠原 直毅, 石川 周, チュムサクル オンウマ
• 特許第6693723号 枯草菌変異株及びその利用

  増田 健太, 劉 生浩, 森本 拓也, 小笠原 直毅, 石川 周, チュムサクル オンウマ
• 特許第6660718号 枯草菌変異株及びその利用

  増田 健太, 劉 生浩, 森本 拓也, 小笠原 直毅, 石川 周, チュムサクル オンウマ