Solution

Bon, quelqu'un sur IRC (Calimero, alias Tipiak : http://linuxfr.org/~Cali_Mero/(...) ) m'a fourni une solution clés en main :)
Je vous la fournis (et j'avoue que j'aurais jamais été capable de la trouver seul avec la documentation de PHP !)
function modif_alpha($src , $dest , $alpha){
/*
* webmaster@creatixnet.com - licence bananière
* ("faites de ce code ce que vous voulez...")
*
* Paramètres : $src : fichier source
* $dest : fichier de destination
* $alpha : transparence (entre 0 (opaque) et 127 (transparent))
*
* EX : modif_alpha('image.jpg', 'image.png', 70)
* rend l'image à moitié transparente.
*/

if (file_exists($src)) $size = getimagesize($src);
else return FALSE;

switch($size[2])
{
case 1 :
if (imagetypes() & IMG_GIF)
$pic = imagecreatefromgif($src);
break;
case 2 :
if (imagetypes() & IMG_JPG)
$pic = imagecreatefromjpeg($src);
break;
case 3 :
if (imagetypes() & IMG_PNG)
$pic = imagecreatefrompng($src);
break;
default :
if (preg_match("/\.wbmp$/i", $src) && (imagetypes() & IMG_WBMP))
$pic = imagecreatefromwbmp($src);
}
if (!$pic) return FALSE;


$new=imagecreatetruecolor($size[0], $size[1]);
imagealphablending($new, FALSE);
imagesavealpha ($new, true);
$colors_num = imagecolorstotal($pic);


for($x=0;$x<$size[0];$x++) {
for($y=0;$y<$size[1];$y++) {
$colorat=imagecolorat($pic,$x,$y);
$color = imagecolorsforindex($pic, $colorat);
$r = $color["red"];
$g = $color["green"];
$b = $color["blue"];
$idx=imagecolorallocatealpha($new,$r,$g,$b,$alpha);
imagesetpixel($new,$x,$y,$idx);
}
}
imagepng($new, $dest);
return TRUE;
}