森 宙史

基本情報

所属

国立遺伝学研究所 情報研究系 ゲノム多様性研究室 准教授

学位

博士(理学)(東京工業大学)

ORCID iD

https://orcid.org/0000-0003-0806-7704

J-GLOBAL ID

201601016277811550

researchmap会員ID

B000264719

外部リンク

https://kaken.nii.ac.jp/ja/search/?qm=40610837

研究キーワード

• Ancient DNA
• データベース
• バイオインフォマティクス
• メタゲノム

研究分野

• ライフサイエンス / 細菌学 /
• ライフサイエンス / システムゲノム科学 /

経歴

• 2026年4月 - 現在

  国立遺伝学研究所, 先端ゲノミクス推進部門, 准教授
• 2021年4月 - 現在

  国立遺伝学研究所, 情報研究系, 准教授
• 2021年4月 - 2026年3月

  国立遺伝学研究所, 先端ゲノミクス推進センター, 准教授
• 2019年1月 - 2021年3月

  国立遺伝学研究所, 情報研究系, 助教
• 2016年9月 - 2018年12月

  国立遺伝学研究所, 生命情報研究センター, 助教
• 2011年4月 - 2016年8月

  東京工業大学, 大学院生命理工学研究科, 助教

委員歴

• 2024年 - 現在

  日本ゲノム微生物学会, 幹事
• 2021年 - 2023年

  日本ゲノム微生物学会, 評議員
• 2019年 - 2023年

  日本ゲノム微生物学会若手の会, 世話人

受賞

• 2016年

  若手賞, 日本ゲノム微生物学会
• 2015年

  手島精一記念研究論文賞

  共同受賞
• 2011年

  ライフサイエンス賞, Linked Open Data Challenge 2011

  共同受賞

論文

• Local immune responses in tick-bite skin during SFTSV infection are associated with type I interferon signaling and monocyte-lineage cell recruitment.

  Alice C C Lau, Hiroshi Mori, Yusuke Sakai, Hiroshi Shimoda, Noriyo Nagata, Takayuki Matsumura, Masayuki Shimojima, Atsushi Toyoda, Daisuke Hayasaka, Tadaki Suzuki …

  Molecular immunology 195 148-156 2026年5月18日
• Microbiome Datahub: an open-access platform integrating environmental metadata, taxonomy, and functional annotation for comprehensive metagenome-assembled genome datasets.

  Hiroshi Mori, Takatomo Fujisawa, Koichi Higashi, Yasuhiro Tanizawa, Zenichi Nakagawa, Hiroyo Nishide, Masaki Fujiyoshi, Yasukazu Nakamura, Ikuo Uchiyama, Motomu Matsui …

  Microbiome 14(1) 2026年3月16日
• A curated resource of chemolithoautotrophic genomes and marker genes for CO2 fixation pathway prediction

  Shuichi Kawashima, Yoko Okabeppu, Seiha Miyazawa, Natsuko Ichikawa, Hikaru Nagazumi, Yutaka Nishihara, Takeru Nakazato, Susumu Goto, Ken Kurokawa, Masaharu Ishii …

  Scientific Data 13(1) 121-121 2026年2月11日
• Behavioural phase transitions in the migratory locust, <i>Locusta migratoria</i>, are related to changes in the gut bacterial composition.

  Kim J, Murakami T, Toyoda A, Mori H

  ISME communications 2026年1月15日
• PZLAST-MAG: full length protein sequence similarity search server of large-scale MAG proteins.

  Koichi Higashi, Hitoshi Ishikawa, Ken Kurokawa, Hiroshi Mori

  Bioinformatics advances 6(1) vbag129 2026年
• Ancient DNA from Palaeoloxodon naumanni in Japan reveals early evolution of Eurasian Palaeoloxodon

  Takahiro Segawa, Takahiro Yonezawa, Hiroshi Mori, Ayumi Akiyoshi, Asier Larramendi, Naoki Kohno

  iScience 2025年12月
• Restoration of the gut-microbiota-liver axis after hepatitis C virus eradication

  Takako Inoue, Jiro Nakayama, Hiroshi Mori, Masaru Tanaka, Daisuke Nakagawa, Masaya Ohnishi, Yui Funatsu, Kei Moriya, Hideto Kawaratani, Hisayoshi Watanabe …

  JHEP Reports 2025年9月
• Phocaeicola dorei and Phocaeicola vulgatus Protect against Atherosclerosis by Regulating Gut Immunity.

  Hitomi Nakashima, Ryohei Shinohara, Takuo Emoto, Yoshihiro Saito, Naofumi Yoshida, Ken-Ichi Hirata, Takumi Murakami, Hiroshi Mori, Atsushi Toyoda, Tomomi Sugiyama …

  Journal of atherosclerosis and thrombosis 2025年6月18日
• DNA methylation profiles of transgenerational rat hyperactivity primed by silver nanoparticles: Comparison with valproate model rats of autism.

  Masami Ishido, Kouichi Higashi, Hiroshi Mori, Masaki Ueno, Ken Kurokawa

  Behavioural brain research 477 115293-115293 2025年2月4日
• Sucrose-preferring gut microbes prevent host obesity by producing exopolysaccharides.

  Hidenori Shimizu, Junki Miyamoto, Keiko Hisa, Ryuji Ohue-Kitano, Hiromi Takada, Mayu Yamano, Akari Nishida, Daiki Sasahara, Yuki Masujima, Keita Watanabe …

  Nature communications 16(1) 1145-1145 2025年1月29日
• DFAST_QC: quality assessment and taxonomic identification tool for prokaryotic Genomes.

  Mohamed Elmanzalawi, Takatomo Fujisawa, Hiroshi Mori, Yasukazu Nakamura, Yasuhiro Tanizawa

  BMC bioinformatics 26(1) 3-3 2025年1月7日
• Metagenomic Analysis of Gut Microbiota for Abdominal Aortic Aneurysm.

  Eisaku Ito, Takao Ohki, Naoki Toya, Takuo Emoto, Tomoya Yamashita, Tomomi Sugiyama, Takuji Yamada, Hiroshi Mori, Atsushi Toyoda, Ken-Ichi Hirata

  Annals of vascular diseases 18(1) 2025年
• Reduction of butyrate-producing bacteria in the gut microbiome of Japanese patients with pancreatic cancer.

  Makoto Sono, Kei Iimori, Munemasa Nagao, Satoshi Ogawa, Takahisa Maruno, Yuki Nakanishi, Takayuki Anazawa, Kazuyuki Nagai, Toshihiko Masui, Hiroshi Mori …

  Pancreatology : official journal of the International Association of Pancreatology (IAP) ... [et al.] 24(7) 1031-1039 2024年11月
• Metagenome-assembled genome sequence of Spiroplasma phoeniceum , assembled from the hindgut of Locusta migratoria , a migration grasshopper species

  Jaeha Kim, Takumi Murakami, Atsushi Toyoda, Hiroshi Mori

  Microbiology Resource Announcements 13(8) 2024年8月13日
• Meta-analysis of shotgun sequencing of gut microbiota in Parkinson's disease.

  Hiroshi Nishiwaki, Jun Ueyama, Mikako Ito, Tomonari Hamaguchi, Keiichi Takimoto, Tetsuya Maeda, Kenichi Kashihara, Yoshio Tsuboi, Hiroshi Mori, Ken Kurokawa …

  NPJ Parkinson's disease 10(1) 106-106 2024年5月21日
• Microbiome analysis of the restricted bacteria in radioactive element-containing water at the Fukushima Daiichi Nuclear Power Station.

  Tomoro Warashina, Asako Sato, Hiroshi Hinai, Nurislam Shaikhutdinov, Elena Shagimardanova, Hiroshi Mori, Satoshi Tamaki, Motofumi Saito, Yukihisa Sanada, Yoshito Sasaki …

  Applied and environmental microbiology 90(4) e0211323 2024年4月17日
• Metagenomic Thermometer.

  Masaomi Kurokawa, Koichi Higashi, Keisuke Yoshida, Tomohiko Sato, Shigenori Maruyama, Hiroshi Mori, Ken Kurokawa

  DNA research 30(6) 2023年12月1日
• Transcriptome profile of subsynaptic myonuclei at the neuromuscular junction in embryogenesis.

  Bisei Ohkawara, Masaomi Kurokawa, Akinori Kanai, Kiyomi Imamura, Guiying Chen, Ruchen Zhang, Akio Masuda, Koichi Higashi, Hiroshi Mori, Yutaka Suzuki …

  Journal of neurochemistry 2023年11月23日
• Assessment of metagenomic workflows using a newly constructed human gut microbiome mock community.

  Hiroshi Mori, Tamotsu Kato, Hiroaki Ozawa, Mitsuo Sakamoto, Takumi Murakami, Todd D Taylor, Atsushi Toyoda, Moriya Ohkuma, Ken Kurokawa, Hiroshi Ohno

  DNA research 30(3) 2023年6月1日
• Host range of strand-biased circularizing integrative elements: a new class of mobile DNA elements nesting in Gammaproteobacteria.

  Desmila Idola, Hiroshi Mori, Yuji Nagata, Lisa Nonaka, Hirokazu Yano

  Mobile DNA 14(1) 7-7 2023年5月26日

書籍等出版物

• オミクスデータを探す!使いこなす!公共データベース厳選53 : 情報の海で手に入る宝物で、あなたの研究が発展する!

  森宙史 (担当:分担執筆, 範囲:Microbiome Datahub)

  羊土社 2025年12月 (ISBN: 9784758104319)
• 理論生物学事典

  森宙史 (担当:分担執筆, 範囲:原核生物のゲノム)

  朝倉書店 2025年11月 (ISBN: 9784254172034)
• 達人直伝 マイクロバイオーム研究実践プロトコール

  森宙史 (担当:分担執筆, 範囲:腸内細菌叢を対象とした16S rRNA遺伝子のアンプリコンとメタゲノムの情報解析)

  羊土社 2025年6月 (ISBN: 9784758122832)
• 第25回 メタゲノム解析(その4),次世代シーケンサーデータの解析手法

  森宙史, 門田幸二 (担当:共著)

  日本乳酸菌学会誌 36(1) 2025年4月
• 実験デザインからわかるマルチオミクス研究実践テキスト

  森宙史 (担当:分担執筆, 範囲:メタゲノム解析)

  羊土社 2025年4月 (ISBN: 9784758122795)
• 独習Pythonバイオ情報解析

  森宙史 (担当:分担執筆, 範囲:統計的仮説検定)

  羊土社 2025年2月 (ISBN: 9784758122788)
• 第24回 メタゲノム解析(その3),次世代シーケンサーデータの解析手法

  森宙史, 門田幸二 (担当:共著)

  日本乳酸菌学会誌 35(3) 2024年10月
• 誰でも再現できるNGS「前」サンプル調製プロトコール : 生物種別DNA、RNA、クロマチン、シングルセル調製の極意

  東光一, 黒川真臣, 森宙史 (担当:分担執筆, 範囲:メタゲノム解析をはじめる前に)

  羊土社 2024年7月 (ISBN: 9784758122726)
• 第23回 メタゲノム解析(その2),次世代シーケンサーデータの解析手法

  森宙史, 門田幸二 (担当:共著)

  日本乳酸菌学会誌 35(2) 2024年
• 第22回 メタゲノム解析(その1),次世代シーケンサーデータの解析手法

  森宙史, 門田幸二 (担当:共著)

  日本乳酸菌学会誌 35(1) 2024年
• 微生物資源の整備と利活用の戦略

  森宙史, 東光一, 黒川顕 (担当:分担執筆, 範囲:微生物統合情報とリソース)

  エヌ・ティー・エス 2023年9月 (ISBN: 9784860438586)
• バイオDBとウェブツール : ラボで使える最新70選 : 知る・学ぶ・使う、バイオDX時代の羅針盤

  小野, 浩雅 (担当:分担執筆, 範囲:Microbiome DatahubとPZLAST)

  羊土社 2022年11月 (ISBN: 9784758104067)
• 遺伝学の百科事典 : 継承と多様性の源

  日本遺伝学会 (担当:分担執筆, 範囲:メタゲノム解析と原核生物の多様性)

  丸善出版 2022年1月 (ISBN: 9784621306604)
• メタゲノムデータ解析 16Sも! ショットガンも! ロングリードも! 菌叢解析が得意になる凄技レシピ (実験医学別冊)

  坊農 秀雅 (担当:分担執筆, 範囲:VITCOMIC2, LEA)

  羊土社 2021年12月2日 (ISBN: 4758122555)
• 統計的仮説検定

  実験医学別冊 独習Pythonバイオ情報解析, 羊土社 2021年4月
• メタゲノム解析における機械学習的手法

  森宙史

  実験医学増刊 機械学習を生命科学に使う!, 羊土社 2020年12月
• ヒトマイクロバイオーム統合データベースの構築

  森宙史, 黒川顕

  ヒトマイクロバイオーム Vol. 2, NTS出版 2020年
• メタゲノムデータの情報解析とデータベース

  村上匠, 森宙史, 黒川顕

  実験医学増刊 腸内細菌叢 健康と疾患を制御するエコシステム, 羊土社 2019年
• 9章 メタゲノム解析

  黒川顕, 森宙史, 東光一

  よくわかるバイオインフォマティクス入門, 講談社 2018年
• 細菌のゲノム進化と群集ダイナミクス

  森宙史

  生体の科学, 医学書院 2017年4月

講演・口頭発表等

• メタゲノムからのゲノム構築と微生物のゲノムデータベース開発

  森宙史

  信州大学理学部生物学コース教室セミナー 2025年9月18日 信州大学理学部生物学コース 招待有り
• マイクロバイオーム研究を先導するハブを目指したMicrobiome Datahubの開発

  森宙史

  信州大学理学部生物学コース教室セミナー 2023年9月14日 信州大学理学部生物学コース 招待有り
• マイクロバイオーム研究を先導するハブとなる統合データベースMicrobiome Datahubの開発

  森宙史

  第75回日本生物工学会大会 シンポジウム「データ駆動型研究が導く未培養微生物 (微生物ダークマター) の開拓と展望」 2023年9月5日 日本生物工学会 招待有り
• マイクロバイオームからのMAG/SAGデータの取得と活用の展望

  森宙史

  NITEスポンサーセミナー, BioJapan 2022 2022年10月12日 NITE 招待有り
• メタゲノムインフォマティクスの現状と今後の展開

  森宙史

  第33回日本臨床微生物学会総会・学術集会 シンポジウム「マイクロバイオーム最前線」 2022年1月30日 日本臨床微生物学会 招待有り
• MicrobeDB.jp: integration of microbial data from microbiome point of view

  Hiroshi Mori

  ACM17 Online 2020年9月9日 NITE, JCM and NIE 招待有り
• メタゲノムインフォマティクスと微生物統合データベース

  森宙史

  産総研セミナー 2019年11月1日 産業総合技術研究所つくばセンター 招待有り
• 寒冷地の雪のメタゲノム解析による群集構造の解明

  森宙史

  信州大学理学部生物科学科教室セミナー 2019年9月12日 信州大学理学部生物科学科 招待有り
• 古代の動物の骨のメタゲノム解析

  森宙史

  日本生物工学会バイオインフォマティクス相談部会 第二回講演会 2018年12月5日 日本生物工学会バイオインフォマティクス相談部会 招待有り
• Metagenome informatics to understand microbial communities

  森宙史

  イルミナマイクロバイオロジーワークショップ 2018『メタバーコーディングからショットガンメタゲノムによる全ゲノムへの展望』 2018年9月18日 イルミナ株式会社 招待有り
• 配列相同性検索ツールCLASTとPZLASTの開発

  森宙史

  理研セミナー 2018年8月27日 理化学研究所 招待有り
• 博物館資料のメタゲノム解析

  森宙史

  第8回Museomics研究会 2018年1月26日 大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構 データサイエンス共同利用基盤施設 招待有り
• Developing tools and database for microbial community analysis

  森宙史

  マイクロバイオーム研究開発の最前線 2018年1月25日 一般社団法人ライフサイエンス・イノベーション・ネットワーク・ジャパン 招待有り
• 微生物研究開発における微生物統合データベースMicrobeDB.jpの利用法

  森宙史

  千葉県バイオ・ライフサイエンス・ネットワーク会議 2017年12月22日 公益財団法人かずさDNA研究所 招待有り
• ヒト乳児腸内細菌群集の形成と安定化機構

  森宙史

  第252回信州大学理学部生物科学科教室セミナー 2017年9月14日 信州大学理学部生物科学科 招待有り
• 微生物ゲノムアノテーションの現状と問題点

  森宙史

  2015年度国立遺伝学研究所研究会 Annotathon 2015 2015年11月12日 招待有り
• プライマー設計の方法と実践

  森宙史

  第32回 DDBJing 講習会 in 那覇植物防疫事務所 2015年7月29日 招待有り
• 微生物統合データベースMicrobeDB.jpのメタゲノム情報を用いた超高度化

  森宙史

  ラン藻ゲノム交流会2015 2015年7月25日 招待有り
• メタゲノム解析と微生物統合データベース

  森宙史

  第30回DDBJing講習会in東京 2014年12月18日 招待有り
• 細菌群集解析のためのメタ16S・メタゲノム解析パイプラインの開発

  森宙史

  Illumina BaseSpace Worldwide Developers Conference in Japan 2014年10月29日 招待有り

担当経験のある科目(授業)

• 遺伝学 (Genome bioinformatics and genetics) (2022, 2024年度 国立遺伝学研究所)
• ゲノム情報解析基礎 (2020-2026 年度 東京大学大学院農学生命科学研究科)
• 生命工学基礎実験第二「Diels-Alder反応と生成物の立体化学」 (2011-2015年度 東京工業大学生命理工学部)
• 生物学特論II(ゲノム情報生物学) (2015, 2017, 2019, 2021, 2023, 2025年度 信州大学理学部)

所属学協会

• 日本細菌学会
• 日本進化学会
• 日本バイオインフォマティクス学会
• 日本ゲノム微生物学会
• 日本遺伝学会
• 日本分子生物学会

共同研究・競争的資金等の研究課題

• 堆積物の古代DNA解析で解き明かす過去の微生物生態系

  日本学術振興会 科学研究費助成事業 基盤研究(B) 2025年4月 - 2028年3月

  森 宙史
• マイクロバイオーム研究を先導するハブを目指した微生物統合データベースの特化型開発

  科学技術振興機構 ライフサイエンスデータベース統合推進事業[統合化推進プログラム] 2022年4月 - 2027年3月

  森宙史
• ヒトマイクロバイオーム研究開発支援拠点の形成

  AMED AMED-CREST 2017年10月 - 2023年3月

  豊田敦
• 細菌群集の機能遺伝子組成の環境に依存した収斂現象の解明

  文部科学省 科学研究費補助金(基盤研究(C)) 2015年 - 2017年

  森宙史
• 群集としての協調代謝を明らかにするための土壌細菌群集解析

  文部科学省 科学研究費補助金(若手研究(B)) 2012年 - 2015年

  森宙史
• MicrobeDB.jpデータを用いたメタゲノム解析Webアプリケーションの開発

  科学技術振興機構 統合化推進プログラム(統合データ解析トライアル) 2013年9月 - 2014年1月

  森宙史

メディア報道

• PZLAST-MAG:膨大なMAG由来タンパク質の配列を高速検索する新しいウェブサーバーを公開

  2026年5月
• メタゲノム由来ゲノムを収集・整理した統合データベース「Microbiome Datahub」を開発

  2026年3月
• 化学合成独立栄養細菌が持つCO2固定経路の有無をゲノムから高精度に予測するツール「AutoFixMark」を開発

  2026年2月
• ナウマンゾウの古代 DNA 解析に成功 〜ユーラシア最古のパレオロクソドンの系統であることが判明〜

  2025年12月 その他
• 擬似的なヒト腸内細菌群集を作製し様々な解析手法を評価

  2023年5月 その他
• ニホンオオカミの起源を解明

  2022年5月 その他
• 本州にかつて生息していたヒグマの起源の解明

  2021年8月 その他
• 膨大なメタゲノムデータの相同性検索を可能にするシステム「PZLAST」

  2021年7月 その他
• 北極と南極の雪を赤く染める藻類の地理的分布の解明

  2018年8月 その他
• マダガスカルの絶滅した巨大な鳥・象鳥の古代DNA解析による走鳥類進化の解明

  2016年12月 その他
• ビフィズス菌が優勢になる乳児の腸内フローラ形成機構を解明

  2016年6月 その他