Reproductibilité

D'abord, merci pour le partage, c'est sympa et j'adore R :)

Quelques points (oui, je pinaille un peu, mais j'espère que ce ne sera pas mal pris) :

Perso, je n'inclue pas le rapport dans la notion de reproductibilité. Il s'agit simplement d'une présentation de résultats (qui eux sont en revanche intéressants à reproduire). S'il s'agit de permettre à n'importe quel contributeur de fournir la version "paper ready" de la publication, vu que git est déjà utilisé, autant brancher un jenkins, et zou, c'est lui qui fait foi...

Ensuite, tu utilise des packages, et ça, c'est pas très bon pour la reproductibilité. Ici, ce sont des packages graphiques, donc à nouveau, pas trop de problème à mon sens, puisque ça n'en fait pas partie. Mais dans ce cas, pourquoi ne pas aller directement vers ggplot2 ? Ça me semblerait à première vue pouvoir résoudre les soucis de taille de fichiers d'entrée... mais je n'ai pas creusé pour être honnête.

Un autre moyen que j'ai testé pour partager des résultats (dans un autre contexte et avec d'autres objectifs, ça n'est pas du tout pareil), c'est shiny. En gros, je voulais présenter des résultats légèrement interactifs à ma direction. Interactifs car il s'agissait de "fixer" des seuils, qu'ils ne savaient pas fixer (et beaucoup trop de possibilités pour être exhaustif). Autre contrainte m'ayant fait opter pour cette option : les calculs intermédiaires étaient super longs et volumineux une fois obtenus (enfin, en Go quand même, ça va, c'est pas non plus impossible à partager... ça fait juste moins classe que Tiens, clique ici et joue avec les paramètres :p).

R dans son ensemble est d'une puissance et flexibilité monstrueuse, si bien utilisé. Encore merci pour ton partage !

Matricule 23415