Diskussion:Maximum parsimony

Der vorliegende Artikel Maximale Sparsamkeit wurde mit dem Artikel Long-branch attraction artefact zusammengelegt. Der ursprüngliche Text und die Autorenliste des Artikels Long-branch attraction artefact befinden sich in dieser Version des Artikels Maximale Sparsamkeit. --Regiomontanus (Diskussion) 14:26, 24. Aug. 2009 (CEST) Beantworten

Soweit ich bei der Lektüre von ein paar Artikeln^{[3] [4] [5] [6] [7]} mitbekommen habe, treten LBA-Artefakte nicht nur bei der maximum parsimony-Analyse auf. Auch deswegen hat die LBA in der Forschungsgeschichte der letzten Jahrzehnte grundfalsche Ergebnisse hinterlassen. Wegen dieser Relevanz möchte ich vorschlagen, den vorliegenden Artikel in ein neu zu erstellendes Kapitel im Lemma Phylogenetischer Baum zu verschieben. Das Kapitel soll von Artefakten und falschen Bäumen handeln, die ja nicht nur bei der "Maximalen Sparsamkeit" auftreten.

Gerne trage ich etwas dazu bei, nämlich ein fiktives, für Laien verständliches Beispiel, siehe unten.

Die fett gedruckten Mesophilen sind zusammen plaziert. Die anderen sind thermophile Kurzarm-Bakterien und landen an der Wurzel. Man meinte daher früher, dass die Thermophilen immer die ursprünglichen sind. ^{[8] [7]}

--Asw-hamburg (Diskussion) 15:10, 17. Mär. 2016 (CET) Beantworten

--Asw-hamburg (Diskussion) 07:01, 18. Mär. 2016 (CET) Beantworten

1. ↑ Joseph Felsenstein: Cases in which Parsimony or Compatibility Methods Will be Positively Misleading. In: Systematic Zoology. 410. Jahrgang, Nr. 4, 1978, S. 401–410, doi:10.2307/2412923 (jstor.org). Fehler in Vorlage:Literatur – *** Parameterkonflikt: Statt URL sollte etwas wie 'JSTOR=' angegeben werden
2. ↑ Volker Knoop, Kai Müller: Gene und Stammbäume: ein Handbuch zur molekularen Phylogenetik. 2. Auflage. Spektrum Akademischer Verlag, Heidelberg 2009, ISBN 978-3-8274-2230-9, S. 331–333, doi:10.1007/978-3-8274-2230-9 . Fehler bei Vorlage * Parametername unbekannt (Vorlage:Cite book): "authorlink2; authorlink1"
3. ↑ G. Peter Foster, A. Donal Hickey: Compositional Bias May Affect Both DNA-Based and Protein-Based Phylogenetic Reconstructions. In: PLoS One. 7. Jahrgang, Nr. 1, 2012, S. 22291975, doi:10.1128/JB.00934-06 (nih.gov). Fehler in Vorlage:Literatur – *** Parameterkonflikt: Statt URL sollte etwas wie 'PMC=' angegeben werden
4. ↑ John P. Huelsenbeck: Is the Felsenstein Zone a Fly Trap? Syst Biol (1997) 46 (1): 69-74 doi:10.1093/sysbio/46.1.69
5. ↑ Mark S. Springer, John Gatesy: The gene tree delusion. In: Molecular Phylogenetics and Evolution. 94A. Jahrgang, 2016, S. 01 - 33, doi:10.1016/j.ympev.2015年07月01日8 (sciencedirect.com). 
6. ↑ James A. Lake: Eukaryotic origins. Phil. Trans. R. Soc. B 2015 370 20140321; DOI: 10.1098/rstb.2014.0321. Published 31 August 2015
7. ↑ ^{a b c} Tom A. Williams, Sarah E. Heaps, Svetlana Cherlin, Tom M. W. Nye, Richard J. Boys, T. Martin Embley: New substitution models for rooting phylogenetic trees. In: Philosophical Transactions of the Royal Society of London B: Biological Sciences. 370. Jahrgang, Nr. 1678, 2015, doi:10.1098/rstb.2014.0336 (royalsocietypublishing.org). 
8. ↑ Marina V. Omelchenko, Yuri I. Wolf, Elena K. Gaidamakova, Vera Y. Matrosova, Alexander Vasilenko, Min Zhai, Michael J. Daly, Eugene V. Koonin, Kira S. Makarova: Comparative genomics of Thermus thermophilus and Deinococcus radiodurans : divergent routes of adaptation to thermophily and radiation resistance. In: BMC Evolutionary Biology. 5. Jahrgang, Nr. 1, 2005, S. 01 - 21, doi:10.1186/1471-2148-5-57 (biomedcentral.com).