le premier con qui sait aligner 3 lignes de python peut fabriquer ce genre de vaccin
Euh, non. Le premier con qui sait aligner 3 lignes de Python peut fabriquer in silico la séquence d’un tel vaccin. De là à obtenir le produit injectable dans un patient, il y a une grosse marge. :)
À part ça, sur « l’optimisation des codons » que le deuxième billet mentionne rapidement :
Certains codons sont rares dans l’ADN humain ou dans certaines cellules. Il se peut que certains codons soient remplacés par d’autres simplement parce qu’ils sont plus couramment utilisés par certaines cellules.
C’est vrai mais il faut savoir que ça peut être casse-gueule.
À la base, l’idée derrière l’optimisation des codons était d’essayer d’utiliser autant que possible les codons les plus abondants dans les cellules de l’organisme cible, de manière à ce que l’ARN messager soit traduit plus rapidement (les ribosomes n’ont pas à « attendre » un ARNt présent en faible quantité dans la cellule) et donc à augmenter l’expression de la protéine.
Bonne idée sur le papier, sauf que... on s’est rendu compte depuis que pour certaines protéines, ce n’est pas nécessairement une bonne idée de jouer sur la vitesse de traduction : la vitesse avec laquelle la protéine en cours de production sort du ribosome peut influer sur la manière dont elle se replie (exemple), ce qui est crucial pour sa fonction. En optimisant les codons pour produire la protéine plus rapidement, on peut obtenir à l’arrivée une protéine non-fonctionnelle, ce qui est ballot. :D
# Optimisation des codons
Posté par gouttegd . En réponse au journal Pour ou contre les vaccins open source mais pas libres ?. Évalué à 10.
Euh, non. Le premier con qui sait aligner 3 lignes de Python peut fabriquer in silico la séquence d’un tel vaccin. De là à obtenir le produit injectable dans un patient, il y a une grosse marge. :)
À part ça, sur « l’optimisation des codons » que le deuxième billet mentionne rapidement :
C’est vrai mais il faut savoir que ça peut être casse-gueule.
À la base, l’idée derrière l’optimisation des codons était d’essayer d’utiliser autant que possible les codons les plus abondants dans les cellules de l’organisme cible, de manière à ce que l’ARN messager soit traduit plus rapidement (les ribosomes n’ont pas à « attendre » un ARNt présent en faible quantité dans la cellule) et donc à augmenter l’expression de la protéine.
Bonne idée sur le papier, sauf que... on s’est rendu compte depuis que pour certaines protéines, ce n’est pas nécessairement une bonne idée de jouer sur la vitesse de traduction : la vitesse avec laquelle la protéine en cours de production sort du ribosome peut influer sur la manière dont elle se replie (exemple), ce qui est crucial pour sa fonction. En optimisant les codons pour produire la protéine plus rapidement, on peut obtenir à l’arrivée une protéine non-fonctionnelle, ce qui est ballot. :D