Je m'interroge sur la facilité de la chose tout de même....
C'est très simple, je t'assure :)
Certe le code génétique final est disponible plus ou moins librement. Mais cela ne permet absolument pas de savoir comment les modifications/évolutions on étés obtenues.
Or, suivant le prossédé utilisé, je suppose que les concequences sur divers parties du génome peuvent varier.
Chaque procédé peut avoir des artefacts, mais les modifications étant faites sur les semences, ces artefacts sont visibles dans le génome : il n'y a pas d'information ailleurs que dans le génome, pas de mémoire biologique en dehors de l'ADN. L'analyse de l'ADN permet donc de savoir l'intégralité des différences qu'il y a entre deux souches différentes, l'une wildtype, l'autre OGM. Ensuite, ces différences ce manifestes différemment suivant le contexte, ce qui peut donner des phénotypes différents. Mais même cette information sur les phénotypes est visible dans l'ADN, pour peu qu'elle soit connue.
S'il était si trivial de trouver des déformations génétiques depuis un echantillon d'ADN, je pense que la génétique serait nettement plus évoluée et omniprésente dans nos vies de tous les jours.
Par exemple:
1. tu séquences
2. tu fais un alignement multiple avec les souches wildtype de la même espèce
3. tu repères les blocks divergents dans les régions codantes (génomique comparative)
4. parmis ceux-ci, tu cherches ceux qui sont particulièrements différents entre les souches wildtype et la souche OGM
5. tu recherches dans les banques de données les annotations concernées
6. tu en déduit les modifications au niveau du transcriptome puis du protéome
7. tu en déduit les modifications au niveau de la fonction.
La dernière étape qui est particulièrement difficile, voire impossible sans nécessiter de couteux tests. C'est le point que tu soulèves et tu as raison de le faire. Ce que je dis, et c'est un domaine que je connais assez bien, c'est que les autres étapes le sont beaucoup moins, et sont même faites en routine dans quasi tous les labos du monde qui font de la biologie moĺeculaire croisée et de la bioinformatique :)
Quant à l'analogie avec l'info et le code source... hum hum.... la biologie est très nettement plus complexe et fourmille d'exception, c'est ce qui rends sa compréhension si interessante :)
[^] # Re: ...
Posté par aurel (site web personnel, Mastodon) . En réponse à la dépêche Génomique Open Source. Évalué à 4.
C'est très simple, je t'assure :)
Chaque procédé peut avoir des artefacts, mais les modifications étant faites sur les semences, ces artefacts sont visibles dans le génome : il n'y a pas d'information ailleurs que dans le génome, pas de mémoire biologique en dehors de l'ADN. L'analyse de l'ADN permet donc de savoir l'intégralité des différences qu'il y a entre deux souches différentes, l'une wildtype, l'autre OGM. Ensuite, ces différences ce manifestes différemment suivant le contexte, ce qui peut donner des phénotypes différents. Mais même cette information sur les phénotypes est visible dans l'ADN, pour peu qu'elle soit connue.
Par exemple:
1. tu séquences
2. tu fais un alignement multiple avec les souches wildtype de la même espèce
3. tu repères les blocks divergents dans les régions codantes (génomique comparative)
4. parmis ceux-ci, tu cherches ceux qui sont particulièrements différents entre les souches wildtype et la souche OGM
5. tu recherches dans les banques de données les annotations concernées
6. tu en déduit les modifications au niveau du transcriptome puis du protéome
7. tu en déduit les modifications au niveau de la fonction.
La dernière étape qui est particulièrement difficile, voire impossible sans nécessiter de couteux tests. C'est le point que tu soulèves et tu as raison de le faire. Ce que je dis, et c'est un domaine que je connais assez bien, c'est que les autres étapes le sont beaucoup moins, et sont même faites en routine dans quasi tous les labos du monde qui font de la biologie moĺeculaire croisée et de la bioinformatique :)
Quant à l'analogie avec l'info et le code source... hum hum.... la biologie est très nettement plus complexe et fourmille d'exception, c'est ce qui rends sa compréhension si interessante :)