Normalement, le MinION fait 10% d'erreur (oui, une base sur 10... Si tu es un habitué d'Illumina, c'est à ce moment que tu dois crier au scandale...), donc sur un barcode de 10 nucléotides, on devrait s'attendre a retrouver 90% des données. En pratique, avec grep, j'arrive a retrouver environ 50% de mes reads. Et beaucoup moins avec les outils dédiés que j'ai cité (ou que tu as cité et que j'ai testé aussi).
Après, effectivement, il reste pas mal de données, et ça assemble a priori mieux avec peu de données à vrai dire, mais il y a toujours le risque de passer à côté de séquences très faiblement représentées, et c'est souvent celles-ci qui nous intéresse le plus.
Quant aux outils que tu cites (Porechop, Albacore), il sont adaptés aux barcodes Oxford nanopore, et du coup, pas utilisable dans mon cas, car j'ai fais le choix d'utiliser mes propres barcodes pour économiser 600€. Mais honnêtement, d'après ce que j'ai vu, je ne suis pas sur que j'aurai obtenu de meilleurs résultats avec les barcode ON...
[^] # Re: pas de shell...
Posté par groub . En réponse au message grep et recherche approximative. Évalué à 1.
Normalement, le MinION fait 10% d'erreur (oui, une base sur 10... Si tu es un habitué d'Illumina, c'est à ce moment que tu dois crier au scandale...), donc sur un barcode de 10 nucléotides, on devrait s'attendre a retrouver 90% des données. En pratique, avec grep, j'arrive a retrouver environ 50% de mes reads. Et beaucoup moins avec les outils dédiés que j'ai cité (ou que tu as cité et que j'ai testé aussi).
Après, effectivement, il reste pas mal de données, et ça assemble a priori mieux avec peu de données à vrai dire, mais il y a toujours le risque de passer à côté de séquences très faiblement représentées, et c'est souvent celles-ci qui nous intéresse le plus.
Quant aux outils que tu cites (Porechop, Albacore), il sont adaptés aux barcodes Oxford nanopore, et du coup, pas utilisable dans mon cas, car j'ai fais le choix d'utiliser mes propres barcodes pour économiser 600€. Mais honnêtement, d'après ce que j'ai vu, je ne suis pas sur que j'aurai obtenu de meilleurs résultats avec les barcode ON...