Essai

Je suis loin d'être un pro niveau optimisation, je suis un peu dans le même cas que toi, j'ai juste essayé de diminuer le nombre de lignes. Aucune idée si ça a une influence sur la rapidité d'exécution.

#!/usr/bin/env python3
# rot13.py - ROT13 encoder/decoder written in Python.
from sys import argv
from os.path import basename
def rot13(txt):
 """Encoder / decoder la chaine txt."""
 A2Z = "ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ"
 MAX = len(A2Z)
 MOY = MAX // 2 - 1
 res = "" # Pas besoin d'initialiser tmp ou pos tu es en python !
 for car in txt:
 tmp = car.capitalize() # Pas besoin de tester si c'est une capitale
 if A2Z.count(tmp):
 pos = A2Z.index(tmp) - MOY # Tu pourrais te passer de la variable pos
 tmp = A2Z[pos] # En python si tu appelles un index negatif dans une liste tu obtiens un element en partant de la fin de la liste
 if car.islower():
 tmp = tmp.lower()
 res += tmp
 return(res)
if len(argv) > 1:
 for arg in argv[1:len(argv)]:
 print(rot13(arg))
else:
 print("Usage: {0} <chaine1> <chaine2>".format(basename(argv[0])))

sinon une version plus bourrin en une ligne (list comprehension), je peux détailler si tu le souhaites :

#!/usr/bin/env python3
# rot13.py - ROT13 encoder/decoder written in Python.
from sys import argv
from os.path import basename
def rot13(txt):
 """Encoder / decoder la chaine txt."""
 A2Z = "AaBbCcDdEeFfGgHhIiJjKkLlMmNnOoPpQqRrSsTtUuVvWwXxYyZz"
 MOY = len(A2Z) // 2
 res = ''.join([ A2Z[A2Z.index(car) - MOY] if A2Z.count(car) else car for car in txt ])
 return(res)
if len(argv) > 1:
 for arg in argv[1:len(argv)]:
 print(rot13(arg))
else:
 print("Usage: {0} <chaine1> <chaine2>".format(basename(argv[0])))