Le format FASTA tire son nom du logiciel qui l'a introduit et est devenu relativement commun lorsque l'on enregistre une ou plusieurs sequence d'acides nucleiques (ADN et ARN) ou d'acides amines (proteines) dans un fichier. Ce format n'a donc rien de specifique a BioEdit.
Si par analyse de sequences, ton amie parle d'alignement de sequence (pour les non inities, un diff + analyse statistique entre deux sequences prenant en compte certaines homologies entre les differents type d'acides amines ou acides nucleiques composant ces sequences), elle devrait apprendre a utiliser BLAST: sous unix ou sous windows c'est de la ligne de commande et ca devient indispensable des que l'on veut quelquechose de plus fin que les parametres par defaut.
Pour ce qui est d'une interface graphique je ne sais pas. Freshmeat donne Geneious comme reponse ( http://freshmeat.net/projects/geneious/ ) ca n'est pas libre, mais c'est gratuit pour un usage non commercial.
Si elle recherche juste un interface a BLAST, il existe un bon nombre de serveurs qui proposent ce service via une interface web. Le premier qui me vient a l'esprit est celui du NCBI ( http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/ ), mais ton amie devrait deja le connaitre.
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Posté par Anonyme . En réponse au journal logiciel de biologie. Évalué à 8.
Si par analyse de sequences, ton amie parle d'alignement de sequence (pour les non inities, un diff + analyse statistique entre deux sequences prenant en compte certaines homologies entre les differents type d'acides amines ou acides nucleiques composant ces sequences), elle devrait apprendre a utiliser BLAST: sous unix ou sous windows c'est de la ligne de commande et ca devient indispensable des que l'on veut quelquechose de plus fin que les parametres par defaut.
Pour ce qui est d'une interface graphique je ne sais pas. Freshmeat donne Geneious comme reponse ( http://freshmeat.net/projects/geneious/ ) ca n'est pas libre, mais c'est gratuit pour un usage non commercial.
Si elle recherche juste un interface a BLAST, il existe un bon nombre de serveurs qui proposent ce service via une interface web. Le premier qui me vient a l'esprit est celui du NCBI ( http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/ ), mais ton amie devrait deja le connaitre.