Ça dépend du job scheduler (non précisé) pour l'option et le détail de la sortie, mais la commande qstat possède en général une option pour retourner les jobs soumis en xml (voire peut être d'autres formats pour les versions modernes ?) et les infos idoines (état, nom du job, id etc)
A partir de cela, il est simple de développer un truc pour faire du reporting ou essayer d'utiliser des solutions toutes prêtes : https://www.google.fr/search?q=qstat+xml
Une solution pour le suivi est de découper le pipeline d'analyse de sorte qu'une étape == un job avec le nom kivabien (ex: sample1_etape1 -> sample1_etape2 -> etc)
Dans ce cas, c'est plus simple de savoir où on en est.
# qstat -xml
Posté par littlebreizhman . En réponse au message avancée des jobs avec qsub. Évalué à 2. Dernière modification le 01 septembre 2017 à 20:34.
Ça dépend du job scheduler (non précisé) pour l'option et le détail de la sortie, mais la commande qstat possède en général une option pour retourner les jobs soumis en xml (voire peut être d'autres formats pour les versions modernes ?) et les infos idoines (état, nom du job, id etc)
A partir de cela, il est simple de développer un truc pour faire du reporting ou essayer d'utiliser des solutions toutes prêtes : https://www.google.fr/search?q=qstat+xml
Une solution pour le suivi est de découper le pipeline d'analyse de sorte qu'une étape == un job avec le nom kivabien (ex: sample1_etape1 -> sample1_etape2 -> etc)
Dans ce cas, c'est plus simple de savoir où on en est.