Mon avis

Pour ma part, j'utilise principalement 4 formats pour le stockage de données:

CSV

Avantages

• Très simple à parser (dans 90% des cas, un simple split sur les points-virgules suffisent)
• Compacte
• Adapté pour des volumes de données importantes, ayant un format tabulaire

Inconvénients

• Structure non standard (il faut connaitre les types séparateurs avant de pouvoir le charger)
• Peu typé (les chaines de caractères seront quoté, et les nombres non)
• Non hiérarchique
• Pas adapté au transport de donnée ayant divers formats
• Pas lisible sans connaître les données avant

XML

Avantages

• Hiérarchique
• Balisage en "inline", tout en gardant la lisibilité
• Attribues de balises
• Compréhensible sans forcement de documentation

Inconvénients

• Pas évident à parser
• Non typé (tout est chaîne de caractère par défaut)
• Verbeux

JSON

Avantages

• Compacte
• Typé
• Hiérarchique
• Gère de base les caractères spéciaux
• Lisible sans trop de difficulté

Inconvénients

• Perd vite en lisibilité dès qu'il y a beaucoup de données
• Peu adapté au transport de données binaires

YAML

Avantages

• Hiérarchique
• Typé
• Très lisible par l'humain

Inconvénients

• Peu adapté au transport de données binaires
• Parsage pas très simple

Pour ma part, depuis 1 ou 2 ans, ma préférence va à JSON+YAML. YAML pour les fichiers de configurations, et JSON pour le transport entre applications, ou stockage simple (le stockage de masse, c'est soit CSV soit un format binaire)