本データベースは、実験的または配列解析(ホモロジーサーチとマルチプルアライメント)によって同定されたアミノ酸配列モチーフのタンパク質立体構造における位置を登録したものです。アミノ酸配列モチーフデータベースとして、PROSITEとBLOCKSの2種類を用いました。前者は実験的のみ、後者は実験的および配列解析によるモチーフを登録したデータベースです。タンパク質立体構造データベースとしてはPDBを用い、各エントリーにおけるSEQRES行とATOM 行の両方の配列情報から、それぞれモチーフ位置を決めています。PDBのエントリーによっては、配列情報が一致するとは限らないので、どちらか一方だとモチーフ情報を見落とす可能性があるためです。