西垣 功一

基本情報

学位

理学修士(東京大学)

理学博士(東京大学)

J-GLOBAL ID

200901065823117780

researchmap会員ID

1000009507

外部リンク

http://gp.fms.saitama-u.ac.jp

研究キーワード

• 変異
• 生物多様性
• 創薬
• ナノテク
• システム論
• 情報理論
• DNA
• タンパク質
• 進化
• ゲノム
• biodiversity
• drug discovery
• nanotech
• systems
• information theory
• DNA
• protein
• evolution
• genome

研究分野

• ライフサイエンス / 医化学 /
• ライフサイエンス / 生物物理学 /
• ライフサイエンス / 多様性生物学、分類学 /
• ものづくり技術(機械・電気電子・化学工学) / 電子デバイス、電子機器 /
• ナノテク・材料 / 生物分子化学 /
• ナノテク・材料 / ナノマイクロシステム /
• ナノテク・材料 / ナノバイオサイエンス /
• ナノテク・材料 / ナノ材料科学 /
• 情報通信 / 生命、健康、医療情報学 /

経歴

• 1986年4月 - 2004年3月

  , 埼玉大学工学部助教授 生物物理学
• 1986年4月 - 2004年3月

  ,Associated Prof., Saitama University Biophysics
• 1976年7月 - 1986年3月

  , 埼玉大学工学部助手 環境化学基礎実験
• 1976年7月 - 1986年3月

  ,Assistant Prof., Saitama University Basic Experiments on Environmental Chemistry
• 埼玉大学, 教授

学歴

• - 1976年

  東京大学, 理学系研究科, 生物化学
• - 1976年

  Univ. of Tokyo, Graduate School, Division of Science
• - 1974年

  東京大学, 理学系研究科, 生物化学
• - 1974年

  Univ. of Tokyo, Graduate School, Division of Science
• - 1972年

  東京大学, 理学部, 生物化学
• - 1972年

  Univ. of Tokyo, Faculty of Science

MISC

• Toward the fast blind docking of a peptide to a target protein by using a four-body statistical pseudo-potential

  Takuyo Aita, Koichi Nishigaki, Yuzuru Husimi

  COMPUTATIONAL BIOLOGY AND CHEMISTRY 34(1) 53-62 2010年2月
• Development of Systemic in vitro Evolution and Its Application to Generation of Peptide-Aptamer-Based Inhibitors of Cathepsin E

  Koichiro Kitamura, Chuya Yoshida, Yasunori Kinoshita, Tomoko Kadowaki, Yoko Takahashi, Takahiro Tayama, Tomoyo Kawakubo, Mohammed Naimuddin, Md. Salimullah, Naoto Nemoto …

  JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY 387(5) 1186-1198 2009年4月
• Host-parasite relations of bacteria and phages can be unveiled by Oligostickiness, a measure of relaxed sequence similarity

  Shamim Ahmed, Ayumu Saito, Miho Suzuki, Naoto Nemoto, Koichi Nishigaki

  BIOINFORMATICS 25(5) 563-570 2009年3月
• Rapid In Vitro Synthesis of Pico-mole Quantities of Peptides

  Koichiro Kitamura, Chuya Yoshida, Md Salimullah, Yasunori Kinoshita, Miho Suzuki, Naoto Nemoto, Koichi Nishigaki

  CHEMISTRY LETTERS 37(12) 1250-1251 2008年12月
• Molecular design guided by a local map of sequence space: DNA aptamers that inhibit cathepsin E

  Chuya Yoshida, Akira Kuniwake, Mohammed Naimuddin, Koichi Nishigaki

  OLIGONUCLEOTIDES 18(1) 1-8 2008年3月
• 保健・環境にインパクトを与えるメタゲノム自動解析装置(GPロボット)の開発

  西垣功一

  総合研究機構研究プロジェクト研究成果報告書 6 (平成19年度) 2008年
• 高速分子進化のための基盤技術の開発 A1 進化リアクタープロセスの改良

  西垣功一, 北村幸一郎, 武居修, 高橋陽子, 井上里美

  埼玉県地域結集型共同研究事業事業終了報告書 43-44 2008年
• 高速分子進化のための基盤技術の開発 A2 配列空間適応歩行技術の展開

  西垣功一, 相田拓洋, 二木類, 仲島日出男, 富永達矢, 後藤仁志

  埼玉県地域結集型共同研究事業事業終了報告書 45-46 2008年
• 高速分子進化のための基盤技術の開発 A4 マイクロバイオ分析デバイスの開発

  西垣功一, 鵜飼智文, SakthiKUMAR, 吉田泰彦, 前川透, 柏木邦宏, 東海林崇, 一木隆範

  埼玉県地域結集型共同研究事業事業終了報告書 49-50 2008年
• 高速分子進化のための基盤技術の開発 A3 マイクロリアクターアレイ進化リアクターの開発

  西垣功一, ManishBiyani, 辻幸香, 鈴木雅恵, 三井隆広

  埼玉県地域結集型共同研究事業事業終了報告書 47-48 2008年
• 高速分子進化のための基盤技術の開発 1f ゲノムデータからの知識抽出手法の開発と評価

  西垣功一, 佐藤直樹

  埼玉県地域結集型共同研究事業事業終了報告書 51 2008年
• 保健・環境にインパクトを与えるメタゲノム自動解析装置(GPロボット)の開発

  西垣功一

  総合研究機構研究プロジェクト研究成果報告書 6 (平成19年度) 2008年
• 高速分子進化のための基盤技術の開発 A1 進化リアクタープロセスの改良

  西垣功一, 北村幸一郎, 武居修, 高橋陽子, 井上里美

  埼玉県地域結集型共同研究事業事業終了報告書 43-44 2008年
• 高速分子進化のための基盤技術の開発 A2 配列空間適応歩行技術の展開

  西垣功一, 相田拓洋, 二木類, 仲島日出男, 富永達矢, 後藤仁志

  埼玉県地域結集型共同研究事業事業終了報告書 45-46 2008年
• 高速分子進化のための基盤技術の開発 A4 マイクロバイオ分析デバイスの開発

  西垣功一, 鵜飼智文, SakthiKUMAR, 吉田泰彦, 前川透, 柏木邦宏, 東海林崇, 一木隆範

  埼玉県地域結集型共同研究事業事業終了報告書 49-50 2008年
• 高速分子進化のための基盤技術の開発 A3 マイクロリアクターアレイ進化リアクターの開発

  西垣功一, ManishBiyani, 辻幸香, 鈴木雅恵, 三井隆広

  埼玉県地域結集型共同研究事業事業終了報告書 47-48 2008年
• 高速分子進化のための基盤技術の開発 1f ゲノムデータからの知識抽出手法の開発と評価

  西垣功一, 佐藤直樹

  埼玉県地域結集型共同研究事業事業終了報告書 51 2008年
• Novel mutation assay with high sensitivity based on direct measurement of genomic DNA alterations: Comparable results to the ames test

  Masae Futakami, Md Salimullah, Takashi Miura, Sumio Tokita, Koichi Nishigaki

  JOURNAL OF BIOCHEMISTRY 141(5) 675-686 2007年5月
• 試験管内進化(in vitro evolution)によるプロテアーゼ阻害剤の開発

  西垣功一, 北村幸一郎, 吉田昼也

  細胞工学 26(11) 1284-1289 2007年
• 保健・環境にインパクトを与えるメタゲノム自動解析装置(GPロボット)の開発

  西垣功一

  総合研究機構研究プロジェクト研究成果報告書(平成18年度埼玉大学総合研究機構) 5 2007年

書籍等出版物

• 猪飼篤他(編)、西垣功一(分担執筆) タンパク質の事典

  朝倉書房 2008年
• 西垣功一 情報創生過程としての進化・進化分子工学 機能材料工学総論テキスト

  2008年
• 猪飼篤他(編)、西垣功一(分担執筆) タンパク質の事典

  朝倉書房 2008年
• 西垣功一 情報創生過程としての進化・進化分子工学 機能材料工学総論テキスト

  2008年
• 大島泰郎他(編)、西垣功一(分担執筆) 生化学辞典 第4版

  東京化学同人 2007年
• 大島泰郎他(編)、西垣功一(分担執筆) 生化学辞典 第4版

  東京化学同人 2007年
• 伏見譲,西垣功一(共編著) 進化・情報・かたち

  培風館 2006年
• 伏見譲,西垣功一(共編著) 進化・情報・かたち

  培風館 2006年
• 養老猛司,和田昭允(著)/美宅成樹,西垣功一,伏見譲(編) 科学は豹変する

  培風館 2005年
• 養老猛司,和田昭允(著)/美宅成樹,西垣功一,伏見譲(編) 科学は豹変する

  培風館 2005年
• 西垣功一 形の科学百科事典

  朝倉書店 2004年
• 西垣功一 形の科学百科事典

  朝倉書店 2004年

講演・口頭発表等

• タンパク質に超高度親和性を有するペプチドの解離定数測定 Measurement of the dissociation constant of peptides with a ultra-high affinity to a protein

  第32回MBSJ日本分子生物学会年会 プログラム 2009年
• 異なる淘汰条件で再帰的に選択(スクリーニング)されたAβ結合ペプチドに関する親和性の研究 Study on the affinity of Aβ-binding peptide selected from recursively two different selection conditions ○しろまる上野-辻 幸香1, 北村 幸一郎2, 井口 翔1, モハメド サリムラ3, 西垣 功一1 (1埼大院・理工研, 2ジェナシス(株), 3理研・オミックス基盤研究領域)

  第32回MBSJ日本分子生物学会年会 プログラム 2009年
• カテプシンE特異的結合ペプチドの診断薬応用 Application of cathepsin-E specific binding peptides for a diagnostic reagent kit.

  第32回MBSJ日本分子生物学会年会 プログラム 2009年
• 高速分子進化「発達ライブラリー法」による中性条件下カテプシンE活性化ペプチドの淘汰 Selection of cathepsin E-activating peptides at a neutral pH using a progressive library method

  第32回MBSJ日本分子生物学会年会 プログラム 2009年
• ペプチドペア法によるカテプシンE活性化機能の効率的向上 Paired peptide method effective for advancing cathepsin E-activating activities of peptides.

  第32回MBSJ日本分子生物学会年会 プログラム 2009年
• cDNA/mRNA ディスプレイ(in vitro virus法)に最適なmRNA構造 Optimazation of mRNA for cDNA/mRNA display (in vitro virus)

  第32回MBSJ日本分子生物学会年会 プログラム 2009年
• 新規ピューロマイシン・リンカーを用いたcDNAディスプレイ法の簡便で効率的な調整法 Simple and efficient preparation of cDNA display with a novel puromycin-linker DNA

  第32回MBSJ日本分子生物学会年会 プログラム 2009年
• GP法による昆虫ゲノム分類学は、古典的な表現型による分類とよく一致する Genome-based taxonomy of insects corresponds better with that of classical phenotype-based one: Genome profiling (GP) proach

  第32回MBSJ日本分子生物学会年会 プログラム 2009年
• 形質による古典分類学を批准したゲノムによる分類学(II) Classical Phenotype-Based Taxonomy Was Ratified by Genome-Based One(II)

  形の科学会誌 2009年
• ペプチドペア法によるカテプシンE活性調節ペプチドの高機能化

  2009年
• タンパク質に超高度親和性を有するペプチドの解離定数測定 Measurement of the dissociation constant of peptides with a ultra-high affinity to a protein

  第32回MBSJ日本分子生物学会年会 プログラム 2009年
• 異なる淘汰条件で再帰的に選択(スクリーニング)されたAβ結合ペプチドに関する親和性の研究 Study on the affinity of Aβ-binding peptide selected from recursively two different selection conditions ○しろまる上野-辻 幸香1, 北村 幸一郎2, 井口 翔1, モハメド サリムラ3, 西垣 功一1 (1埼大院・理工研, 2ジェナシス(株), 3理研・オミックス基盤研究領域)

  第32回MBSJ日本分子生物学会年会 プログラム 2009年
• カテプシンE特異的結合ペプチドの診断薬応用 Application of cathepsin-E specific binding peptides for a diagnostic reagent kit.

  第32回MBSJ日本分子生物学会年会 プログラム 2009年
• 高速分子進化「発達ライブラリー法」による中性条件下カテプシンE活性化ペプチドの淘汰 Selection of cathepsin E-activating peptides at a neutral pH using a progressive library method

  第32回MBSJ日本分子生物学会年会 プログラム 2009年
• ペプチドペア法によるカテプシンE活性化機能の効率的向上 Paired peptide method effective for advancing cathepsin E-activating activities of peptides.

  第32回MBSJ日本分子生物学会年会 プログラム 2009年
• cDNA/mRNA ディスプレイ(in vitro virus法)に最適なmRNA構造 Optimazation of mRNA for cDNA/mRNA display (in vitro virus)

  第32回MBSJ日本分子生物学会年会 プログラム 2009年
• 新規ピューロマイシン・リンカーを用いたcDNAディスプレイ法の簡便で効率的な調整法 Simple and efficient preparation of cDNA display with a novel puromycin-linker DNA

  第32回MBSJ日本分子生物学会年会 プログラム 2009年
• GP法による昆虫ゲノム分類学は、古典的な表現型による分類とよく一致する Genome-based taxonomy of insects corresponds better with that of classical phenotype-based one: Genome profiling (GP) proach

  第32回MBSJ日本分子生物学会年会 プログラム 2009年
• 形質による古典分類学を批准したゲノムによる分類学(II) Classical Phenotype-Based Taxonomy Was Ratified by Genome-Based One(II)

  形の科学会誌 2009年
• ペプチドペア法によるカテプシンE活性調節ペプチドの高機能化

  2009年

所属学協会

• 日本バイオインフォマティクス学会
• AAAS
• 日本コンピュータ化学会
• 形の科学会
• 日本微生物生態学会
• 日本化学会
• 日本生化学会
• 日本分子生物学会
• 日本生物物理学会
• Japanese Society for Bioinformatics
• The American Association for the Advancement of Science
• Society of Computer Chemistry, Japan
• The Society for Science On Form
• The Japanese Society of Microbial Ecology
• The Chemical Society of Japan
• The Japanese Biochemical Society
• The Molecular Biology Society of Japan
• The Biophysical Society of Japan

共同研究・競争的資金等の研究課題

• マイクロバイオーム解析

  JST先端計測分析技術・機器開発事業 2009年 - 2012年
• 新型マイクロアレイ

  JST先端計測分析技術・機器開発事業 2009年 - 2012年
• Microbiome analysis

  JST Development of Systems and Technology for Advanced Measurement and Analysis 2009年 - 2012年
• Novel-concept microarray

  JST Development of Systems and Technology for Advanced Measurement and Analysis 2009年 - 2012年
• ゲノム多様性

  2008年 - 2012年
• Genome diversity

  2008年 - 2012年
• ペプチド創薬

  官民連携共同研究 2007年 - 2010年
• Peptide drug design

  Joint Public-Private Research 2007年 - 2010年
• タンパク質創製

  官民連携共同研究 2003年 - 2010年
• Novel protein generation

  Joint Public-Private Research 2003年 - 2010年
• ゲノム変異

  2007年
• Genome mutation

  2007年
• DNAタイリング

  2000年
• DNA tiling

  2000年
• 分子間相互作用

  1993年
• Molecular interaction

  1993年
• ゲノム進化

  1990年
• Genome evolution

  1990年
• ゲノム構造

  1985年
• Genome structure

  1985年

産業財産権

• 遺伝子型による生物の同定方法
• ゲル構造物の製造方法及びこの方法で製造されたゲル構造物
• カテプシンE特異的阻害剤 /ペプチド
• 「多重並列微小容器(MMV)を用いた微量試料の操作方式(NLPP)と用途の発明」
• 被検体生物の同定方法、この方法に使用する内部標準用DNA組成物及びその製造方法
• 遺伝子型による生物の同定方法
• ゲル構造物の製造方法及びこの方法で製造されたゲル構造物
• カテプシンE特異的阻害剤 /ペプチド
• 「多重並列微小容器(MMV)を用いた微量試料の操作方式(NLPP)と用途の発明」
• 被検体生物の同定方法、この方法に使用する内部標準用DNA組成物及びその製造方法