Misija Instituta jest vrhunski znanstveno-istraživački rad u području prirodnih, biomedicinskih i tehničkih znanosti s doprinosom visokom obrazovanju te suradnja s gospodarstvom temeljena na vrhunskim znanstvenim istraživanjima. Vizija je Instituta biti prepoznatljiv vrhunski europski centar znanstvene izvrsnosti.

Tijela Instituta su: upravno vijeće, ravnatelj, znanstveno vijeće, vijeće asistenata i znanstveni savjet. Ustroj Instituta čine zavodi i laboratoriji, zajedničke jedinice za znanstvenu potporu te administrativne, stručne i tehničke službe.

Zaslužni znanstvenici Instituta Ruđer Bošković svojim su znanstveno-akademskim djelovanjem i ugledom zadužili ne samo svoj institut, već i širu hrvatsku znanstvenu i akademsku zajednicu. Počasno znanstveno zvanje zaslužnog znanstvenika Instituta Ruđer Bošković Upravno vijeće IRB-a u skladu sa strogim međunarodno definiranim kriterijima dodjeljuje znanstvenim savjetnicima svjetskog renomea.