Unison ?

Unison est un petit utilitaire qui permet aussi ce genre de chose, on peut synchroniser deux répertoires distant via ssh, il a une interface graphique simple à utiliser. Je m'en sers pour des répertoire de plus de 10Go sans probleme avec plusieurs milliers de fichiers. Il met quelques secondes pour repérer ce qui n'est pas à jour entre les deux cibles et ensuite il ne copie que ce qui est nouveau ou différent, mais il faut etre présent pour valider les copie. Il marche aussi en ligne de commande mais je ne connais pas.
Si ca peut servir...