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GenoCon

GenoCon2 Challenge A - Circadian Coexpression (DIURNAL + ATTED-II promoter motif)

GenoCon

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Circadian Data collected over two days (44 hours) at four hour intervals in various growth conditions. We calculated the Phase of each data by non-linear best fit to a sine wave with a 24 hour period, and similarly calculated the Amplitude. Visually checking the 1000 largest amplitude genes showed a good fit in all cases, though a few genes clearly deviated from sinusoidal behavior. All had a major period of 24 hours. For each gene locus, we added the CEG motifs as calculated by ATTED-II.

References (for ATTED-II):
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17130150
References (for DIURNAL)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18419293

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DiurnalHours_ATTED_COL_LDHH			Action Show Table Data Contents Show API List Show Map Reuse Table Data
Table Data (Text)	2012年9月14日	7.1KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
Table Data (Excel)	2012年9月14日	19.5KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
RDF (Turtle)	2012年9月14日	40.2KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
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DiurnalHours_ATTED_COL_SD			Action Show Table Data Contents Show API List Show Map Reuse Table Data
Table Data (Text)	2012年9月14日	7.1KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
Table Data (Excel)	2012年9月14日	19.5KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
RDF (Turtle)	2012年9月14日	40.1KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
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DiurnalHours_ATTED_DD_DDHC			Action Show Table Data Contents Show API List Show Map Reuse Table Data
Table Data (Text)	2012年9月14日	7.1KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
Table Data (Excel)	2012年9月14日	19.5KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
RDF (Turtle)	2012年9月14日	40.2KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
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DiurnalHours_ATTED_LDHC			Action Show Table Data Contents Show API List Show Map Reuse Table Data
Table Data (Text)	2012年9月14日	7.0KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
Table Data (Excel)	2012年9月14日	19.5KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
RDF (Turtle)	2012年9月14日	40.1KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
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DiurnalHours_ATTED_LDHH_SM			Action Show Table Data Contents Show API List Show Map Reuse Table Data
Table Data (Text)	2012年9月14日	7.1KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
Table Data (Excel)	2012年9月14日	19.5KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
RDF (Turtle)	2012年9月14日	40.2KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
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DiurnalHours_ATTED_LDHH_ST			Action Show Table Data Contents Show API List Show Map Reuse Table Data
Table Data (Text)	2012年9月14日	7.1KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
Table Data (Excel)	2012年9月14日	19.5KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
RDF (Turtle)	2012年9月14日	40.2KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
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DiurnalHours_ATTED_LER_SD			Action Show Table Data Contents Show API List Show Map Reuse Table Data
Table Data (Text)	2012年9月14日	7.1KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
Table Data (Excel)	2012年9月14日	19.5KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
RDF (Turtle)	2012年9月14日	40.1KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
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DiurnalHours_ATTED_LIGHT5_HIF138_13			Action Show Table Data Contents Show API List Show Map Reuse Table Data
Table Data (Text)	2012年9月14日	7.2KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
Table Data (Excel)	2012年9月14日	19.0KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
RDF (Turtle)	2012年9月14日	40.3KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
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DiurnalHours_ATTED_LIGHT5_HIF138_8			Action Show Table Data Contents Show API List Show Map Reuse Table Data
Table Data (Text)	2012年9月14日	7.2KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
Table Data (Excel)	2012年9月14日	19.0KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
RDF (Turtle)	2012年9月14日	40.3KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
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DiurnalHours_ATTED_LIGHT5_znknOX			Action Show Table Data Contents Show API List Show Map Reuse Table Data
Table Data (Text)	2012年9月14日	7.2KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
Table Data (Excel)	2012年9月14日	19.0KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
RDF (Turtle)	2012年9月14日	40.3KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
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DiurnalHours_ATTED_LL12_LDHH			Action Show Table Data Contents Show API List Show Map Reuse Table Data
Table Data (Text)	2012年9月14日	7.1KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
Table Data (Excel)	2012年9月14日	19.5KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
RDF (Turtle)	2012年9月14日	40.2KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
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DiurnalHours_ATTED_LL23_LDHH			Action Show Table Data Contents Show API List Show Map Reuse Table Data
Table Data (Text)	2012年9月14日	7.2KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
Table Data (Excel)	2012年9月14日	19.5KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
RDF (Turtle)	2012年9月14日	40.2KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
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DiurnalHours_ATTED_LLHC			Action Show Table Data Contents Show API List Show Map Reuse Table Data
Table Data (Text)	2012年9月14日	7.0KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
Table Data (Excel)	2012年9月14日	19.5KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
RDF (Turtle)	2012年9月14日	40.1KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
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DiurnalHours_ATTED_LL_LDHC			Action Show Table Data Contents Show API List Show Map Reuse Table Data
Table Data (Text)	2012年9月14日	7.1KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
Table Data (Excel)	2012年9月14日	19.5KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
RDF (Turtle)	2012年9月14日	40.2KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
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DiurnalHours_ATTED_LL_LLHC			Action Show Table Data Contents Show API List Show Map Reuse Table Data
Table Data (Text)	2012年9月14日	7.1KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
Table Data (Excel)	2012年9月14日	19.5KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
RDF (Turtle)	2012年9月14日	40.2KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
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DiurnalHours_ATTED_lhyox_SD			Action Show Table Data Contents Show API List Show Map Reuse Table Data
Table Data (Text)	2012年9月14日	7.1KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
Table Data (Excel)	2012年9月14日	19.5KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
RDF (Turtle)	2012年9月14日	40.2KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
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DiurnalHours_ATTED_longday			Action Show Table Data Contents Show API List Show Map Reuse Table Data
Table Data (Text)	2012年9月14日	7.1KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
Table Data (Excel)	2012年9月14日	19.5KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
RDF (Turtle)	2012年9月14日	40.2KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
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DiurnalHours_ATTED_lux_2_LDHH			Action Show Table Data Contents Show API List Show Map Reuse Table Data
Table Data (Text)	2012年9月14日	7.1KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
Table Data (Excel)	2012年9月14日	19.0KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
RDF (Turtle)	2012年9月14日	40.2KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
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DiurnalHours_ATTED_phyB9_SD			Action Show Table Data Contents Show API List Show Map Reuse Table Data
Table Data (Text)	2012年9月14日	7.1KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
Table Data (Excel)	2012年9月14日	19.5KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
RDF (Turtle)	2012年9月14日	40.2KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
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DiurnalHours_ATTED_shortday			Action Show Table Data Contents Show API List Show Map Reuse Table Data
Table Data (Text)	2012年9月14日	7.1KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
Table Data (Excel)	2012年9月14日	19.5KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
RDF (Turtle)	2012年9月14日	40.2KB	クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
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Collaborators
Website	http://atted.jp/ http://diurnal.mocklerlab.org/diurnal_...
Reference	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/171... http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/184...
Total downloads	8720
Created date	Sep 14, 2012
Last update date	Sep 19, 2012

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この図は、データ作品間のつながりを可視化したものです。

緑の円はデータ作品、青の円は外部リソースを表しています。

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