Ahum

Plusieurs choses déjà la forme:
les if() elseif() dans le cas la c'est franchement pas super et ca aide pas à la visibilité (par contre les //#### c'est bien)
switch(choix) {
case 1:
blah blah;
break;
.
.
.
default:
MECHANT;
break
}

Apres tu fais un if sur la valeur de retour du open:
ca peut être égal à 0 (bon faut le faire expres mais pour un démon c'est possible)
Plutot que printf("ERREUR\n"); faire perror("open serial port");
Le ioperm je doute fortement qu'on l'utilise comme ca(et meme remarque pour le open sauf que la tu teste meme pas la valeur de retour).
ioperm c'est pour accéder à une plage d'IO directe,
De ce que je vois port (cf le open) c'est une chaine de caractere, donc ca doit pas être joli à voir
et finalement
Apres avec les read et write il se passe quoi?
Ca plante?
Ca bloque?

PS:Je passe à côté du scanf pour lequel tu ne vérifie pas la valeur de retour (pour être sur qu'on a recu un entier)