la solution a la mano ...

tu peux utiliser graphviz ( http://www.graphviz.org/ ) qui permet avec un simple fichier texte de te rendre des jolis graphes orienté ou non selon divers algorithme.

tu as quelques screenshots ici : http://www.graphviz.org/Gallery.php

son avantage est que tu peux prendre n'importe quoi en source et d'un coup de python/perl/ruby/shell transformer cela en fichier .dot .

par contre, son inconvenient est qu'il n'a aucune interface graphique.