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IODPでは、世界中の科学者からの科学掘削提案書(プロポーザル)を募集しています。プロポーザルは、IODPの科学評価パネルによって審査されます。このうち高い評価を得た第一級のプロポーザルは、それぞれ科学目標を達成するのにふさわしい掘削船の運用委員会に送られ、実行計画に組み込まれます。
実行計画が決定した後、乗船研究者の募集が行われます。それぞれの掘削船に乗船できる人数には限りがあるため、応募書類に基づき乗船研究者が選考・決定されます。
乗船研究者は掘削航海によって得られた試料やデータを分析し、研究を行います。また、掘削によって得られた試料やデータは、航海終了から1年後に公開され、世界中の科学者・技術者・教育者などが研究や教育などに利用することができるようになります。