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Developmental Coexpression (AtGenExpress + ATTED-II promoter motif) Full

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Developmental Microarray Expression Data (AtGenExpress) of plant developmental tissues, combined with CEG coexpression analysis regulatory (7mer) motif calculations (ATTED-II). We took the median of triplicate measurements from AtGenExpress, then sorted the developmental series into plant organs (Flower, Leaf, Root, Stem, Fruit & Seeds), with one category for seedlings (8 days old or less) and another for whole plants (older than 8 days). Gene Loci without expression data or motif data were removed from this database.

References (for ATTED-II):
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17130150
References (for AtGenExpress)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15806101

Descriptions for each data table:

AtGenExpress_ATTED_Flowering
This collection of Gene Expression Properties are associated with flowering tissues.

AtGenExpress_ATTED_Fruit_Seeds
This collection of Gene Expression Properties are associated with fruit and seed tissues.

AtGenExpress_ATTED_Leaf
This collection of Gene Expression Properties are associated with leaf tissues.

AtGenExpress_ATTED_Root
This collection of Gene Expression Properties are associated with root tissues.

AtGenExpress_ATTED_Seedling
This collection of Gene Expression Properties are associated with seedling tissues.

AtGenExpress_ATTED_Stem
This collection of Gene Expression Properties are associated with stem tissues.

AtGenExpress_ATTED_Whole_Plant
This collection of Gene Expression Properties are associated with whole plant body parts.

Heptamer_elements A list of the 7mer sequence motifs from ATTED-II. This table lists each 7mer along with the calculated CEG value and the position from the TSS of the maximum CEG value.

value

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File Name
AtGenExpress_ATTED_Flowering			Action Show Table Data Contents Show API List Show Map Reuse Table Data
Table Data (Text)	2013年1月17日	4.4MB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
Table Data (Excel)	2013年1月17日	7.8MB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
RDF (Turtle)	2013年1月17日	37.5MB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
		その他の形式のAPIリストを表示
AtGenExpress_ATTED_Fruit_Seeds			Action Show Table Data Contents Show API List Show Map Reuse Table Data
Table Data (Text)	2013年1月17日	2.5MB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
Table Data (Excel)	2013年1月17日	4.2MB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
RDF (Turtle)	2013年1月17日	14.0MB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
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AtGenExpress_ATTED_Leaf			Action Show Table Data Contents Show API List Show Map Reuse Table Data
Table Data (Text)	2013年1月17日	3.2MB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
Table Data (Excel)	2013年1月17日	5.4MB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
RDF (Turtle)	2013年1月17日	22.2MB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
		その他の形式のAPIリストを表示
AtGenExpress_ATTED_Root			Action Show Table Data Contents Show API List Show Map Reuse Table Data
Table Data (Text)	2013年1月17日	2.4MB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
Table Data (Excel)	2013年1月17日	3.9MB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
RDF (Turtle)	2013年1月17日	12.3MB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
		その他の形式のAPIリストを表示
AtGenExpress_ATTED_Seedling			Action Show Table Data Contents Show API List Show Map Reuse Table Data
Table Data (Text)	2013年1月17日	2.9MB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
Table Data (Excel)	2013年1月17日	4.8MB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
RDF (Turtle)	2013年1月17日	18.2MB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
		その他の形式のAPIリストを表示
AtGenExpress_ATTED_Stem			Action Show Table Data Contents Show API List Show Map Reuse Table Data
Table Data (Text)	2013年1月17日	2.1MB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
Table Data (Excel)	2013年1月17日	3.3MB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
RDF (Turtle)	2013年1月17日	9.2MB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
		その他の形式のAPIリストを表示
AtGenExpress_ATTED_Whole_Plant			Action Show Table Data Contents Show API List Show Map Reuse Table Data
Table Data (Text)	2013年1月17日	2.1MB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
Table Data (Excel)	2013年1月17日	3.3MB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
RDF (Turtle)	2013年1月17日	9.2MB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
		その他の形式のAPIリストを表示
Heptamer_elements			Action Show Table Data Contents Show API List Show Map Reuse Table Data
Table Data (Text)	2012年10月10日	12.4KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
Table Data (Excel)	2012年10月10日	51.5KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
RDF (Turtle)	2012年10月10日	134.9KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
		その他の形式のAPIリストを表示
PPDB_position			Action Show Table Data Contents Show API List Show Map Reuse Table Data
Table Data (Text)	2013年1月17日	518.5KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
Table Data (Excel)	2013年1月17日	1.6MB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
RDF (Turtle)	2013年1月17日	1.3MB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
		その他の形式のAPIリストを表示

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Those cells will be deleted on RDF creation

Cell	Detail

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Cell	Detail

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Contributor Send Message	GenoCon
Collaborators
Website	http://atted.jp/ http://arabidopsis.org/servlets/TairOb...
Reference	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/171... http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/158...
Total downloads	4161
Created date	Oct 10, 2012
Last update date	Mar 6, 2013

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この図は、データ作品間のつながりを可視化したものです。

緑の円はデータ作品、青の円は外部リソースを表しています。

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