Désolé, mais je doute fortement que les outils UNIX traditionnels permettent de faire ça... surtout vue la longueur des séquences dont tu parles, ça risque d'être très lent.
Par contre, depuis que je connais Debian, j'ai toujours été sidéré par le nombre d'outils qui, justement, semblent traiter des séquences ADN. Les debtags, qui sont incomplets, mentionnent une centaine de paquets pour la biologie. Je trouve le nombre étonnamment faible, mais bon: les debtags sont incomplets.
Je ne connais bien entendu rien à ce domaine, mais par exemple, le paquet "acedb-other" est ainsi décrit par aptitude:
Description-fr: Récupération d'ADN ou de séquences de protéines
Ce paquet rassemble toutes les petites applications qu'acedb regroupe sous
la cible « other » de son Makefile.
.
efetch: vraisemblablement le raccourci pour « entry fetch » (collecteur
d'entrées en base de données), assemble les informations de séquence des
principales bases de données d'ADN et de protéines.
Si ta distro est dérivée de Debian, tu peux par exemple utiliser la commande suivante pour avoir un aperçu des paquets liés à l'ADN:
Probable qu'il existe de meilleures solutions pour chercher un paquet dont la description ou le nom contiens le terme ADN, mais le but ici est de demander surtout: as-tu vérifié si dans ces paquets l'un ne fait pas déjà le boulot? Si la seule différence est une question de format, on peut peut-être t'aider à réaliser un outil de conversion.
# pas de shell...
Posté par freem . En réponse au message grep et recherche approximative. Évalué à 4.
Désolé, mais je doute fortement que les outils UNIX traditionnels permettent de faire ça... surtout vue la longueur des séquences dont tu parles, ça risque d'être très lent.
Par contre, depuis que je connais Debian, j'ai toujours été sidéré par le nombre d'outils qui, justement, semblent traiter des séquences ADN. Les debtags, qui sont incomplets, mentionnent une centaine de paquets pour la biologie. Je trouve le nombre étonnamment faible, mais bon: les debtags sont incomplets.
Je ne connais bien entendu rien à ce domaine, mais par exemple, le paquet "acedb-other" est ainsi décrit par aptitude:
Si ta distro est dérivée de Debian, tu peux par exemple utiliser la commande suivante pour avoir un aperçu des paquets liés à l'ADN:
Probable qu'il existe de meilleures solutions pour chercher un paquet dont la description ou le nom contiens le terme ADN, mais le but ici est de demander surtout: as-tu vérifié si dans ces paquets l'un ne fait pas déjà le boulot? Si la seule différence est une question de format, on peut peut-être t'aider à réaliser un outil de conversion.