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受賞

• 2024年9月

  GGS PRIZE 2024, SARS-CoV-2 HaploGraph: visualization of SARS-CoV-2 haplotype spread in Japan., 日本遺伝学会

  中川草, 片山俊明, Lihua Jin, Jiaqi Wu, Kirill Kryukov, 大谷内梨聖, 竹内(柴田)潤子, 藤澤貴智, 浅野さとみ, 小松桃歌, 大波純一, 阿部貴志, 有田正規
• 感謝状, 新型コロナウイルス感染症対応のための新型コロナウイルス分子疫学調査基盤の整備における貢献, 国立遺伝学研究所

論文

• Hybridization-capture sequencing combined with iterative matrix reduction for SARS-CoV-2 variant estimation in wastewater genomic surveillance

  Ryo Honda, Hiroya Kamoshida, Daisuke Motooka, Akihiko Hata, Rongxuan Wang, Takashi Tamura, Satoshi Ezaki, Tomoya Baba, Masanori Arita

  Journal of Environmental Chemical Engineering 14(5) 124267 2026年8月4日 査読有り
• Mesoporous Silica Provides a Platform for Robust Amplification of Single-Copy RNA

  Shun-ichi Matsuura, Tomoya Baba, Nozomi Natsui, Shiori Abe, Liangjing Jin, Aritomo Yamaguchi

  ACS Applied Bio Materials 9(4) 2107-2117 2026年1月29日 査読有り筆頭著者
• Dissemination of local sub-variants of SARS-CoV-2 detected by detailed mutation analysis in wastewater-based epidemiology

  Ryo Honda, Takashi Abe, Tomoya Baba, Yui Araki, Tomohiro Kuroita, Ryo Iwamoto, Mayo Ito, Nami Okamura, Marie Kenza Yousri, Takashi Tamura …

  PLOS One 20(5) e0317076-e0317076 2025年5月28日 査読有り
• SARS-CoV-2 HaploGraph: visualization of SARS-CoV-2 haplotypes spread in Japan

  So Nakagawa, Toshiaki Katayama, Lihua Jin, Jiaqi Wu, Kirill Kryukov, Rise Oyachi, Junko S. Takeuchi, Takatomo Fujisawa, Satomi Asano, Momoka Komatsu …

  Genes & Genetic Systems 2023年10月 査読有り
• Evaluation of rRNA depletion methods for capturing the RNA virome from environmental surfaces

  Yuh Shiwa, Tomoya Baba, Maria A. Sierra, JangKeun Kim, Christopher E. Mason, Haruo Suzuki

  BMC Research Notes 16(1) 142 2023年7月7日 査読有り
• ACKNOWLEDGMENTS - DNA Data Bank of Japan (DDBJ) update report 2022

  We gratefully acknowledge the support of, Koji Watanabe, Tadayoshi Watanabe, all members of, he Bioinformation, DDBJ Center, for their, assistance with, data collection, annotation, release …

  Nucleic Acids Research 51(D1) D101-D105 2023年1月 査読有り
• ACKNOWLEDGMENTS - Tracing the international arrivals of SARS-CoV-2 Omicron variants after Aotearoa New Zealand reopened its border

  Supplementary Data 2- We gratefully acknowledge the following Authors from the Originating laboratories responsible for obtaining the specimens, as well as the Submitting laboratories where the genome data were generated and shared via GISAID, on which this research is based. EPI_ISL_13234656, Shizuoka Institute of Environment and Hygiene, Japan COVID-19 Open Data Consortium, Atsushi Toyoda, Hiromi Nagaoka, Hiroshi Mori, Ituro Inoue, Katsuyuki Ishigami, Ken Kurokawa, Masanori Arita, Satomi Asano, Shigeki Mitsunaga, Takatomo Fujisawa …

  Nature Communications 13(1) 6484 2022年10月 査読有り
• ACKNOWLEDGMENTS - Tracing the international arrivals of SARS-CoV-2 Omicron variants after Aotearoa New Zealand reopened its border

  We gratefully acknowledge the following Authors from the Originating laboratories responsible for obtaining the specimens, as well as the Submitting laboratories where the genome data were generated and shared via GISAID, on which this research is based. EPI_ISL_13234656, Shizuoka Institute of Environment and Hygiene, Japan COVID-19 Open Data Consortium, Atsushi Toyoda, Hiromi Nagaoka, Hiroshi Mori, Ituro Inoue, Katsuyuki Ishigami, Ken Kurokawa, Masanori Arita, Satomi Asano, Shigeki Mitsunaga, Takatomo Fujisawa …

  medRxiv 2022年7月
• ACKNOWLEDGMENTS - DNA Data Bank of Japan (DDBJ) update report 2021

  We gratefully acknowledge the support of, Koji Watanabe, ,, Masahiro Fujimoto, ,, Tadayoshi Watanabe, , and all members of the Bioinformation and DDBJ Center for their assistance in data collection, annotation, release, and software development. We are also thankful to, Minae Kawashima, and, Licht Toyo-oka …

  Nucleic Acids Research 50(D1) D102-D105 2022年1月 査読有り

MISC

• SARS-CoV-2 HaploGraph: 日本国内でのSARS-CoV-2ハプロタイプの広がりの可視化

  中川 草, 片山 俊明, Jin Lihua, Wu Jiaqi, Kryukov Kirill, 大谷内 梨聖, 竹内(柴田) 潤子, 藤澤 貴智, 浅野 さとみ, 小松 桃歌 …

  第1回新型コロナウイルス研究集会 2023年6月

講演・口頭発表等

• 下水からの新型コロナウイルス変異株割合推定のための配列解析手法の比較検討

  鴨志田紘哉, 本多了, 端昭彦, 元岡大祐, 馬場知哉, 有田正規

  第59回 日本水環境学会年会 2025年3月17日
• 低バックグランド・メタトランスクリプトーム解析手法の開発

  志波 優, 松浦 俊一, 鈴木 治夫, 馬場 知哉

  第47回日本分子生物学会年会 2024年11月27日
• Investigation of experimental procedures for detecting SARS-CoV-2 from airborne low-density RNA samples

  Jun Uetake, Tomoya Baba, Shunichi Matsuura, Masanori Arita

  International Symposium on Data Science (DSWS-2023) 2023年12月14日
• Evaluation of rRNA depletion methods for capturing the RNA virome from environmental surfaces

  Yuh Shiwa, Tomoya Baba, Haruo Suzuki

  International Symposium on Data Science (DSWS-2023) 2023年12月14日

学術貢献活動

• 2021年日本バイオインフォマティクス学会年会・第10回生命医薬情報学連合大会 (IIBMP2021) データサイエンティスト養成セッション 「新型コロナゲノム解析の実際ーゲノム解析の着眼点を国内の実データを使って紹介しますー」 座長

  パネル司会・セッションチェア等

  日本バイオインフォマティクス学会(JSBi) , 日本オミックス医学会 2021年9月27日 - 2021年9月27日

社会貢献活動

• 種々の感染症への対応を可能にするデータ社会の基盤構築

  調査担当

  内閣府 第4回総合知活用事例 2026年6月17日

メディア報道

• "知られざる変異株"を下水から検出!疫学調査では捉えきれないウイルス変異株の出現と変遷を明らかに

  https://ds.rois.ac.jp/press/2025/post-11575/ 2025年5月 インターネットメディア