Gene diversity
| 系統名 |
個体数 |
平均アリル数 |
ヘテロ接合度(観察値) |
| GSP | 39 | 1.04 | 0.01 |
| GSN/1 | 36 | 1.00 | 0.00 |
| YL | 34 | 1.22 | 0.04 |
| PNP | 34 | 1.06 | 0.01 |
| ブラックミノルカ(BM-C) | 20 | 1.07 | 0.03 |
| 白色レグホーンG(WL-G) | 45 | 1.24 | 0.08 |
| 白色レグホーンM/O(WL-M/O) | 23 | 1.74 | 0.28 |
| 褐色レグホーン(BL-E) | 26 | 1.17 | 0.07 |
| ロードアイランドレッド(RIR) | 41 | 1.46 | 0.18 |
| ゲームバンタム(GB) | 27 | 1.61 | 0.18 |
| 白色ワイアンドット(CAL) | 21 | 1.76 | 0.25 |
| ダンダラウィ(DD) | 38 | 1.54 | 0.12 |
| 白烏骨鶏(SIL) | 33 | 1.59 | 0.18 |
| チャーン(CHN) | 24 | 1.98 | 0.27 |
| エヒメジドリ(EJ) | 19 | 3.56 | 0.51 |
| プチコッコ(PC) | 39 | 1.70 | 0.26 |
| チャボ(JB) | 30 | 2.80 | 0.44 |
| コーチンバンタム(CB) | 41 | 1.69 | 0.18 |
| #413(筋ジストロフィー発症系) | 18 | 1.20 | 0.09 |
| OS(Obese strain) | 40 | 1.46 | 0.14 |
| 赤色野鶏(RJF) | 53 | 2.83 | 0.37 |
高度近交化系のうち、GSPとGSN/1は54個のマイクロサテライトマーカーのほとんど全てが、1つの対立遺伝子に固定されている。
さらにブラックミノルカや、長期閉鎖系の(およそ40年間、閉鎖集団で維持している)白色レグホーンGや褐色レグホーンも上記2系統に続いて、高い近交度を示している。
ニワトリリソースの系統的位置
これまでに世界中から数多くのニワトリのD-loop配列が調査されており、それらは主要な5つのハプログループA-Eとマイナーなハプログループに分けられている(Liu et al., 2006,
Mol Phylogenet Evol; Miao et al., 2013,
Heredity)。
ニワトリリソース19系統からはハプログループA、D、Eに属すハプロタイプが見つかり、
地中海周辺の地域を起源とするレグホーン系やBMC、ポーリッシュバンタムなどは、はインドから欧米むけてに広まったとされるハプログループEタイプを、
日本在来鶏である名古屋種やエヒメジドリは、東アジアに広く分布するハプログループAタイプを、
ベトナムに由来するチャボや沖縄の在来鶏であるチャーンは、東南アジアからオセアニアに広がったハプログループDタイプを持っていた。
19系統の遺伝的類縁関係
ファヨウミ由来の4系統、ヨーロッパ原産の系統、そしてアジア原産の系統に分けられた。
CALは白色ワイアンドットと名古屋種の交雑系統であるため、ヨーロッパグループとアジアグループの中間に位置している。
ロードアイランドレッド由来のプチコッコとニューハンプシャー(ロードアイランドレッドの改良品種)由来の#413がRIRと近縁であることや
日本のニワトリであるチャボやエヒメジドリ、白烏骨鶏が互いに近縁であることなどから、この系統樹は各品種の作出の歴史を良く表していると考えられる。
なお、TGニワトリ(pLSi/ΔAeGFP-TGニワトリ)は遺伝的には白色レグホーンM/Oと近縁である。
系統判別用MSマーカー
系統固有のアリルが見つかったマイクロサテライトDNAマーカーのリスト
キメラ作成時に、どちらの系統由来の細胞か、などの判別用に用いることができる。
*用いるサイズマーカー(Size Standard)や解析機器などによって、
フラグメントサイズに±数 bpの誤差が生じるが、判別は可能である。
| Line |
Locus |
Fragment size of allele (bp) |
| GSP | LEI0094 | 282 |
| YL | ADL0273 | 136 |
| PNP | MCW0252 | 297 |
| PNP | MCW0216 | 146 |
| BM-C | ADL0257 | 198 |
| BM-C | LEI0196 | 187 |
| BM-C | ADL0112 | 132 |
| WL-M/O | MCW0112 | 278 |
| BL-E | MCW0103 | 267 |
| BL-E | MCW0014 | 182 |
| RIR | MCW0034 | 240 |
| RIR | LEI0075 | 171 |
| DD | LEI0166 | 346 |
| SIL | MCW0252 | 299 |
| SIL | LEI0196 | 204 |
| SIL | LEI0099 | 133 |
| SIL | MCW0123 | 100 |
| CHN | LEI0075 | 168 |
| CB | ADL0146 | 155 |
| CB | ADL0273 | 137 |
| OS | ADL0257 | 173 |
| OS | LEI0228 | 412 |
| RJF | MCW0248 | 222 |
参考文献:
- Nunome M, Kinoshita K, Ishishita S, Ohmori Y, Murai A, Matsuda Y. Genetic diversity of 21 experimental chicken lines with diverse origins and genetic backgrounds. Experimental Animals 68: 177-193, 2019.
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