@Artem обычно люди мержат master в ветку. Это называется "актуализировать до мастера". И да - при merge все коммиты сохраняются. И в ветке и из мастера.

А зачем вы делаете rebase, а не обычный merge ?

Надо не права проверять. А есть ли указанные утилиты у вас в системе и находятся ли они в PATH - чтобы их можно было запускать из любого места не указывая полный путь до исполняемого файлa/

форматирование

Какие ошибки возникают? Текст ошибки, так же стоит добавить в вопрос.