Comme dit ci-dessus, super synthèse, factuelle et accessible.
J'en profite pour compléter un peu le petit 2 sur l'importante de l'informatique en biologie moléculaire et tout ce qui en découle (séquençage, modélisation etc) via sa petite soeur : la bioinformatique qui s'appuie grandement sur les logiciels libres (et GNU/Linux : ) ), les licences libres (même s'il y a parfois des solutions propriétaires) et le partage dans la communauté scientifique.
Comme par exemple pour le sars-cov-2, le protocole bioinformatique du réseau ARTIC https://artic.network/ncov-2019/ncov2019-bioinformatics-sop.html (dérivé d'un protocole créé pour séquencer ebola) est rendu disponible à la communauté dès janvier 2020 sous licence CC BY 4.0 pour produire et analyser la séquence du génome complet d'un échantillon de sars-cov-2 à partir des données brutes d'un séquençage NGS.
Le pipeline utilisable est ici : https://github.com/artic-network/fieldbioinformatics, licence MIT) rapidement rendu disponible également.
Ce protocole et son pipeline (initialement développés pour la technologie Nanapore) ont ensuite été rapidement repris pour les adapter à d'autres technologies de séquençage (comme celle d'Illumina : https://github.com/connor-lab/ncov2019-artic-nf) et sont massivement utilisés dans de nombreux laboratoires.
Et je ne parle pas de tous les outils d'analyse des variants pour les "typer" (les fameux 21A (Delta), 21K (Omicron) ou B.1.1.7 selon la classification utilisée), de comparaison de séquences, de prédictions d'effets des mutations, de suivis épidémiologiques, ... qui ont été adaptés ou créés depuis le début de cette crise sanitaire.
Par contre, je mets un petit bémol sur les bases de données, c'est parfois plus compliqué pour certaines bases de données qui ont souvent des clauses d'utilisation restrictives ou des accès contraignants pour leur (ré)utilisation.
Pour le sars-cov-2, la base de données GISAID (qui existait déjà avant, créée suite à la crise de grippe aviaire) devenue incontournable en colligeant toutes les séquences mondiales, possède des contraintes d'utilisation très difficiles (sans parler de l'ergonomie du site web) même pour ceux qui contribuent à la remplir (https://www.gisaid.org/registration/terms-of-use/) -> on approche les 7 millions de séquences déposées. L'accès via le site web reste assez simple (mais après une validation d'un compte) mais par contre la réutilisation plus "informatique", est très difficile à obtenir.
Il y a cependant une base de données beaucoup plus libre d'utilisation au National Center for Biotechnology Information (NCBI): SARS-CoV-2 Data Hub -> "seulement" 3.1 millions de séquences (en général présentes dans GISAID) que l'on peut accéder sans limitation et facilement. Elle commence a être assez représentative mais comme tout le monde n'y contribue pas, il y a un risque de manquer de nouvelles séquences émergentes
Néanmoins toutes ces données sont vitales pour avoir un aperçu des tous les variants séquencés dans le monde
# Merci
Posté par littlebreizhman . En réponse au journal Moins d’un an pour un vaccin, est-ce surprenant ?. Évalué à 10. Dernière modification le 08 janvier 2022 à 23:03.
Comme dit ci-dessus, super synthèse, factuelle et accessible.
J'en profite pour compléter un peu le petit 2 sur l'importante de l'informatique en biologie moléculaire et tout ce qui en découle (séquençage, modélisation etc) via sa petite soeur : la bioinformatique qui s'appuie grandement sur les logiciels libres (et GNU/Linux : ) ), les licences libres (même s'il y a parfois des solutions propriétaires) et le partage dans la communauté scientifique.
Comme par exemple pour le sars-cov-2, le protocole bioinformatique du réseau ARTIC https://artic.network/ncov-2019/ncov2019-bioinformatics-sop.html (dérivé d'un protocole créé pour séquencer ebola) est rendu disponible à la communauté dès janvier 2020 sous licence CC BY 4.0 pour produire et analyser la séquence du génome complet d'un échantillon de sars-cov-2 à partir des données brutes d'un séquençage NGS.
Le pipeline utilisable est ici : https://github.com/artic-network/fieldbioinformatics, licence MIT) rapidement rendu disponible également.
En passant, le protocole coté manip de laboratoire étant rendu disponible ici : https://www.protocols.io/view/ncov-2019-sequencing-protocol-v3-locost-bh42j8ye
Pour ceux que ça intéresse, une synthèse de tout l'écosystème ARTIC est consultable ici : https://artic.network/ncov-2019
Ce protocole et son pipeline (initialement développés pour la technologie Nanapore) ont ensuite été rapidement repris pour les adapter à d'autres technologies de séquençage (comme celle d'Illumina : https://github.com/connor-lab/ncov2019-artic-nf) et sont massivement utilisés dans de nombreux laboratoires.
Et je ne parle pas de tous les outils d'analyse des variants pour les "typer" (les fameux 21A (Delta), 21K (Omicron) ou B.1.1.7 selon la classification utilisée), de comparaison de séquences, de prédictions d'effets des mutations, de suivis épidémiologiques, ... qui ont été adaptés ou créés depuis le début de cette crise sanitaire.
La désignation des nouveaux variants se discute tous les jours dans des tickets github par exemple pour les lineages : https://github.com/cov-lineages/pango-designation/issues
Par contre, je mets un petit bémol sur les bases de données, c'est parfois plus compliqué pour certaines bases de données qui ont souvent des clauses d'utilisation restrictives ou des accès contraignants pour leur (ré)utilisation.
Pour le sars-cov-2, la base de données GISAID (qui existait déjà avant, créée suite à la crise de grippe aviaire) devenue incontournable en colligeant toutes les séquences mondiales, possède des contraintes d'utilisation très difficiles (sans parler de l'ergonomie du site web) même pour ceux qui contribuent à la remplir (https://www.gisaid.org/registration/terms-of-use/) -> on approche les 7 millions de séquences déposées. L'accès via le site web reste assez simple (mais après une validation d'un compte) mais par contre la réutilisation plus "informatique", est très difficile à obtenir.
Il y a cependant une base de données beaucoup plus libre d'utilisation au National Center for Biotechnology Information (NCBI): SARS-CoV-2 Data Hub -> "seulement" 3.1 millions de séquences (en général présentes dans GISAID) que l'on peut accéder sans limitation et facilement. Elle commence a être assez représentative mais comme tout le monde n'y contribue pas, il y a un risque de manquer de nouvelles séquences émergentes
Néanmoins toutes ces données sont vitales pour avoir un aperçu des tous les variants séquencés dans le monde